result

Gene information

Detail information of AfisC6G01433

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC6G01433	chr6	230084301	230092621	+

Sequences

CDS

>AfisC6G01433
ATGCCCACTACTTTTCACCATCTCCTCCATGCCAAAACCCTAAAACTCAAAAGGAAACTCAAAAAATCCAGACTAAGAAACGCATATAAAACCCCAAAATCCCAAATCGATAAAACCCCATTAAATGATGAAGAAGAGGAAAATGAACTGGGGTTTAAGCTGAAATCTAATTCAGATCCCCATTCTCACTCAATCCAACCTCTCGGCAATCTCTTTTTAGCCAATCAACCCAATATCCGGAACCCCGGATTAGGATCTCTTCAAATTTTCTCAGATGATCTAATTATCGATATTCTAGCATTCCTTGATGCGAATTCTTTATCTATTTTATCTGTTTGTTCCAAATCCTTGTATGTTTTTTCTACCCATGACCCTTTATGGAAAAACTTAACTCTTGATGTTCTAAAAGGCGATTTTGATTTTAATGGAAGCTGGAGAAGTACTTTTGTGACCAACTGTGGTTATAAATATGTTCCGTGTTCAAAATTTAGAGTTAGGAACTTTCACTCTGATTATCTGTTTCAGAGCTGGTTGTGTGCTAATATTGAAATGAAATATGTGTGGCTGGATAGAGATAATATTGATAGAAGGAGAGGGATTTCAGTTGATGAATTTGTTTCTTGTTTCGAGGAGAAGAATAAACCTGTATTATTGGAAGGTTGCATTGATAATTGGCCAGCATTGAAGAAATGGAGTAGAGAACATTTAGTTCAAGTTTGTGGAGAAGAAAAATTTGCAGTAGGTCCAGTTGATATGAAGCTAGATAGGTTTTTTAGGTATTCAGATTTAGCTAAAGAAGAACGTCCCCTTTATTTATTTGATTCAAAATTTGCTGAGAAAGTTCCTAAACTAGGATTAGATTATGAGGTTCCTATATATTTTAGGGAAGATCTGTTTTCAGTATTGGGAAAGGAGAGGCCAGATTATAGGTGGATTATTATCGGGCCAGCAGGTTCGGGTTCTTCGTTTCATGTGGATCCGAATTCGACTTCTGCTTGGAATGCGATTATAAAGGGGTCGAAGAAATGGGTTATGTTTCCACCAGAGGTGGTGCCTCCGGGCGTGCATCCAAGCCCGGATGGAGCGGAAGTTGCATGCCCGGTATCCATTATGGAGTGGTTTATGAATTTTTATGATGCATGTAAAAATTGGGAAAGGAGGCCAGTTGAGTGTATTTGTAAGGCAGGAGAGGTGGTTTTTGTGCCTAATGGTTGGTGGCATTTGGTGATTAATCTTGAGGATTCCATTGCCATCACTCAAAATTATGTGAGCAGGAGGAACTTGTTGAATGTGTTGGATTTCTTAAAGAAGCCAAATGCAAGTGAACTCGTCTCAGGTACTAAAGACCGAGTAAATCTACACGACAAGTTTAAGAATGCCATTAATGCTACTTTCCCCGGGACCATTGATAAACTTACATTAGAAGCTCAAGAGAAGATGAAGAACTTTCGCAAGAAGCAATTTTTTTGGGAAACAGCCAGTTCAGAGGGATTCAAATTTTCATTTTAA

Protein

Gene

>AfisC6G01433
TCGCAAATGCCCACTACTTTTCACCATCTCCTCCATGCCAAAACCCTAAAACTCAAAAGGAAACTCAAAAAATCCAGACTAAGAAACGCATATAAAACCCCAAAATCCCAAATCGATAAAACCCCATTAAATGATGAAGAAGAGGAAAATGAACTGGGGTTTAAGCTGAAATCTAATTCAGATCCCCATTCTCACTCAATCCAACCTCTCGGCAATCTCTTTTTAGCCAATCAACCCAATATCCGGAACCCCGGATTAGGATCTCTTCAAATTTTCTCAGATGATCTAATTATCGATATTCTAGCATTCCTTGATGCGAATTCTTTATCTATTTTATCTGTTTGTTCCAAATCCTTGTATGTTTTTTCTACCCATGACCCTTTATGGAAAAACTTAACTCTTGATGTTCTAAAAGGCGATTTTGATTTTAATGGAAGCTGGAGAAGTACTTTTGTGACCAACTGTGGTTATAAATATGTTCCGTGTTCAAAATTTAGAGTTAGGAACTTTCACTCTGATTATCTGTTTCAGAGCTGGTTGTGTGCTAATATTGAAATGAAATATGTGTGGCTGGATAGAGATAATATTGATAGAAGGAGAGGGATTTCAGTTGATGAATTTGTTTCTTGTTTCGAGGAGAAGAATAAACCTGTATTATTGGAAGGTTGCATTGATAATTGGCCAGCATTGAAGAAATGGAGTAGAGAACATTTAGTTCAAGTTTGTGGAGAAGAAAAATTTGCAGTAGGTCCAGTTGATATGAAGCTAGATAGGTTTTTTAGGTATTCAGATTTAGCTAAAGAAGAACGTCCCCTTTATTTATTTGATTCAAAATTTGCTGAGAAAGTTCCTAAACTAGGATTAGATTATGAGGTTCCTATATATTTTAGGGAAGATCTGTTTTCAGTATTGGGAAAGGAGAGGCCAGATTATAGGTGGATTATTATCGGGCCAGCAGGTTCGGGTTCTTCGTTTCATGTGGATCCGAATTCGACTTCTGCTTGGAATGCGATTATAAAGGGGTCGAAGAAATGGGTTATGTTTCCACCAGAGGTGGTGCCTCCGGGCGTGCATCCAAGCCCGGATGGAGCGGAAGTTGCATGCCCGGTATCCATTATGGAGTGGTTTATGAATTTTTATGATGCATGTAAAAATTGGGAAAGGAGGCCAGTTGAGTGTATTTGTAAGGCAGGAGAGGTGGTTTTTGTGCCTAATGGTTGGTGGCATTTGGTGATTAATCTTGAGGATTCCATTGCCATCACTCAAAATTATGTGAGCAGGTGAGCTTTCTTCCGGTTTTTTGGTAGCAAGGTCTAATGTGTAGTCTAGTTCATTGCTTAGATAGAGATATTTGTTTCATCTATTCAATATTTCATTTATACTCTTGGATTAAAAATTGAAATCGTGCTACTTTTACTTTACCGATTTTCAAGTAAATATATGATTACACCTGTTAGAATATGATCCAACCCATCTTTCCAACCCATTGACCCTTGTTGTAAATGGGTTGGATCCACACAATTAATGAAAATGAACGAATATGAGTAGCTCATTTTGCCCTTTCATTAAAAGAGTCATGAGTAACTCATTTGTTAAAATTATGAAATCCAAAAATTTGTATTTTGATAATTTGTAGGTTTGAATTTTGAAAATTTGCACTCAAACGACCAGACTTGTTATTTTCTTCATTCATATTGCAATAAGTGTTAATCGCTAGCGCTTGGATCGAATATGACCGAGTGTATTTAATTAGAGAATATAACAATAAATTGAAGCGGAAATATTAAAGTAGATCACATAGTCGATTTATATTGATTCGGACCTTCCATTCTACATTAGGGGTGAGCAAACGGTCGGTTCGGTTTGGTTTTATGTACAAACACTGAAACCAATTCAAAACCGAATAATACTTAAACCAAACCAAACCAATTTGAATTAAAACCAAACTCGAACCAAACCAAATTAAATTGGTTCGGTCCGGTCGGTTAGTTCGGTTATTGTGGTTTAACTAAGTTAAATATAAATCATCTTGCACATGAAATATATAGTTGAACGCAATGATGGTATATGCAACAGAATATTGATCAATGCTCAGTATTAACTGAAAATACTAATTTAATGCAACATTCAGCTGGTTAGACCAATTTACATTTTACATACAGCACTAAACCCAAACACAATTATAAACAACAATAAAAGTTTTGCAAACCAAAATAACCCAAAACACTGTCATAGTGAAACTGACCCAAAACACATTCATTTTGCTAAGTAAGCAATTGCCAAAATGATACATCATACAAACGAAACTACACTACTAAAAATAGAAGACATGCATATCAACCTTTTCACATGTTATTAATAGGATCTAAGACTAGCTTGCTCACATCTGCATATAAAGTAAACATGATAGTTATAAATAGAAGACATGCATGAGTAAATAAAATTATAGAAAAATATTATAATTATTTACCTGCCTCTAACTGCTCCATATTACTTAAATCTTCTTCTAGATCAATTTTACTCCCAGAAAAAGAATTACGCAACCAATCTTCTGTACAAATCTTTTATTTGCAGCAAAGTCATAGCTTTTATTTGCATGGAAATCTTTTATTTGCAGGGAAATCTTTTATTTGCAGCAAAGTCATAGCTTGCAAAGACTGATTGCTATTCACATCAAAGATCAAAACAGCAAAGACTGATTGCACATATAATAACAAGATTTCATAACTTATTATTCACGTTTGCCAAAGACTGATTATTCACGTTTGCAGGGAAATCTTTATTTGCAGCAAAGACTAATTTTGCAAAGACTGATTATTCACGTTTGCCAAATTAACCGTTCTGTTGCATAAAAAATTCGGAAAAGCAAATTGATAACTTATTGATTCCAAATCAAATCATACAACAATAAATCAAAATTTCTTGCCTATGTTGATAGCAGCCCTACATTAACGTTGTTCGAACCAAAAAAATTAGGAGATCTGATGCGAAGAGTAACGCAACCCCACTCGGCAAGTCGCAGTCGCAGCCGCTGTCGCTTGTCGCAGGCTTGAAAGTTGGATACGAAGAGTAAATCGAAATTGGGAGATCAGAAAATTGGATTTGGGTTGTTGAATTTGGGCAGAAGATGAGTAAATATAAGATAAATGAAAGAACAGGAAACGTTGTTTCCTTTGAATCTATGGAGATTGCTTCGTATTCTTCAATAGTTTTGAAAATTGGAAAACATAAAAAGCTGGGTCGGTGTATTAATGGGAAAGAAACGTGAAAACTGAAATGCCTCTTGATTTTCTTCGGTTATATCGGTTGAACCGAAGTTTTCTTGTTAAAATCCAAAATCAACCAATAAACCAAATTAAACTAAAAATAAAAACCAAATCCAACCAAACAACAAAGACAACCGAACCAAACCGACCAAACCAATTTGGTTCGGTCGGTTAATTCGGTTTGAACCAAACAATGCTCACCCCTATTCTACATCCAGTCCCAAAGCTCCCTTTTTGGTATTTCATTATCAACACTCTCACTTCACCTTAAACTCCGTCTGAACAATCAAACAACATTTCAACACCTTGCCGACTTCTTGGACTTAGGCAAAGATAAATTCAACTTGACTTGTGACAACAATACACGAATTAGTCACCCTGTTAGTACAAATCACCTATAACCACCACAAACAATATGAGGATAAATGAACAAGGTGTATATGAAGTGATACAACCTTTATTGAATAAAGTGGAATGACAATATGAGGTCTAAAATATGTTAATTTGCTATTCTAAATGATCTAGAACTAAATGCACATTAAACATCAGCGAGGGTTTTTGATTTGAGAACATAAAAAGCAATTTCAATCAAGAGAGAGAGAGAGTTTGAGTGTTTATGATTGAGTAATTGTTTTGGAGATGATGGGAGGCTTATATAAGAGTGAAAGGAAGTTATTAAATAAGTGCAACCCTTTAGAAATTTGTTTGACGAAGAGAAGTTGTTGAATACACGAAACACCTTTCCAAAAATATAGCCATGGTAGGAATTTTAAACACAAAATTTTAAACAGCAGTGTACAACGGTAGTTTGCTTCAAAAGAACTACCAAAGGTCTACCCAGAATGTGGTTGTTGGAGCCTTTGATAGCATATTTAGCCAAAATACCGCATTTTTCTGCTATGTAAAAACAGTTGTATATATTTGCATTTTTGACATTTTTTATCAGTTTTCTTGCATTAAAAAAATCCCAAAAAAGCTCAAATATATTTTAGCCATATATTAGAGGTTGTATAGAAATTTGAAGTGGTTTGGAATCTGTTTGTGGGATTTTGACAATTTTATACTATAATGACTCGTTATAGACTCAACCTATAACATGCATTCTATTGAAGCTCTCGAGTTCATCTTTTTATGTCGTCTTGATGCGTCCAAGTTCAATTGGCTTTGTAAACACCACAATTGATCTTAGAATGCTCGAATACTGCATTATTGATTTGTATCCTTCATGTCTTGTATTTGTGCATATGCATACTATTGTGTTGGATTGTGCACATGTATTTGCTTCTTGAATACCCAAATACTTGATAGAATCATCACTAGTGTTGTTGTAATGTTGTTATCATCAAAATACTAAAACCATTTTCCTAACAATAAGTTCATCATACTAATTCAGATTCATGATAGACTTTGATCAATGAACTCGTATCGATATTACAGACAATATGAAATATTCAGATGCTTCATATTTTCGATGTACGTTGTAGGTCTCTGTTGTGACCAATAAATGACAAATAACAAACTACGGGTGCATTCGCAGTAATAATTTATCCCTTTTCGCGTCTGACGCTTGAACGAGGTAAACAACCTTCTTGCGCCATTTATTTCGCGTGAGGGAAATAATCCATGGCGTCCAACGTGCATGGCTAGTTTTTCTCCAATGATTATAATCCCTCTTTTCAATACCCATTTCCCATACCTCTTTACTAACACAAAAACACTTTACTCTTTCGCCAACTTACCCTTTCAAAATACTCCTTTCACTTAACAAAACACGCCCTACATCTCCACATCTAAACTCTAACTTAAATAGTACTTCAATGGTTTCTTCGTCTTTAAAACATTGGAGAGTCGTGCGTAAGTTTACCCATTTAAAATTTGAAATTCCGTACTTGAACGACTAGGCATTAGTCGCTATTTTCTTCGTTTAAATGCAGTAACTTCTTCATACTAACTCGAAATATGCAAAACTTCGACCAATGAACTCGTATCAACATTGCGGACAGTATGGAACATTCAGATACTTCATATTTCGAATGTATGTTGTAGCTCTATGGTGATTAACAGTTGTACTTGGTAAGTAACATGCTAATTCTATTTGAAGAGTACCTTAATAATTCATTCGTCTTTTAAGTCCCGGGATAGTCATGTGGAAATTTATCATTTAAATTTGAATTTCAAACTTTGAAATTTGAAATTTTAATATTTGTAAATTTGAAATTTATATTGAATCTAAATTTGAACTTTTGAGTTTACATTGAAAATTTTGAATTTATATCTGAAAATTTTAATTTTGCAATTTTGCATTTTGACTTTGAATTTGAGTGTTTAAAAATTTGAAACTGAAAATGTTTAAATTTGAATTTCAAAATTTTGAATTTTGAGTTTGAATATTTGAGAATTTGAATTTTATATTGAACCTAAATTTTAACTTATGAGTTTACATTGGAAAATTTGAATTTAACATTTTGAGAATTTTTTGGTCAAGGACCTCCAGCTCAAGTACTTAGAGATATGACGATTTAAACAAATGTTATAGAGGTCATGATTTCGAGCCTTTGAGACATTATAATGAATGCTTAGCTCGAATAAAGTATCACACTTGCTATAAAAAAAAGTTTTGAAATTCTACAATTTGACTTTGAGTTTGAACTTTTAAAAAATTGAAACTGAAATTTGAAAATTTGAATTTTGATTATTTCAGATATTCAAAAGGTAAAAAGCAAAATTTTGCATTTATTGTCATCCTTGAGCTAGGAGTTTTTTTTTGTTTAGGGTTGGTTTAGGGGTAGTGTTATAAGTTTTAGATTATAGGAGCGGTGAATATGAGCCTAAGACGTACTGTTTGGTCTTCGGTCAATATTACTATTAGTATTATCATCATCATCATCGTGGTTATATATATATATATAAAATCTTTATTTTTATTTTACTTAGTTATTATTATTATTATTTGTTTACTCATTTGACTATATTTTATTATTATTACGAGCGTTAGGGCACGCGCTTTGTGCGTGATAATGACATGTGTCTCACGGATGAATTATTTTTCTACAGATTATATATGATTAACACGTTCAAGGAAAAATGATTTGCATAAATATTTAGTCATGTTTTTACGTTGAAATAATGTGGTTAATTTAAACTTTTATTTCTAAGTTGCAACATCTAATTTTTTTGTTATGTTGAATTTTATTTGTATTATTAATTAATAAACAATGAATTTGTAGTTAATTAAAGAAAAAATGTTTATTTGTTAGATCCTAGTTTTAAGGGTAGATGGACATTTTGAATTTGTAAAGAAGTTTAACTGTTAGATCCTACTTTTAGGAGATATTAAGATTTGTTAATATCGGGCAAGTTTAATTGTTAGATCCTATTTTTAGGAATATTAAGATTTGCTAATACTGTAGAGGTGCATTTTTGGTAGTTCATGCTGACACAAACAAAGTGTGACATCAAAGGTATTACAACTATTATTAAAAATAAATATTATATATGATTAACACGTTCAAGAAAAAATGGTTTGCACAAATATTTAAACTTTTATTTCTAAGTTGCAATATCTAATTTTTTTGTTAGTTTGAGTTTACCCTATTAAATGGATCAAATGAGATGAATCGGAAATGGATCGGATCAATGTTTACCCGATTCTTTTATAACCTAACCCTACCCGTTTGACACAGTATAACTTTATCATCTATGTGATGCTTGCACAATTACAATTGTGCTACCAGCCTAAAACACGAATATCTGCAGCATGTGAATCAGGTCCTTCATGCACTCATATCAATATACAAGCATTTTGTAGAATTTAATTGTATCGTTTCAGAGTGCAGTACAAACACAGTAACTTAGATATGAATAGTTTTGGTCAGCAGTATTACCAAAAAAGTGTATAAATTGAGGAGTAATTGGCAATGTTATCTTGATTATCACTGACTAATTTTTATCTTGATAACTATGCTCACTGAAAGTATTTTGTTACAAGTTTATGGGCACAGTTTACATGAATGCACGACCCTCGTACATCACATGCAGCCTGCAGGAAAACTGAAATTAAGTTCATTAGAGCATCTTCACTAATAGATAAAAATTAGTAGCGACCTTATGAAATTAAGTTGTCTACTTTTTCCCCGTAGTAAATAAAAGTAACAATGACTCCACATAAGGTCCGAGTCATTTATTTTCACATGGGGAAACTTTGCATGAATTTGGGGTATTTTCACTAATTTTCTTCACCAAGGATTATTGTACATAGAACATTGGTGGTTTACAAAAAACTTTGTAGTGAGAATAACACCGCTGGAGATGATCTTACCTTGCCCTGATTATAGACTTAATATGTTCATACTAAAATATATGTTTTATATATTAGTCGCATAATTATTGAGAGTATGATTATATATTCAAGTGATGTAGCAATCACGACACAGCAATCTGTTTATAAATAGTGGGAGATATTAGCATCTACCTAATATTTCCAAGTCTCTGGCTTTCACAAGTGTAGCTATGCAATTTTTTTTCCTTTAATGCCACAAAGCCATAGTTAATGTTTTTCTCCCTTTTTATGCACTATTTGTAGGAGGAACTTGTTGAATGTGTTGGATTTCTTAAAGAAGCCAAATGCAAGTGAACTCGTCTCAGGTACTAAAGACCGAGTAAATCTACACGACAAGTTTAAGAATGCCATTAATGCTACTTTCCCCGGGACCATTGATAAACTTACATTAGAAGCTCAAGAGAAGATGAAGAACTTTCGCAAGAAGCAATTTTTTTGGGAAACAGCCAGTTCAGAGGGATTCAAATTTTCATTTTAAAAGATGCTCCAAGGAAGTTGGTCAATTGCCAATGGACACATTGGAGAAAACATATGAACCATAGCTTATATATGTATCCTAATTTTGGAATTGATTTTTTGTTTTTGTTACCAGAAACAATGTTGTTTCTCCATTGATTTAATCGTTGTTTTGAATATTTACCCCATTAACTTTCTCCTCCATTTCTTAATTGCCATTTGTTTTGCATTTTAATTCTTCATTGTTCATAGACAGTAAT

Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020268385.1	1.7e-212	LOW QUALITY PROTEIN: F-box protein At5g06550
Swissprot	Q67XX3.1	4.3e-189	F-box protein At5g06550
trEMBL	A0A8B7C247	3.3e-202	F-box protein At5g06550

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT5G06550.1	67.18	0.0	655	JMJ22

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC6G01433	AT5G06550.1	457	145	2	51	502	46	502	67.18	0.0	655
AfisC6G01433	AT1G78280.1	368	209	8	75	428	5	368	38.32	9e-71	264
AfisC6G01433	AT5G63080.1	288	150	12	194	437	9	285	28.82	5e-19	92.8

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g464172.t1
Allium fistulosum	AfisC6G01433
Allium sativum	Asa8G05014.1
Arabidopsis thaliana	AT5G06550.1
Oryza sativa	LOC_Os11g36450.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF13621.3	Cupin_8	Domain	204	422	76.5	2.4e-21

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000987	F	core promoter proximal region sequence-specific DNA binding
GO:0003727	F	single-stranded RNA binding
GO:0005506	F	iron ion binding
GO:0005654	C	nucleoplasm
GO:0005730	C	nucleolus
GO:0007166	P	cell surface receptor signaling pathway
GO:0043066	P	negative regulation of apoptotic process
GO:0042802	F	identical protein binding
GO:0010030	P	positive regulation of seed germination
GO:0018395	P	peptidyl-lysine hydroxylation to 5-hydroxy-L-lysine
GO:0033746	F	histone demethylase activity (H3-R2 specific)
GO:0033749	F	histone demethylase activity (H4-R3 specific)
GO:0035212	P	cell competition in a multicellular organism
GO:0043985	P	histone H4-R3 methylation
GO:0046329	P	negative regulation of JNK cascade
GO:0048024	P	regulation of mRNA splicing, via spliceosome
GO:0048513	P	animal organ development
GO:0070078	P	histone H3-R2 demethylation
GO:0070079	P	histone H4-R3 demethylation
GO:0070815	F	peptidyl-lysine 5-dioxygenase activity
GO:0072359	P	circulatory system development

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K11323	JMJD6; histone arginine demethylase JMJD6	EC:1.14.11.-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network