result

Gene information

Detail information of AfisC6G00066

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC6G00066	chr6	10291215	10301171	+

Sequences

CDS

>AfisC6G00066
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Protein

Gene

>AfisC6G00066
AGATCCGCCATGGCCGAATATCTTTCTTTCTTTTAAGCTCAAAATCCGAAACTTTGGTTAAAAAAAGCTAAAGAATAGTTAATGGTACATGCTCACTGCTTTATTCTGTAATTAATTGATATTTTATAGAATTCTTTTGAGATATTTTTAGTGAATTTAAGGCTTTATTCAAGCTCCAGATGTCGAGATATCACTTTGGACGAAATCGGATCCAGATCCGATTTGAATCTCGAGAAGTAATTCAAGGGAATGTTTTAAGCGCAGAGTTTGAAAATTTTTATAATATAAAAAAGAAAAAGAAAAAAGAAAAAGAAAAGAGGTTTTTGGCGCCTATTTTATACAATTGGCATTAGTTTATTGTTTTAACAGTTTGTGCATGTTTGTCTTTTTTGTGCTTGCTGTTGTCTGATTATTTGTAGAATGTGGCACAGAAATCTTGAAACTATAGCTTCATAACTCAAATAAATATTTCCAATTTTAGCTTAAGGATATATCTTTTTTTTTTGTAGCTAATGGTAAGAAGGAGAAAACAAAACTTGCATTGAAAAATAAGGATCTGTTTAAATATGATGGTCAGTTCATGTAAAGATGGAAAAGGAGGAATAGATAATGGGAAATATGTTAGATATACCCCTGAGCAAGTAGAAGCTTTAGAAAGGTTGTATCATGAATGCCCGAAACCGAGTTCAATCCGTAGGCAGCAGTTGATTAGAGAATGTCCTATACTTTCAGATATTGAACCAAAGCAGATTAAAGTTTGGTTTCAAAATAGAAGGTATGCTTCTATTACACGATCATTTGTATTATTTCTTGTTTTGTTGTTGTATGTTTGCTTAAATTTGCATGTTTATTTTCATGAGTGTAGATGTAGGGAGAAACAAAGGAAGGAATCTTCGAGATTGCAGGCGGTTAATAGGAAGCTTTCTGCTATGAATAAGCTTTTGATGGAAGAGAATGATAGGTTGCAGAAGCAAGTGTCACAATTGGTTTATGACAATGGATATTTTCGGCATCAAACACAAAATGTATTCTTTCATCATTTTTTTTATTATTAATGTTTTATAAGAGAAGGCTGAGAAGCAAAAAATAACATTTGCCTTGAACGAAGAACGTTGGCTAAAAAACTGTCAAATTTCCAAATACATATCAGTCCAGCATTTCCCTTTCAGATGAGGAACCTAAACCAGTAGTGTATTTTAAAAACAAATTTGACAGAACTCAAAAAGGAAAATGGAGCTACTATGCTACTTAAATCTGTCTTCTATTTGTGCATCATTTGTAATTTATTTTTTTATTTTGTTATTTTAAGGTTGCATTAGCTACTACAGACACGAGCTGTGAGTCAGTAGTGACGAGTGGTCAGCACAATTTGCCACCTCAGCATCCGCCAAGGGATGCTAGCCCTGCTGGGTAAGAACCACATTATTAATGCCTCTCTTCTTCATATATTTTGTTCTAAATTTTTGAGTTTGTTATGTTAGCATGACCGGTGAAGTTCATTCATTTGTGTGTGTGTATAGACTGATGTCCATAGCCGAAGAAACTTTATCAGAGTTTCTATCGAAGGCAACTGGAACTGCTGTGGAGTGGGTCCAAATGCCTGGGATGAAGGTTTAACTTTCAATATATGTCTATTTAATCATAATTAAATATGTTGGTGAAAACATATAATAATCATTTGGATGTGTTGTAGCCTGGTCCGGATTCCATTGGAATCGTTGCTATCTCACATGGTTGCACGGGTGTGGCAGCACGTGCTTGTGGCCTAGTTAGTTTAGAACCCACAAGGGTAATTTTCAATGATATTTGAACTGCAAAATATTAATCATGTGGCAACTAATCAATAGGGTGTTCTGATGGTTGATACAAATTTTGAATTTTGCTTGGCAGATTTCCGAAATTTTGAAAGATCGTACATCATGGTTTCGTGACTGTCGATCTGTAGATGTCATAAATGTGTTGCCTGCTGGAAGTAATGGAACCATTGAGCTTCTCTACGTGCAGGTAAAATATCAATATCCGTTTATATATATGGATTTGTTTAGTTGATATCCTTGTGTTTTATTTTGATCCTCGCTAATCAGAGTATGTAATTTACGATGCACTTTAAAAATTAAAAAGGATTTATTTTCTCCGAGTGAGGACTTCTGTAGATAAAATAGCTATATATCAAAAAATTTGGAGTGCTAAAGATGACGACGTTGTGTTTAAAGGATGTTGTAATGAATCAAATGAAGATATTTCAACAAAATTGATGATGGTGTAGAATTTTTATCTAGTTAATGCATCGATACAATTCATTGCTTTTCAGCTTTATGCTCCTACTACGTTGGCACCTGCTCGAGATTTCTGGTTGCTTCGATATACATCGGTTCTGGATGATGGCAGTCTAGTGGTATGCTATGAGAACAAATAATATATGAAATATATTACCATCTCTTCATCGGATGTTGGCGTACCTCATATCATAGATTATGAAATTGTTAGGTTTGTGAAAGATCGCTTAACAGCACACAAGGTGGTCCGAGCATGCCTTCTGTGCAACCTTTTGTTAGAGCAGAAATGCTTCCAAGTGGTTACTTGATAAGGCCATGTGATGGCGGAGGGTCTATAATTCACATTGTTGATCATATGGACTTGGAGGTATAATCCAATTTAATAAATATTAATATAGCTAAATGTCTTTATCTATAAAGAATTATTATTCTCCGTCAACAAGATACTCTCACACCCTACAATTTCTCGAGTTCTTTCATTCCAAGTATATTAAAGTGGAGCGTTGAAGTATTTTTGAAGTGCAAATAACATTTCCACCCTTGTATGTTTTCGCCACTCGCGACTTTGAATTTTTACTAACATATCTCTGAATGACCATATAGCCCTTACTTTCGGACCATCATGATTACTATTTTCTTTGGAATACCAAGTTTAAAATTGAAGCTAACTTCCGGTCACTATTGTTTTGATGTGGATAAAGTATTCTAGCTGTGGAAGGATTTGTGCTGAGAGTGCCTTACTGTAATGAATGTTAGGTTTTGTGTGCACTAACATATTTTGCTGTCAAAGCAGCCATGTAGTGTGCCTGAAGTTTTACGTCCACTTTATAAATCTTCTACCGTGCTTGCTCAAAAGACAACGATGGCGGTAAGCGCAACTGTTATGTACTGTTGTGCCCTCATGTATCTGTGCTATTGAACATATTCTCACTCAGTCCTGTTGTGTTTCTTCAAAATAGGCTCTACGGCATCTAAGGCAAATATCACATGAATTATCTCATTCTAATATCACTGGATGGGGACGAAGACCTGCAGCTTTGAGAGCACTTAGCCAGAGATTGAGCAGGTTTTTTAAATAAACAACCTCGTATTTTGTTATATGTGTTTTTTATCCCTTGCGTTTTTCAGATTTAAAATTCTGTTAAGTAATAACATATAAACCATGTAGGGGATTCAATGAAGGTGTAAATGGCTTTGCTGATGAAGGATGGTCTCTGATCAACAATGATGGAGTTGACGATGTTTCCATTCTCATTAACTCTTCACCGAATAAAATGATGAGCTTGAATCTTGGTTTTTTGAATGGCTTTCCTTCAACTGTCACTTCTGTGCTGTGTGCCAAGGCATCCATGCTTTTGCAGGTAAGCATAATAGTAGTAAATTTTTAGTGGAAATGTTAACCTATATAGGATGATTATATTATCTTTATGATTTTTTTATGGTAAGGGTAAATTTGGATTCGGGTGGAAAATATATTTTGTAACAGCTTTGTGTATGTACAATATTTAATAGAATAAAGCCAGTTACCAAGTTAAACAAAGGTCAACTTTGGTTCACCTTCTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGAAAAATTATTTTCAATCGGTAATAACCACATTAAAATTTGTTTAAATAGGCACCTGATGTTAGCACTTAGCACTACCATTTCCTGATACCAATGGAAATACTCTGTTATACCAAGCTATCTCAATAAAGAGTGTGTGTTTTTGGTGCCTATAATTGTTAGCTTATTGTGTATGTGTGTGTCTTCTTGAATATTAATCTATACTGATTCTTTATATGTTTCATTTATTTTAGAATGTATATCCTACAATGCTTTTAAAGTTTTTACGAGAGCACCGATCAGAATGGGCAGACAGCAGTATAGATGCGTATTCTGCTGCATCTGTCAAAACCAGTCCTTGCACCTTACCTGGGGCCCATATATCTGGTTTTGGTGGTCAGGTTATACTTCCATTAGCACATACACTTGAGAATGAAGAAGTAAGCAGTTTGATTGAAGTAGTTACAATCATCATACCAATTTTTTTCCCAGTAACATGTTAGTATTTACTCTTTACATTTTTTGACAGTTTTTGGAGGTTATTAAACTGGAGAACATAACTCACTTTCAAGATGTCATTGTGCCTCGGGATCTTTTTCTCTTGCAAGTAAGTCTTCAAGCACATTAACCAAAAAAAATAAAAATAAGAAGAAGTTCAATGCACATTTTAAATGATTCATGTCGATACAGTGCATTGTTGTTTTTTTAGCATTATGCTGTATATGAATGTATACAGGGGGTCTTCTTATGTTAACGTTGCTTGTAAAAATGTAAGCTTCTTCCAACATCTACTTGTAACTTGATTATTAGAATACAAACTCCTCCGCTTCTTAGTTCTGCTTACATATTAATCTTTTGTTTTGATATCAAATTGAATTGGGAGGTTTATATAATGCACTTTCAACTTTCAACTTCTTTCAGTTCTGCAGTGGTGTGAATGAGAATGCAGTTGGTAGTTGTGCAGAGCTTATCTTTGCTCCAATTGATGCATCTTTTGCTGATGATGCCCCTTTATTGCCTTCAGGCTTCCGGATAATGCCCTTTGACTCTTTGAGTGTAAGTACATTTGATACTAGTATGAAAATAGGGCATCTGTACCATAAAACATAATTGATAACTGTAAATTTGTTTTAAGAACTATGTGCATTCAGTTTTGCAAGCAATTA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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020269197.1	0.0e+00	homeobox-leucine zipper protein ATHB-15-like isoform X2
Swissprot	Q9ZU11.1	0.0e+00	Protein INCURVATA 4
trEMBL	A0A6I9QUM6	0.0e+00	homeobox-leucine zipper protein ATHB-15 isoform X1

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT1G52150.1	75.95	0.0	1332	ATHB-15;ATHB15;CNA;ICU4	Homeobox-leucine zipper family protein / lipid-binding START domain-containing protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	bit score
AfisC6G00066	AT1G52150.1	840	191	6	2	834	1	836	75.95	1332
AfisC6G00066	AT1G52150.2	841	191	7	2	834	1	837	75.86	1327
AfisC6G00066	AT4G32880.1	829	201	9	13	834	11	833	74.19	1281

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g141409.t1
Allium fistulosum	AfisC6G00066
Allium sativum	Asa8G05948.1
Arabidopsis thaliana	AT1G52150.1; AT1G52150.2; AT1G52150.3; AT4G32880.1
Oryza sativa

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00046.26	Homeobox	Domain	18	75	57.5	7.9e-16
PF01852.16	START	Domain	161	369	173.2	4.2e-51
PF08670.8	MEKHLA	Domain	691	833	160.7	1.8e-47

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005515	F	protein binding
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0005634	C	nucleus
GO:0006355	P	regulation of transcription, DNA-templated
GO:0008289	F	lipid binding
GO:0009880	P	embryonic pattern specification
GO:0008284	P	positive regulation of cell proliferation
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GO:0009944	P	polarity specification of adaxial/abaxial axis
GO:0009965	P	leaf morphogenesis
GO:0010067	P	procambium histogenesis
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GO:0045597	P	positive regulation of cell differentiation
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GO:0048364	P	root development
GO:0080060	P	integument development

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K09338	HD-ZIP; homeobox-leucine zipper protein	EC:-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network