result

Gene information

Detail information of AfisC6G00606

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC6G00606	chr6	90600348	90612456	-

Sequences

CDS

>AfisC6G00606
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Protein

Gene

>AfisC6G00606
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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020249500.1	6.0e-302	protein CHROMATIN REMODELING 19
Swissprot	Q9ZUL5.1	1.2e-270	AtRAD54-like protein
trEMBL	A0A2I0A9C4	1.1e-289	ATP-dependent DNA helicase DDM1

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT2G02090.1	74.19	0.0	974	CHA19;CHR19;ETL1	SNF2 domain-containing protein / helicase domain-containing protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC6G00606	AT2G02090.1	616	157	2	174	788	148	762	74.19	0.0	974
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Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g114514.t1
Allium fistulosum	AfisC6G00606
Allium sativum
Arabidopsis thaliana	AT2G02090.1
Oryza sativa	LOC_Os04g47830.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00176.20	SNF2_N	Family	255	545	186.9	3.7e-55
PF00271.28	Helicase_C	Family	615	727	65.3	4.9e-18

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000018	P	regulation of DNA recombination
GO:0000122	P	negative regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0000183	P	chromatin silencing at rDNA
GO:0005515	F	protein binding
GO:0000729	P	DNA double-strand break processing
GO:0000775	C	chromosome, centromeric region
GO:0003677	F	DNA binding
GO:0003682	F	chromatin binding
GO:0005739	C	mitochondrion
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GO:0005524	F	ATP binding
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GO:0016584	P	nucleosome positioning
GO:0030182	P	neuron differentiation
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GO:0031047	P	gene silencing by RNA
GO:0031934	C	mating-type region heterochromatin
GO:0035861	C	site of double-strand break
GO:0042766	P	nucleosome mobilization
GO:0043044	P	ATP-dependent chromatin remodeling
GO:0043596	C	nuclear replication fork
GO:0045089	P	positive regulation of innate immune response
GO:0048468	P	cell development
GO:0048513	P	animal organ development
GO:0051304	P	chromosome separation
GO:0070869	P	heterochromatin assembly involved in chromatin silencing
GO:0070870	P	heterochromatin maintenance involved in chromatin silencing
GO:0070932	P	histone H3 deacetylation
GO:0070933	P	histone H4 deacetylation
GO:0071310	P	cellular response to organic substance
GO:0071494	P	cellular response to UV-C

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K14439	SMARCAD1; SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A containing DEAD/H box 1	EC:3.6.4.12	Signaling pathways regulating pluripotency of stem cells	ko04550

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network