result

Gene information

Detail information of AfisC5G05714

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC5G05714	chr5	1055935709	1055943336	-

Sequences

CDS

>AfisC5G05714
ATGACTGTTATAAGAAAAAGAGATCAATTTCCTATTGGAATGAGAGTGCTTGCAGTTGATGATGATCCAACCTGCCTCAAAGTTCTGGAATCGCTGCTTCACAGATGCCAATATCATGTTACTACGACAAATCAAGCAATTAAGGCATTAGAGATGTTGAGAGAGAACAAGAATCAATTTGATTTGGTGATCAGTGATGTGCATATGCCCGATATGGATGGATTCAAACTTTTGGAGCTTGTGGGTCTCGAAATGGATCTCCCTGTCATTATGCTTTCAGCAAATGGAGAAACTCAAGCTGTTATGAAAGGAATAACACACGGGGCATGCGACTACCTCATCAAACCTGTAAGATATGAGGAATTAAAAAATATATGGCAGCATGTGATCAGAAGGAAAAAACATGACCCGAATGACCAAAACAATTTTGACAGTGGAGATGACAGTGATAGAAATCAACTTGCAAACCCTGAAAGACCTCAGGGCTCTTTTGCAAATTCTAAAATTAACAGAAAAAGGAAGGACCAAATCGAAGAATACGAGGATGACGGCGAATCTACTTTGCATGAAAATGAAGATTCTTCTTCTCAGAAGAAGCCGAGGGTAGTTTGGTCGGTTGAGCTGCATAGGAAGTTTGTTGGTGCCGTTAATCAGTTGGGGCTTGATAAGGCTGTACCTAAAAGAATACTCGATCTCATGAATGTCGAAGGCATCACTAGAGAAAATGTTGCAAGTCATCTTCAAAAATACAGGCTCTATTTAAAAAGGTTAAGCGCTGTTGCTAATCAACAAGCCAACATGGTCGCTGCACTAAGAGGCAGCAGAGATACTTCATACATGCCCATTGGATCCTTAGACCCGTATCCAAACTACAACTCTATTATCGGGTCCAAACCGCTGCAGTCAAACGGATCCATCCCTACATTGAACACCTTTAATGGGTTTGGGTTTCATGGGTTCATGCCTCCTACAACCCGGGGTCCTGTTAATGATATCACTAAAATTCAAGGAATGCAAGAATCGAGTAGAAGTTTGCTAGGTGGTTTAACTCCAAAGAACCACATAAGAATGCCACTACCTTTGAACTCGGATCCCTTTGAGGTCAATATTGGAAATTCTTTAAACTTTGTTGATGTTAACAGATGCAATGACACATGGCAGAATGCCGCTGCATCATCGAATTTGTATAACAGCAACACAAATATTGCACCTGTGAATAATCTCAAGTGGGAGCAGCCAGTACAAGGGCAGTTTTGTAATTCGAGTGGGACGTATGATTCCTCATCGAGTCCATTAGTTTCGAATGCTCATATTGGAGATGTTAGCAGAAAAATGGATCTGCCTATCATCGGTCAAAGTAGTTATAGTTCTCCGTTATCTATTCATGATTATAAGCCAGAGCAGTTAAATTACAAGGATGATCAGTTATTTGTCGATACAAAATTATCAAATGGGTTTGTCTCAAGTAATTTTGGGCTTGATGATCTTGTAGCAAGAACGATGGTTAAGCCGGAGTGTGAAGATTTTAGCTTCATCGAAGATGATGTTGGATGCAGTGATCTCTATTCTCTTGGCGCCTGCATGTAA

Protein

Gene

>AfisC5G05714
ATTTGACCCCCTAACATTCCATTTTATCAACACATCATTATTCGCTTATTATTTATTTTTAAAGTTACTTTATTTTCCTTTTTCTCCATAATTTAATTGCCATTTCCTCCATATGCGACCAAGATTCAATTTTTCTCAGCCTGTTGTATTGAAATGCCTTTATACCTCTCCACAAATGTTATCTTTTGAGTAATCGAAGTTGTTGGCTGAAGTCGTTTTTTTGTTTCTCTCAATTTGAAATCGGTTCGCTTTTTTGTTTTGTACTATTAAGGTTAAGCGAGGGAGATCTGTGCTTTTTTTTTTAAAGTATTGTGATCTGGGTTTTGTTTATTTGGTACTATTGAGTACTTACTGCAATAAATTAGAAGTGAAGATGACTGTTATAAGAAAAAGAGATCAATTTCCTATTGGAATGAGAGTGCTTGCAGTTGATGATGATCCAACCTGCCTCAAAGTTCTGGAATCGCTGCTTCACAGATGCCAATATCATGGTTTGTCACTTGTATTTTACTTTATGTATATTGTTATGTGTGTTTTATGTTCAAATCTAAAAGAAGGAGCTTTATTTATTTATTTTTATAGCTTGTTCTTGTTATAGAACCGTTAAGGATCTTAAAATTGATAACTTACAATTTGGTATATGTCATCATGTAATAAGCAAAATTAGCAATTTCGACTCTTTTAGGTAAATTTGTTACAAGGTTCTTATGATCATGTAGTCTGGTTATCTTGCACTTTAAAAGTGCTTGTTCCAGAATAAAATTATATTTGTTGCAGAAGTCTTGGCTGCGTTTGTTTTTATAAAAAGTTCTGAATTATAAATCAGAACTTTCTAGATTGTTTGTTTTTTATCATTCTTCTGAATAAAACCATCTATTCAGACAAAACAATTCAGAACATTTTTAGTGCTTATTTTTTGCTCTGAATGCTGAATATTGATTTTTGTTCTAAATGCTGAACGCAAACAAACAAGTTATTAATTATTCAGAATTCAGCATTAAGCAATCAGCATTCAGACTTTAGAATCAGAAATCAGAATTCAGCATTTTAAACAAACAGAGCCTTAATACCATCCCCCTACAACAACCCCACCCCCCCTTCCTTCTTTTCCCTGTCTTAATAATGATTTCCAATTTAGAGCTAGGTTGCATTTGATTCAAATAAGAAGTTTTAATTGCTGAACGTTAGGTATGTCTGTTTAAAATTATAATTTTATGATTATTGTGTTTTTTTACAATGTAATGCAATTAGTTCAGGCTGCTTTTGTTTTGAACTAGAAGTTTGAATGTTCAGTGGCTTTAAGTATGCTTGTTCACAATTGCATGTTAATTTTTTTTTTCCGTGTGTGTGTGTAAAACATAATAAGTATTGATAATTTTAATAAGTATTACAAATGTGCTTAGTTCTGAATAGTTATAAAATTAATTAAATACCACCTATCACATTAAACATATTTTATGTGAAAAATAAACGATCCTCAGTAAGCACTGCAAAAGTGCTAAATGCACGACAGTTATCATGAACCCTCAATTGTAATGAGTGTGTAATGACAGTAGTGGTTTTTTAGGTCAAAAGCAAGAAGTATTACATTTCATTTTATGCTTATTGAAGTTGTTAATGCTTATCCAGTACATTATGAAAATGCTTACAACTATTATATTACACAATAAACAACACTTAATGCTGTCGAAGTTTTTATTTCAAACAAATGCAATCATAAATGGTTGTAGAATAACTAATATAATTAACTACAGTGTACCAATATTTGTTGAATATTGCAGTTACTACGACAAATCAAGCAATTAAGGCATTAGAGATGTTGAGAGAGAACAAGAATCAATTTGATTTGGTGATCAGTGATGTGCATATGCCCGATATGGATGGATTCAAACTTTTGGAGCTTGTGGGTCTCGAAATGGATCTCCCTGTCATTAGTATGTTTTCAATATGTTCATTGTGATATATTTGTGATGTATATAGTATTGAACTTTAAATTGTACAGATGGTTTTGTCATGAACAACAATTTTTTTTAGCATAGATTAATTTGTGCCATTGAGAATCGATCCCAACATCTCTAGATAGGCAATCTAGAGACATACCACTATTACATGAGGGCATCTTTAAGGCATACTCTGAGTAACTGACACAAGAATAACTTTGCAACTGTGGATTGAACTCTTAACCTCGTTGATGGAAGCCAACTTTCTCAACCAACCGCACTGTCCATGTCTGGCTCATGAACGGCATTTTCATAACTAAAAAAAGAAGAAGAAAAACAGTCTTCAAGTTTTTTTTTAGTTATATCGATTTTGCAGTCTGTTTCGAGTCTAATTTGGTGTTTTTGCATAGCAGCTAAACTGCGCTTACAATATTACCGCCAACCAGTATTGATAATAGTGGTAAGGCAGTTTGTTATATAGCTATATTTAAATTGAATTAAAACAAAAAACCATATGCTATTACATGTTCTAATAAACATGTACACAATTTTTAGATTACAATAAATTTCGAGCATATTTTTTTCTTTTTTGGAAAGTAGAAAAAAACAAGAATTTTAGGTAACACTAGCTAGTACTAGCTATCAGATTGGATAAAGGAGAATCATATTGACACCTATGTAATTAAAGTCTCTAATACCCTGCTAAAGTGCTTATCACTCTTCAACCACGGCACTCCTACAATTTAGCGCTCTTAAATAGCGATTTGTTCTATCAATTTCAGTATGCAAAATTTAGTTTGTCTAATTCTCTTTTAAACTTGATTAAGAAAGCTAGGGTATATGCCCAATTTCAAGGACCAAATGCCCAACGTTTAAATCGCTATTTGTAACGCGAAGTCGCAACTGTATTGGGTTTTGATATATTGAAGTAAACATTCTTTTTCCCACACCAATGATACATCACTAATAATAAATTGATTTTGTCATTTGAATTTTGTCTCATATATAGCATTTTGCGCCATCGCTCTTTTTCGTTATATTCCCACTATAGTTTTATTCACATTCTCCGCTATGGAACTCTTGAGCGCGTTAACTGCACAAACTGCATTATATGTATGCATGTATATGTGTGTTTGTGTGTGCGCATATATGTATATGTGTGTATCATAAAATCAATTCTTCCAACGTAAAACTGAATCTTTTTGGGAGTTTAATACAGCCGTTTTTGCGTACTAACTAAACTTAAACTTACTATATTATTGGTAATGACCATTGGTAATATTGATAAATCATTTTATAAAAAATAAAAAAATCATTTTATAAGATAGTTGTGTATTGATAAACAAAACTGAGGAAAATACAAAATAAAAATCTTATCCACATGCTTTAATATACAAGTATACCAAATTACAAGATTACAATAAGTTGCGAGCATTATACTATTGGAGGCATACAATATGAGAATAATCATCAATAAGCCTATGAAGTTACTGCTCATAGAGAGCATAAGCACTAGCAATTTAGATAAGAAAGTGAATTAATTTTAGTAAAAAAATTCTACCAAAGATATATTCTTTAAAATATTTCTTGGACATTTCATCAATCTTATATCATGTAAATTTTACAGTGCTTTCAGCAAATGGAGAAACTCAAGCTGTTATGAAAGGAATAACACACGGGGCATGCGACTACCTCATCAAACCTGTAAGATATGAGGAATTAAAAAATATATGGCAGCATGTGATCAGAAGGAAAAAACATGACCCGAATGACCAAAACAATTTTGACAGTGGAGATGACAGTGATAGAAATCAACTTGCAAACCCTGAAAGACCTCAGGGCTCTTTTGCAAATTCTAAAATTAACAGAAAAAGGAAGGACCAAATCGAAGAATACGAGGATGACGGCGAATCTACTTTGCATGAAAATGAAGATTCTTCTTCTCAGAAGAAGCCGAGGGTAGTTTGGTCGGTTGAGCTGCATAGGAAGTTTGTTGGTGCCGTTAATCAGTTGGGGCTTGATAGTAAGAATGATAATTTTTCTCTTCATATCTTGTTATAACATATAAATTTATATTTGTTATAACATAGATTATTGATATATTTAGAGTGTTGCTTCAGATAGTATCAGTTTGATTAGAGTTAGTTTTATGTTTTCATTTGCTAGGGGTACATTGCACTTGTTTTATAGGATTTTTAATACTGATATCAGTAGAAGTATAGAATAGACTGAAACTAGGCAAAAAACTTTAGGAGGTTACTATCAATAGTTTAACACTACCAGTTTTGCTAAGAACAAGAACCTCTGGTTTTTTTTGGCCAGAACAAAATCATATTTCCAAATTTTAAAGCTTGTTTTGGTATTTTGTAAAAATAGGTATCAGTGAATTACACCGAAAGTTCATTTCTCTTGTAATATAATTACTGTTGCCCTCTTTCCCAACTAATATTGTCAATAGTTGGCCCTTAAATTTGTTTGTTATAACAAAAAATTAAAAAATTACTCATATACTTTGGACACCTTTTGGAATCAAGAAAGACTTGTGCTATTTTGATCTTATTTATGCCATTACACATGGCCAATTTTTATATATTTTCATCAGTATACTACTATAGTAAGGTGGTAAGGTTTCTGTGGGTTTTACAAGTCTTCTGTTAAAAACTCAAATACGAATAAAATTTATGATGGAAAATTGTCCACATACTGAATCATCACTAATACTACGGCAATTTTGGTTTTAAATACAGAGGCTGTACCTAAAAGAATACTCGATCTCATGAATGTCGAAGGCATCACTAGAGAAAATGTTGCAAGTCATCTTCAAGTACGAACTCATCCACACAAACTATTCACATATTTCTTTCATCATCTTCATATTTTATGTCCGTTAACACAATTTATTAAAACAGAAATACAGGCTCTATTTAAAAAGGTTAAGCGCTGTTGCTAATCAACAAGCCAACATGGTCGCTGCACTAAGAGGCAGCAGAGATACTTCATACATGCCCATTGGATCCTTAGACCCGTATCCAAACTACAACTCTATTATCGGGTCCAAACCGCTGCAGTCAAACGGATCCATCCCTACATTGAACACCTTTAATGGGTTTGGGTTTCATGGGTTCATGCCTCCTACAACCCGGGGTCCTGTTAATGATATCACTAAAATTCAAGGAATGCAAGAATCGAGTAGAAGTTTGCTAGGTGGTTTAACTCCAAAGAACCACATAAGAATGCCACTACCTTTGAACTCGGATCCCTTTGAGGTCAATATTGGAAATTCTTTAAACTTTGTTGATGTTAACAGATGCAATGACACATGGCAGAATGCCGCTGCATCATCGAATTTGTATAACAGCAACACAAATATTGCACCTGTGAATAATCTCAAGTGGGAGCAGCCAGTACAAGGGCAGTTTTGTAATTCGAGTGGGACGTATGATTCCTCATCGAGTCCATTAGTTTCGAATGCTCATATTGGAGATGTTAGCAGAAAAATGGATCTGCCTATCATCGGTCAAAGTAGTTATAGTTCTCCGTTATCTATTCATGATTATAAGCCAGAGCAGTTAAATTACAAGGATGATCAGTTATTTGTCGATACAAAATTATCAAATGGGTTTGTCTCAAGTAATTTTGGGCTTGATGATCTTGTAGCAAGAACGATGGTTAAGCCGGTATGCTTCGTTATTCTCTATGTTTATGAAGCTTTTTTATGTTGGTAGAAGGTATATTTCAGTAAATATCATTGTTTAGAGGTATATTAACCTGTATAATAACAGAGAATTTTGTACATTATAAGACAAATTAATATCAACTATCAACATACTCCTTTACCCAAATATGATCAATGTAATGGCACCAAATTAAAGCTTTGTTCTCAAACAAGAGTTCGGTGAGCAGTATTCACTGAAATAGTGGTTCTGTGAATGGTGCTTCATTGAATTTGCGTTCTTGGGCATTGAACGGTAGTTGAGTTTGAATTTAAGGTATTGTTGTTTATTAATTCGATTGGTTATTATTAGTTACATAATTATTTAAGTATGAATCAAAAAATAATAATCAAATCATTAATAAATTATAATTAATAATCGGTAAATCATGACTAATAGTTGGTGCAGAATAATTAATAACAAGTGTTTTATAATTAATTGATTTAAAAAAAAATTAATGCTGTAATTACTCGATATTTACTATATTAAATTTGATTACTAATCGTTAATAATTAGTTGAATAGCTAATATAAATAATTAATCATTTAAGATTTTAATTAATCGTTTAAGATTTTAATTAATAATTTAAATAAAATAGTTAAATCTAATGAATAATAGATCCGGAGCGATGAATCTTATTGTGTTCATGCTTGGGGTTGGGATTAAGGGGTAATTCAATGGTTGAGATCCATTGTGTCACCAATTTATGTCTCAATAGAATTTCCATAAAAATAGTTCTTACTAATTTAATTTATAACTAGAAAAACAAAATATGCGGCCTTACATCCGACTTAAAGAGCTTAATTCGGAGATAAGGTATAACATCCCATCTGAACTTTATAATTTCTGAGGTGTGAACGATCCTTTTGACCGTAGATCCAACTCTTACATTCCGCTCACTCGCTCACAAGTCCAATGTTAACTTGTGCGGTCATTTGAAGTCTGTTCTCATGTTCAAACATGGAGGTAACAATAATATCCTACATGTTATTATTGTGTTAAATCATTTTCGTAGTCTTGAAGTATTGCTGCAGTTTGATAGTTCTACCATTGATAATTAAAATTTACTATTTAAACGGTGGATGATAATTTTATTTTAAACTAGAAACTTGTTTTTGTGTGCAACTTATTCATTTCGGTCAGCGCCTCCATATTTACAATATATTTAGTCAAATGACTTTTTTGTTGTGAAACTTCTTATTGGTAAGTAGTGTAAGATAATCTGATTTTCTCTGAAGTTTCGTAGTTGCAAATTTGATCAGATAATTAATGAAAAATTATATACAAGCTAAATAATCAGATTTAAAACTAAACAACTTCCAAAACACATTGGCCCATTAAAACCACCTATAATACATGTTTATTATTAATGGGTTGGTGCGATTTTAACATTCACCGCTCAACGTGCAAGCAACAAATTTGTGTTTAAAGGCGACTTGTTAGATTGTCAATGGTGATGACATGACAATGAATTATTTAAATTTATCGAACAGCATTAAACTATATTTACATTCTTTAAAGGGCATCTACCAAATTATCAACATACATGCATTTACTTTAGCAAATTTGAGTAATTCTCTCTTTCAATATTCAGGAGTGTGAAGATTTTAGCTTCATCGAAGATGATGTTGGATGCAGTGATCTCTATTCTCTTGGCGCCTGCATGTAAAATTATCGTTACCTAATTCATCATTGTGACTGCTGTGTTCACTACCTAGTTCTCACTTTATTTTAAGAAGCTACTGCAGTTGTATTTAATAAGTTGGTTAAGTTGTGTTTTTCTCCACCGAGACTACCTTGTTCCAGATTTGTATGATTCCTGTTTGAAGATTTTTCGGGTCTTTTTTCCGGAATCTCTGGTTATGTAAATTGCTTGACTTGTTAGAGTTTGTTGCTCTGTTATATTACGAATGGTTTGTTTAAGTGTATGCACGTACATTTGCAATTGAGGGATATTTATTTATGATTTTTCTCG

Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020265716.1	1.1e-171	two-component response regulator ORR22-like
Swissprot	Q6K8X6.1	5.4e-102	OsRRB5
trEMBL	A0A5P1EWG4	8.2e-172	Two-component response regulator

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT2G25180.1	53.96	7e-100	361	ARR12;RR12	response regulator 12

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC5G05714	AT2G25180.1	391	152	7	1	376	1	378	53.96	7e-100	361
AfisC5G05714	AT4G31920.1	558	240	18	4	510	7	525	40.86	1e-90	330
AfisC5G05714	AT4G16110.1	305	117	5	8	302	22	320	56.39	2e-90	330

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00072.21	Response_reg	Domain	16	124	82.0	3e-23
PF00249.28	Myb_DNA-binding	Domain	201	251	26.6	4.5e-06

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000160	P	phosphorelay signal transduction system
GO:0005515	F	protein binding
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0005634	C	nucleus
GO:0009414	P	response to water deprivation
GO:0010082	P	regulation of root meristem growth
GO:0010380	P	regulation of chlorophyll biosynthetic process
GO:0045893	P	positive regulation of transcription, DNA-templated
GO:0031537	P	regulation of anthocyanin metabolic process
GO:0043565	F	sequence-specific DNA binding
GO:0048367	P	shoot system development
GO:0048576	P	positive regulation of short-day photoperiodism, flowering
GO:0080022	P	primary root development
GO:0080036	P	regulation of cytokinin-activated signaling pathway
GO:0080113	P	regulation of seed growth

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K14491	ARR-B; two-component response regulator ARR-B family	EC:-	Plant hormone signal transduction	ko04075

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network