result

Gene information

Detail information of AfisC5G05921

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC5G05921	chr5	1089473201	1089489340	+

Sequences

CDS

>AfisC5G05921
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Protein

Gene

>AfisC5G05921
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Functional annotation

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nr	XP_020276778.1	1.9e-272	uncharacterized protein LOC109851083
Swissprot	Q6PDQ2.1	1.6e-13	Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 4
trEMBL	A0A5P1EGC8	1.4e-272	PHD-type domain-containing protein

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT2G36720.1	45.21	2e-167	586		Acyl-CoA N-acyltransferase with RING/FYVE/PHD-type zinc finger domain

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Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC5G05921	AT2G36720.1	721	333	12	203	861	253	973	45.21	2e-167	586
AfisC5G05921	AT2G27980.1	749	374	15	156	861	312	1057	43.93	8e-167	584
AfisC5G05921	AT2G37520.1	671	345	11	203	861	165	815	43.82	6e-158	555

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF16135.2	Jas	Family	219	283	35.4	8e-09
PF16135.2	Jas	Family	411	482	74.4	5.4e-21
PF00628.26	PHD	Domain	511	551	29.5	4.5e-07

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005515	F	protein binding
GO:0003677	F	DNA binding
GO:0006366	P	transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0005856	C	cytoskeleton
GO:0006325	P	chromatin organization
GO:0006355	P	regulation of transcription, DNA-templated
GO:0006996	P	organelle organization
GO:0016818	F	hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides
GO:0030154	P	cell differentiation
GO:0031981	C	nuclear lumen
GO:0032991	C	macromolecular complex

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network