result

Gene information

Detail information of AfisC6G01615

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC6G01615	chr6	264694539	264709475	+

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC6G01615
CAGAAACCTAAAAAAATAAGGGTGAAGAGGAAAAGTCATTCCAGCTTTTATATACGCGAGCGACCAAAAGAAGAAACCGGCCATAGGTTGATTAGTCTGATCCACAATCAACAGATAAAGAGGGATGATGTTCTACCAACCAAAATTGACCAAAGAACGAACGAGGTTGATCCGATGCTTCCAGATCTTGAAAGCCCTTGGTGGGAGAGTCTGTCGACCACTGATTGAAGCAACTTTGGCCATCTGCCATCGCTAACAAACCACCTACATTGGTGTCCTCAACCTATTAAAGATGTAGTCTAGCTAAGCTCGGGCCAAGTCTATTCCTCAAACTAGTACGGACAGTCAACCTTCCCTGCCGGTGACGGGGCATGCAACCTGCTTCAATCTCATTTATTTGCATTTACTTTATTAGAGTCTTACATTTTGGACACGCCTTTTCATGTCAAATCAACTCAATTTTTTTTGTATTTTTCCAAATAAACTTCCTCAAACAAATTAAAATAATGTAATCCTCCAGCATTTTGTTCTCTATCTTCTTGTCTGGTAAGCTTCTCACTTTGGTTCCTAAAGTACACTGTTTTATTCTGGATCGGAATCGGTTGCTAGTTCGCTAATGGTTGGTACCTTCCTTTTAGTTAAAATTGATTGTTTGCTCTAGCTACATTTCCGTCTTTCTTTTAATGAACCTTCAATTATACGTTATTGCGTCATAATGTAAGTAGAAATTTCAATTTGCGTCATAACAGGTAATTCCTTAATATTTTGGATTTCTATGCTTAACCTTCACTTGAGTGAAATGGAGATTATAACGTTACAGACGTTGGCAGTAATATCATTATTTGTGGTGTCGCCCAGAGATAGCTGTGCCAATATTTTATCTCAATTTAAGTTAGTTGTTGGTGCTCTTGAAAATTATATTTCTTTAGTGAAACTGCAAGCATGTTATGAGATCATGAGATGAAAATAGAATGAGGAATTGAAACTGAGATTTACTGTGTTGAAGGAAAACCAAATTTTATCTACCAAGCAATCATCTAGCCAGTGTTATGTTGATAAATTGCATCAAGATATACTTATGTAGTATCTTTATTAATAGTTGGAATACAGCAACAAATTTTTGGTCCGACCCATGAAGTTCCAGTACCTTGGTACGTGGACATGAGGACCATGAGGTTAAGAGTTCGAATTCCGCTTTTGGCTAAAATTAATCTTTATTTTTTTGTAAAGTTTACAATATTATTAAGGTCATACGTTTGAATTTCAACGATGACTTTCATATACATTTTCCCTTTCCATTTTTCATTTTTTTAATGACTTTTAAGCTTTAAGTATCAATAAATATGTGTACGTTTTTCATTTATTCCAAAGCTATATCGAATGCACTATTTATTTCGATTCTTAAATCATTTTAACTTACTTTGTTGATTTTCTTTAATATTTAAAAACCGTTTCGTTTAATCGTGAATAAAATCAAAATTTTAAATTATATTTTGTGCGACGTTCAATTTTTTCTCATATTTCAAATATTTTTGAGAAAAATTATTGCAACAGAACATTGAGATTTTACAAACATACACATAAGTATATTTGTGTGATATGTGTGTACAGAGTTTTACATTATTTTAATCTAGAAATAAATACTTTAATCATTTCTAACTATAATTTTTTTTATCAGATTAAAAAACAACTAAAACTACATGTAAAATTTTGATTATTTCAATTAAGTATGTATTTTGTTCAAATGTGTCATTTTGAAAAATCCGTGCAATGCATGTGTCAGAGTACTCACAACCTAATTGAAATATTAACGTTCTTTTCAGTCTCTTTCGTAAATTTCCAATTACTTTTTTTTCTGTCTTTTAAACTTAGTAAACAACAAACTATGAGCTAAGTTTAATAAAATGAACAATGGTTATTTAGTCAAATGATCTAATTAGTATTGTAAATCACATCAAAATACTCTTAAAAAGGTTTTTGGTTCCTCCAAATATAATCTTTTTCATACTGAATCGATGTGCAATCAGAAAAAGAAAATACAACTGATACAATGGTATTTGATATATATTGAACCATCACTACTACTTATATTGAACTCTTCACAAGTTATATATATATTGAATTGATGTTATGATGTCCAAATGTGATATTTAAGCTTTTGAATTTCAAATTGTAGCCTTTTATATATTACTTATGGAGCGCGACGTCATTGTACTATTTTTAAATGTCTTTTATAGGTTTGTGTGGTCATTTGTATTATTTATTTTGCATTCTATGTGTTGATCATGCATTCTATGTATTAATCCCATGCGTGCCGTTATGTCTCGTAACATATAATTTTAAAGGAATGATAGTTTAATAATTTTTTATCAGTACTGCAAAATGCTTGAATACGTACTTAAAAGAATATATGAACCCATAGGCCAAGAACTTATCAAAGGTTAACTGATCATAATTAGAACTGCATTTTATTGTGTTTGCTTTGTACTTCATGAGAGTGTGATTTTAAGTAGATGGATATTTTACACACATCAAAAAGTGTTGAAAATCCGTTCTTCTAGTAAAACTGTGCGTTTATATTCATAACAAAACTTTGACCTGAGTTTATTTTGGATATGCTACTATGCTATACCTTTGAATTAAAACATTTTGGATATGCTACCATGCAATACCTTTGAATTGAAACATTTAGTATTTCTGAATATGCTAGCATGTAATGTCTTGGAGTTGTATATATAAATGATTAAACTTCAAACCAGATTTGTTAAAACTGTGTAAATTTCCATTATCTTAAAATAACGTGTGTATGTATATGTGTATACATATACATACATGTGTGTGTTGTGAATAGGATTAGGAAGATGTAGTGAAAAATTGATGATTGATAACAATTCAACACCACGGTGCGCTGCGGAAGCGATTTCAAATCAAGACCTAGTATTGCCTATTTAGATACCAATGACAGTAAAAAGAATTATGCAGTCTCACAGAAAAATAACAGAAATAAGAGACAGAAGATTTAACGTGGTTCGGATATGAATATCCTACGTCCACGGAGACCCAACAACTTTTTATTTCATTAAAGAAAAGAGTACAAGAGAGGAGAGAATTATGGTGGATACTACACTTGCTTGTCATATGAAGATGTAATTTCTTCATTTAAATAGACTCAATGAAGGAGTTACTTAGGGATTAAGAAAAATAATTTACAGATTATGTTCCAAATATCCATGATTTAATTTCTACGTAAATGGATAATGGTGATTGGTTTCCATAATTTTCCTTGATTGAATCTCCATCAGCAATTTCTTTCTTCATATAACAAATTGACTAATTAATTGATTTCCTTCAAAATATCATTCCATATACCAACTAAATTAATTGATTTGATTGAATCAATTAATCAATTTCTTTCCTCTTTAACAGATATTTGAATCATCCAAATTCAACACTTCACCTTGATTCAAATATAACAATCTCTCTTCATCATCTTATCATCAAGCAATCGACATATAAGTTGTTGGGTCTAGCGCCCCATGACGCTCAAGTAACAGGTATCAAACTGATCAAGTTTGAGCAATGCTCAAACTTGTCCTTAGGAAGTGACTTTGTCATCATATCTGAAGGATTATCCAAAGTACTCACTTTCAACAATTTGATCTTGCTTCGTTCTTCCTCAAGCATAGGAAAGAAACTTCTAACATCAATGTGCTTTGTCCGTGAACTATAAGCTTGATTTTCTACAAGATGAATCGCACTCTGACTGTCTGAAAATAGCTCTACTGTCCGCTGCACCATTGAAAGATCATCCAACAACTGAAGTAAGTATAATCATTCTTTTGTTGCTTCCACAATCGATATCAACTCTGCTTCGGTAGTCGATAAAGCTACGATAGACTGCAGCTTTGATCTCCATGAAATCGAGCCTATGCCAAGTGTAAAAACATAGCCCGACACTGACTTCCTAGCATCTCTATCCCCAGCATAATCAGAATCACAGTATCCTCTAAGAAAGATGTCACCATCCACTCCACCATATAACAAGCCCACCAAAGAAGTGTCTCGAAGATATCTAAGAATCCACTTCACAGCTTGCCAATGCTCTTTGCCTGGGTTAGACATATATCGACTCACAACACCCACTACATGGGCCAAATCTGGTCTTGTGCACACCATCGCATACATAAGACTACCAACAACACTAGAATAAGGTATATCAGCCATATACCTCTTGTCTTCTTCCGATGAGGGAGATAAGTCTTTTGACAGCTTAAAATGAGAGCCTAATGGAGTGTCAACCGGTTTGGCTTTCTCCATTCCAAATCGAGCGAGGACTTTCTCGATGTACTGCGTTTGAGTGAGCCTTAACTCTCTCCGCTTTCTATCTCTACAAATCTCCATTTCCAATATTCTTTGTGCTTTTCCCAAATCCTTCATATCAAACTCCTTGCTAAGTTCAGTTTTCAACTCCATAATTCTTACCATACTCCGAGATGCAATTAACATATCATCAACATATAACAACATATATATTAAATCATTATCACATCTCTTGAAATAAACACACTGGTCTTTGAAGCTTCTAGAATATCCTTGTGAAAGCATAAACTTATCAAATCTCCTATACCATAGTCTAGGTGACTGTTTTAGTCCATATAGAGATTTGTTAAGTTTACAAACATAGTCAGGCCTGCTACTATCAATGAACCCCTCCGGTTGCCGTAAATAAATTTCTTCATCCAGATCACCATGCAAGAATGCGGTTTTGACATCTAGTTGCTCCAACTCCATATCATAATGAGCCACTAATGCCAATAGAATGCGAATGAAGGTATGCCTAACAACTGGAGCAAAAATGTCATGATACTCAACTCCCTTTTTCTGAACATACCCCTTTGCTACTAACCTTGCTTTATATCTGAAATTTCCATCGCCGCCGTCTTTTACTCTATAGATCCACTTACAACCAATAGCTCTCTTGTTGGTGGGAAGAGGCACCA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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020264068.1	2.9e-87	transcription factor-like protein DPB isoform X1
Swissprot	Q9FNY2.1	1.6e-50	E2F dimerization partner protein B
trEMBL	A0A5P1ET50	2.1e-87	E2F_TDP domain-containing protein

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT5G03415.1	49.78	7e-55	211	ATDPB;DPB	Transcription factor DP

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC6G01615	AT5G03415.1	225	97	3	45	253	67	291	49.78	7e-55	211
AfisC6G01615	AT5G03415.2	220	102	3	45	253	67	285	48.18	2e-51	199
AfisC6G01615	AT5G02470.3	212	105	3	52	256	34	245	47.17	2e-49	192

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g445027.t1
Allium fistulosum	AfisC6G01615
Allium sativum	Asa8G04906.1
Arabidopsis thaliana
Oryza sativa	LOC_Os01g48700.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF02319.17	E2F_TDP	Domain	70	144	72.3	2.2e-20
PF08781.7	DP	Domain	154	256	90.6	7.3e-26

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000082	P	G1/S transition of mitotic cell cycle
GO:0003677	F	DNA binding
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0003712	F	transcription cofactor activity
GO:0007165	P	signal transduction
GO:0005634	C	nucleus
GO:0005737	C	cytoplasm
GO:0005667	C	transcription factor complex
GO:0006974	P	cellular response to DNA damage stimulus
GO:0008134	F	transcription factor binding
GO:0008544	P	epidermis development
GO:0045892	P	negative regulation of transcription, DNA-templated
GO:0019904	F	protein domain specific binding
GO:0042023	P	DNA endoreduplication
GO:0043276	P	anoikis
GO:0045944	P	positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0046982	F	protein heterodimerization activity
GO:0070345	P	negative regulation of fat cell proliferation
GO:2000278	P	regulation of DNA biosynthetic process

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network