result

Gene information

Detail information of AfisC6G01798

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC6G01798	chr6	294799467	294818684	+

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC6G01798
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Functional annotation

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nr	XP_026663468.1	3.3e-62	MADS-box transcription factor 23-like isoform X2
Swissprot	Q6EP49.2	1.0e-55	RMADS218
trEMBL	A0A8B8J8N0	2.4e-62	MADS-box transcription factor 23-like isoform X2

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT3G57230.1	61.71	2e-68	255	AGL16	AGAMOUS-like 16

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC6G01798	AT3G57230.1	222	80	4	1	219	1	220	61.71	2e-68	255
AfisC6G01798	AT4G37940.1	220	81	3	1	219	1	215	60.45	1e-66	249
AfisC6G01798	AT2G14210.1	220	87	4	1	218	1	217	58.18	3e-58	221

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00319.15	SRF-TF	Domain	10	57	86.5	5.4e-25
PF01486.14	K-box	Family	83	171	86.0	1.4e-24

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000165	P	MAPK cascade
GO:0000977	F	RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0005634	C	nucleus
GO:0007584	P	response to nutrient
GO:0008134	F	transcription factor binding
GO:0010214	P	seed coat development
GO:0010440	P	stomatal lineage progression
GO:0042803	F	protein homodimerization activity
GO:0045944	P	positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0048481	P	plant ovule development
GO:0048527	P	lateral root development
GO:0048574	P	long-day photoperiodism, flowering
GO:0071249	P	cellular response to nitrate
GO:0080155	P	regulation of double fertilization forming a zygote and endosperm
GO:1903338	P	regulation of cell wall organization or biogenesis

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K09264	K09264; MADS-box transcription factor, plant	EC:-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network