result

Gene information

Detail information of AfisC6G01282

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC6G01282	chr6	196020218	196024264	-

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC6G01282
ATGTGTGACCGAAAATACACAATTACATTTTTTTATTGTCCATGCATATATGCGTTGCCAAATTTGGTAAAATTGAAACTAAATGAATGTTTTTGGGGCAAAAAGGTAATAAACATTCTTTTTCTTCCACAACCCTAATCCAAACGTCTAACATTCATTCCCCAGCTTCAGCCGCAAGAATTTTCCCCAACTTTGGAAATTAGGGTTTCTAATTCGAAGCTTCCGATTGATAATCAGATGAGATAAATTCACATGTGTCCCTTGTCACTTTGATTGCTTGATTGTTGCCGCTCGGTAGCTTCGACGTCGAGTGAGATTGATCTAGAATTCGGTATATATTCTTCGATTTATGCTTTTGATTTTATGCTTTTAATTCAACTTGAGTTTATGCCAATGATGAATTAGGTTTATTTATAGGGTTTGATTTTCGATATATTAGTTTGCTTGAATTTTTCAATTGCTTTCTTTTTACGTTCGATTTATGATCAAATAATTTTTCAGTGGTTGACTCGTTATTTATTTTGATATAAGTGCGAATGTATAGACTTATATATCTAGACCCATGGTTGCATTTTTGGCCTTGACTTTGACTTCTTCTTTGATATTTTTGATGCTTTGTTTCCTTGCATTGTACATGTGATCTGCTCCACTAAGACCATGCTAAGGTGCAACTTCTATATGTATAATATACTAGGGTTTTTAAGATTTTATTGCAAAAGGCCTTGATTTTCTGTTACAATTCAGTGTTAAAATTCATATATATTCATGAAATAAGCTTAAATCTGTGCAGATCTGACAGATAAACAAAGTTTGTGTGTAACTAATTTTTTTTGAGAAAAATGTTATTTAAGTTGCACTGACCTTTTCTCTCCTTTATGTGTATATACATTGTGAAATGAACAATAATCTTTTATTTAATTGTGTATTGTAATTATCATAGGTGGACTGGACTCCGGAGCTTCATCGGAGATTTGTTCAGGCAGTGGAGCAACTTGGGGTAGACAAAGCAGTACCATCCAGGATTTTAGAGCTCATGGGAATTGATTGTCTCACAAGACATAATATTGCAAGCCATTTACAGGTACACCTAATTTTATCTATATGTAGTTTTGGATAAACTTCTTCTTCTTCTTCATTATTTTTTGGGTTTGTTTTATTTTTCTGATTTTGGATACCATATAGAGATAAGCTTATCTGTAATATATTTAAAAGTATTCTCGTACATATGGTATACTAATTAGGTCACTGATAATAAATATTGTTGTATATCTAGCAACAATTTCTAAAAGTAAACTAATTTAGGTAAAAGCTGAGTGTAATTACATAAATTTTCCTGGATATATTACAGAATTTATATAATCTATTAACAAGGTCTTCTAAAACATGTAATTTAATCACGGTTATACATATCACATGCCAGATGCTTTTCTAAACCTGCACTTAATTTGATATTCAATCTTTTTACACACATGTACTCCAACTTTTAATGTAAAAGCAATTGAGTTTTCCTGAGAAGAACAATCGAAAAAAAAACTATTATATGAGTACAGAAAATATATGGAAACTTCATGTTCAGTATACTAAAAAACTATATATATATATATGAAATTCGTTAACTTCTTGAGGATAAGTACAAAGAAATATGACATCTACCAGTATAAGCATGCATTGACTGAAATTTGAAACTTGGAAGCATGTTACACTCTCATTTACATATTATATACGTAAGAACTCATAATTGTTGTTGAAGTACTAACAAAGTTTAAAAAAAAATTGAAAAACGAAACACAGAAATATCGGTCGCACAGAAAGCATTTGCTAGCAAGAGAAGCAGAAGCAGCAAGCTGGAGTCACAGACGTCAGTTGTACGTGAGCAGCACTAACAATGGAGGAGGAGGAAAGACGATGAACATGAAACCTAGTTGGGCCCCACAACCACAGCCCATGGTTGGATTTCCTCCAACAATGAATCATCCTCAACAACAGAACTTCAGACCTTTGCACGTCTGGGGCCATCCACAGGCGGTGGAGCATCCTCAGCCGGTTCCGGTCTGGCCCAGACCTCCATGGGGCACACCTCGACTAGTGCATGGACCTGTTGTGCCTGCTGACCCTACTTATTGGCATCATCATCCACATTATAATCAAAGGGTACAGTTTACATGCTTTTGATGCCTTCTTTTACAAGTATATAGTGAAATTCTAAGCCCTCTTTTCCTCTTGAAGAGTGTGGACAAACACACTTTTTTATTGGTTAAGGTTAGGTTACACGAATTTAATAAAATGGAATCTGAGTACAAGATGAAGTGGTGTAATTGTTGAAAGTATCGTATCTCTTGTTACCGCTTGCCATACACATGTGCCCTTGGTATTTAGTATCGTAACCACTATTAAAATGGAAAGGTTTGACTACATGCATGAGACATGAAACATGAAACATTTAAAATTTGAAGACGAGAGATCTTATCCCGCCAGTAAGTAAAAATAGATTACAAGAGCATTCCCAACGGTGATGTATGATCACTAATTGTTAATCTTATATATGACACCGAGTGATATTGTCTACTGCTCAGTGATAGCAGAAAGTATACAAATTTATTCGATGTTCAGAACCTTGGGTAAGTGCTTAATGTAATAGTATGTCGGCTTTGTGTGTGCCGTCACTCGTGAAATAAATAACCTGCACCAAAATGAATAAGTGAACATTTACCTGTACTTCTAAAACTTGGGTAAGTGGTTGTTAACGAGTAGGTGAATTTAGCTACTTGGTAGTATGGAATTGGGGAATTTTCTCCATTTGCTACCCATCCATTTGCTACCCCTAATAGGTAGCAAATGAGTTGTAATGTTCTTACACATTCTAATTGCAAGATTGTGAGAACTGTATATACTTCTCAAAATACAAATATAGTTTGAGTTAATTTTACCAATAAAACCCTACTGATACAAGTTACAATATTTGATTAGTGTACATGTAGAATTAGTGGGCTACAAGATTCATCAATAAAAAAATTTGCTTCCAGTATTTCAACTTTAAATTTATCTGCTCCTGACTTGTTCAAAGTTTGCATGTGGTAATTTGATTACCAAATTTGACTCTGAATGTTATCAATAACACTCCTGTAAGAATACTTCACTGTTTTCTCATCAATTGTCATGTGTCTCATCAATCAATTCTCATCAATATTCGAACAGCTCGATATTAATCACTGGCTAAACTTAGACCTGACGAGTCATATAACTGAAATGATAGATTCTTCTTTGACCAAATGATTTAATTAATTTATAAGTGTTATTGACCAAATGACCAAACTTAGACCTGACGAGTCATATAACTGTATATATTGTAAAATCCCACTGGCTATCCACTTTGTGCACACTAAAAGTCTACAACATGGTGTTGTAATTAACCGTTGTCTATTCTTTTACATGGTCAATGATTTAATATGTAATCCATAAAAACAGAATGAATCATTTTTAGCCAACGGTTGATATAAACGGGGAAAATTGGGCCACATTTAATGATTTAATACCGCATAAAGGAATCAAATCATACATAAAATATATTAAGATTGTTTAATGATTTTGCAAGTTAGACTGCTTGTTGGTTTGCTGAAGTGTGTTGGTACTGGTGAAGTTCCCTGTAGGAAAATGTTAAATATGTTCATTTTCTCCTGAATTACATTGCTTTTAGCATGCATCTTTTTTTTTTCAAAATTATAACATGAGTTTTCATTATTAATTATCAACTTAATTTAATGTTCAATTTAATTTTTATAAAGGAACTGCAAATTCAATTTAACGTGATATTAAATGCAGGCACTTCTAGAGAAAGCAGAAAAAAAGAGGAAGTTGGATGATAGTTCTAAGGGTGGAGTCGAAGATCTTGAAGATGACCCAATTGCGGAAGTTTTTAGTTCCGACACGAAGAAAAATTATTGTCGAGCAATTACTTCTATGTTATCAAACAGTTCCGACAGTTTTTCGTATTCAGTATTTGTAGAATTTCACTATGAAATTTACGTTGTCTTTTGTATTCCAATTTGA

Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_006348827.1	2.1e-36	PREDICTED: transcription activator GLK1
Swissprot	Q9SIV3.2	3.0e-35	Golden2-like protein 1
trEMBL	M1AJS1	1.5e-36	DNA binding protein

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT2G20570.2	54.05	9e-43	170	ATGLK1;GLK1;GPRI1	GBF's pro-rich region-interacting factor 1

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC6G01282	AT2G20570.2	185	66	7	23	194	154	332	54.05	9e-43	170
AfisC6G01282	AT2G20570.1	179	68	6	24	194	144	316	54.19	5e-42	168
AfisC6G01282	AT5G44190.1	178	57	4	35	201	149	308	51.69	2e-39	159

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00249.28	Myb_DNA-binding	Domain	36	85	33.9	2.4e-08

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000160	P	phosphorelay signal transduction system
GO:0005515	F	protein binding
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0005634	C	nucleus
GO:0009409	P	response to cold
GO:0009658	P	chloroplast organization
GO:0009736	P	cytokinin-activated signaling pathway
GO:0009910	P	negative regulation of flower development
GO:0010380	P	regulation of chlorophyll biosynthetic process
GO:0010638	P	positive regulation of organelle organization
GO:0045893	P	positive regulation of transcription, DNA-templated
GO:0043565	F	sequence-specific DNA binding
GO:1900056	P	negative regulation of leaf senescence

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network