result

Gene information

Detail information of AfisC6G01946

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC6G01946	chr6	321574728	321585012	+

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC6G01946
ATGGAGGGCGCAGATGGATCCAAGACCAAAGAAGAGGCGATGAACGGTGGAGATTCTTCGAAGCAGGTGATGAGGTGGGAGAGCATCTTGCCTCGTAAATCGCTGAGAGTTCTGCTTGTTGAAAGCGACGATGCGACGCGGCATATTGTCACCGCTTTGCTCAGGAAGTGCAATTACCGCGGTTAGTTTTTGCTGCCTTTGGCCTTCTTTGATTGTATCATATCCAATTCTCGGTTATGTACTGTAATTTGAGATGAGTAAGAGTGGTTTATCACAAATCACAATTAACTAAGCTTGCTGCTAGTTGCTACAGGTTGCTGTTAGAGTGCTTAAATTGTAATTTGAAGTGAACTATTTGTATCTTTTTGCTAAGTCTTTAAACCAGCTCATAATTAGTAAGATAACCTCTTTTTGATTTTAGGATATATAGTAATGATTTGACTATGCTAAACTTACGGAACTGATAGTTGCTTGTGGTGTATTTGACATGAAGGCGTTTAGTTTGATTGAAGCTCCACTTTTCCTCTTTGTTTGATTGTTCTTATCTTTATAGTTGCGGCTGTTGCTGATGGAATGAAAGCGTGGGAAGTGATGAAGGAAAAGAAATATATATTTGATTTGGTTTTGACTGAAGTTGCAATGCCTACTTTGTCGGGGATTGGGCTTTTGACAAAGATTATGGGTGCTGAAGAATACAAGAATATACCTGTTATCAGTGAGTTTTATGTAACTTTTTGGTACTTGATGTATTTAGATTAGGGCCAACCTATAAGGGGGTTGGGAGGGTCGACCTCTCCAAATCCCATTTATAAGTAGGTCCTGAAGTGTACGGATGTGCACACTATTTGTAAAAGTTTATACAAATACCCTGTTGAGGTAAATGAGTATACATACCTTTATTTGATTTTGAATTCTAGAAGGCGTAGCAGGGTAAAGTTTACAAATTCCATTTTGGCACAGAGCAAATGGGTAATAAGGGACTTCTTTTATATGTACTATATTTGTGATGCAAAATCAATAGAGAAAAGGAGTCTTTGTATTTTTTTAACTTTGCTCACCATACAAAATGACATCTTTGACGTTAGTAATAGACCCCTGATTTCCAAATATACCATCAAATCAAGGGTATTTACGTAAATAAATATCAAATTTCCAATACAAAATCATTTACCCCAATCTAATAATACAAATTATAACGTAGTCAACTGGAAGAATATTAATACAAGTTCACAATTTCATGTCTTACTTAAATTATATGTTTAGCTTCTTTATTTATTTTCTATTATTTCCTAAAATAACTTTAAAGTTTAAACCCAATAGGAAAATTAACTAATCAATGTAAATAATTGAAACTAGCTCGTTTCTGTTGATGTTACATTTGACAATGTCTATATGAATTAAAAAAATCTGCCAGCACCAATTTTGAATTAGCTAGTTTATAATTTTCATTGAAGGTAAACTTTTGATATTCAATTTGATGTTTTATATGAATTGAGAAAATAAATGTTATCATGCTCTTGTGGGTTTGTGCTGGTTATCAAAACGGGGATTTATATTGTAAATTGTAAAGTCCAAAATCTAAATCAAACTGGGATTTAAATCATACATCGGAGATTCAAAAACCATATTTTATGTTTTTTTACACAATTTGAAATTGATTTTCATGTTTGGACTTCTATATATAAATCTAAAACTCAAATTTATCTCTTATTCCTATCATGTTTAGAACACAATAGAATTGCAATTGTGGATCCAAATAAATATATTGAATATTTGAATATGGATTGAATGATTTTTGTCAATTGAGGTTTTACTGGATTTGAATCGGAATGTAAATCAAATCGCAAATAGAAGGTTATGATTTGAAACGGGATTTAAATAGTAGGAATTAAGATTTTTGACAATAAAGATTTATGCAAATATGTGCATGTGTGCATGCTTGTGAGTTTATGCCCAACTGGTCATCACAATTTTACGCTCATATACTTTCTGCTCATCCTCACAGTGATGTCCTCCCATGACTCTGTGAACGTTGTTCTTAGCTGCATGCTTAAAGGTGCAGTAGATTTTCTTGTGAAGCCTGTTAGAAAAAATGAGCTGCGAAACCTCTGGCAGCATGTTTGGAGGAGACATTGTGCAGTATGTCAGTCTAACTTGGAAGATTCTAAATGTTAAATATACTACTGACTGCCATTTTAGACAATACTAACTATGTTACTGATTAACACAGTCAAACAGCTCTTTAAATGCATCAGATAATACTACTGCAAGTAATCAGATTAGCGTAAATGTTGGTGATAGATCTAAGAGTGATGAAAACAGTGATGAAAAATGTGATGCTCAGGTAACTAAAATTTGTCTTCTGACTACTTTTACAGCGTTATTTGACATATAACAATCACTAAGAGCAGTGTAGAACAATCTTAGCTGCGTTAACTATTTGTAGTCGATGGTATTTCGTATTAAATATTATTAGTTTGAGCAGAGTTCCGGTAATAAGCAAGAGGCCAATAAAGAGAGCATGCAAAATCCTGACCAACCTTCCCAATGCGAAGACAGACTTATGGATAAGGTGGAAGTAAACCGACTATCTGATAAAGATCTCATATTAGAAAAAAGTGCATCAAGGATAGCTAATGGTAAGCTGCCAGTCTAATAGCTTAAGTTATACATTCTTTTGTAAAGAACACAGTCAAATAATTGGTTGCCTTGCAGATCATTATGTGGCTAATGTAAGAGAACAAAGCTATTCACACAATATTTCACATCCTAGGGAAGCGGACACTGATCTTATGAGAGAATTTGATGGAACTTATGATCCCAGATTGTGTATTGAAAACAACTCTCCAAACCCTGATAGTTCTGTACCAAAGATGATTGTTGTTGTTGAGCCTCAGTATGACAGGCAATGTACCTTTTCTGTGTTAAAAAATGACACTGTTGAGGGTACATATGTTGGAACTACAAATTCATCTTTTGCAAATGAAGAGTCGACTGTGGTTACTACACCAGTATTGGAACTTTCTTTGAAAAGACCTCATGGTTGTGGGCATATAGAGATAAAAGAAAGGAATATCATTAAACCATCAGTTGTCTCAGCCTTTTCAAGGTAGGATTCAACTCTAATATCCTTTAATTTTTTATTGCAAAATCTACCCTTCATTTGCACTGTGGATAATTTTGTTTGCTCATTTTCTTAGAACTAGTATGATTCTTATCATACGCCATATCTTTAAGAAGGGTAATACAGTTTTCATCTGCTCTTAGAACTCATGAAATTGTACCATGTCCAAATTAATTAATTTTTGTTGAGTGTTACTTCATTTACACTTGCATTGCATTTAATTTCGTTTGAATTCATCAATCTAATTACTTTAGCATTATATAGTTGTCGGGACTCGGGGTCACACATACGATCTCTTAGTGATTACTTATAAATCTATCTTTCATTCAAATTTATATCAAAATGGTAAGTAGTATTTCCTTTTGTTGTTTTGAAATCCAATGTCTTGTTTTTTAATCTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTAGAAGAAGGTTGTATCACATTTATTTGTGCCGCCATATACGTAGTTCAAGTTATATTACATATTCCCGTCTCTGATAGTCATGTACACGCCATGCTATGCTAAAGTTTGTCATACGAAGTCCTGCAAAATTGATTCCACTTCTTGTTACGAGTAAAGGGCATAATATATATAGGGCAAGGATCGGCTACATCTCATTTTTGCTACACATCAAATTCCCCTGATTTCAACCCCACGTTCTGAGTTATATAATTATACTTTCTCTTTCTTGTCACTTCACGCAATTATTTAATTCAGAACTTGTGGTAGAAATCAAGGAGATAAGAGGTGTAGCCGATCCTTGCTCATATATATATCTATGTAATGTATGTATGTATGTATGAATTTTAAAGTTGTCCTCTCTGTCTTTTAAACTTGCAATTATCTTCTGCTTTATGAATTTAGTGTGTTTTATATTTTCCCAGGTATGATAATAAAAGGGCTCAGCCTTCAACTGTACATGTTGAAATGTTAAATGCTAGCGAAAAGAACACATCCATCACATATACAGATAAAAGATCATCACCGCAAAGAAATGGAATCGAAACTACGATTTATTTTCAAGTCTCTTCTACTAACAATGATAAAGACAGTTTACCTCCGCAACCTATAAGGAATACTGATACTAACCCTATTCAGTACCCTCAATTTGGTTTCCTTCCTATTCCTTTCGGACCATTCCCTTACCATAACTTTTGCCAAGGATATGGATCGTTAATGCAACCTATGATTTTAATGGAACAGGGTCCTTCTAAGCATGCAATTGATATATCAGAACCAAGAGATCCAAGGGAGCTATGTTATATTAACGAAAAAACATACAATAACGGTAGCTGTAGCCATGACTTTGTTAAATTCAATGGAATCGATGATAGAAAAAAGACCGAAGATGAAACAAGAAATATTGGAGTTTCTATAGATGGTGCGAATGAGAGTGCTGTACAAATGCTGGATCGATCAAGACGCCAAGCTGCATTGCTTAAATTTCGATTAAAACGAAAGGATCGGTGCTTTGAAAAGAAGGTATATTAGAAGTATCTCTATCATTTCATTTAGGCTATCATCAAGTACTTGGTAAAAGCCATTAAACCAGCTTAATCGCTATCCATTTCCTCTCCATTTAAAAAACTTAATATTAAGTTTTTTTTTTTACAGGTAAGATATCATAGTCGGAAACAGCTAGCTGAGCAGCGACCGAGAGTAAAAGGTCAGTTTGTTAGTCAGAAAGTTACAAAGACCTCAACAACAGGTGAAGCAAATAGCTGACACTGAGCATAGCAATATTTCAAATTTGCTGCTTACTGTAAAAGTAGTGCATTATATTGGAATAGGTACTTACTCAGCTAGCTTGGCAATTGCTAGATTCAACCAATTGTATTCAGCATCGATAATTTCAATAATAATAGAAATTTATTTATAATACGTATGTATGTTTCTTACACCTAATATGATTTATATTCACGGTTAATTTCTGTTTTGAGATACATGTTGGGCAGGTTAGGCGTTGAAATTGGTGCTTTTCAAGAACTTGCATACCACTGGTATTTCTTTATCTGAGAAGCACATTAAGGTAATGCGCTCTAATAATCAAATTTTATATGTTAACAAGTGTATTTTTATTTATTCTGCGTCTTCACCTGACACCTGCACGCACGTATTTTGTTGGAGAACATCTTGAGCGCAAGTGTAACATCATATGCCTGTTTTTGAGGTACACACATTGCTAGATAGACATGCCTTTTACTGGAACATACGCATGTATCAAAGATATGTTCTAGCATTACTTTTATAGTTTATGCTATGTTTATTTTGCATTTGATAGTAGTTCATATTCCAGTAAATTGAATAATTTTTATATGGGAAACTAACTTCAATTATATATGGATGTTGTCTGCCATAGAAACGTAAGCTTAACCGTATAATTTGGGTTTAAGTTAGGCATTACAAAATCATAATTGGTCCGGACTATAAGGAAGTGTATTGTATCTATTGTGTAGTCCAAAACAATTCCTAGCAGCCTATAAATCATGTCTCATTTTGAGATGCACACCTTGTCAACTAGTACCAATTATAAGCAAGCACTTTCGACAATCCGTTGTAAATTTATAATCATGGTCTTTTATAGTTGAAAATTTCAATAATTAAAATATGTCTTCGTTATGTTTTTATATGGTTTGTGTTTAAATATGGGCATTATAAACCCATAAAACATATAAATATGCAATGATGATCATAAAAAATGATCTGTAAAGATGTAAATATACTTTTTAAATTTTTATTAGAGAAATCAAACATAAAGTTAAGTGCTGTGCTACTTTAACAAGGAATTTTCTTCACACACAGCACAATAAGAGATAAACAAATGTCAATAGGATCCATAAGCAGTAGGCTTCGTTGAATTCTTTCTCCTTTTGTTTTGCTATGTATGTATATTGGAAATATACAAGTACAAATGGGGTGTGGCGTCATTTTCAACCCCATCACGGCCTCTGATGCATCAAATGCTAAAAAGTTGTAGAACACATGTTGAATGAGAGAACAAAAGAATGCCTTTCCCCACTGGTAAAAATTGTAACGATGGCATTTGGTGCGGACTACTAAAAAGACAATACAATTATTTATCTTTTTAGTTTCAAAAATAATAATATAATTGTATTATGTAGAAATGATATTATCTTCCTAAAAGTGAAAATAAAACCAAATAAGCATACATCCCTTTTTAAAATATGATGACACAACTAACCTAATATAAAAAATAAACATATGGCACTTTAGATATCATGTTAAAAATTGTACGTGGAGACATTACTCCTATGTTCTACCTAGGATAGGAATGAAAATGCAGCGAATTGAGATCCGTTTTCCATGTTCAAAGACCATCTTTGGTTTGCTAAACCCCACCCTAAAAATGCTTTGTGAATAGGGTGTGGATTTGTATTTTCACCTCATTATTTTCCTTGCTCGTTGTATACATATTTTTTTAATGTAAAATAAATCATTTAAATGGCTTACTTTTTCAACAGCCTGTGTAATTTAGACAGTTCTGAAGTGAATATATATAGAATCATGAGACGAATAGGTTACTCGCGACTCATATGGATTGCGAAGTGGGGAAAATTTTGCCAACCTAGTCGGATAGCTTATTAATATCAAAATACAAGATTATATTGATCGGAACATTGTACTATTTATATTATCAGCGTAAATCTTCGCTACACTCACCAAAGGTAGAAGAGCTAAACTTTGGTGAAGGGACCTTATTTTCGAATTGAATTTGAAGGGTCTAAAATGCTGTAATAAGTATCTATACTATTATATTATTATCAAGTTGCATTTCAAGAACGCATAAGCTCCTTGACTATTTTGTGAAATGAACAATCTTCCGTGCTATAATATTAAAATTGAATTTCTCTAGGAGCTTTTTAATGATTTTGATCTTTCATTTTCACTTTTTTAGTTTTCCGTCTGGTATTAATCAATTATATTTAATGATTCAATGAAACGTTCCTCTCTCACCACTCCCATGGACTTTTTCCTTCCTCTCTTTTACGTTTTCAACGCATCTTTCTCATTCTTTGTATGCATCGTAATTTCATCTTCCAGCTTTCCCTAATCTTCTAAAATTTCAAATTTTCATACATTAGCAGAAAACAATTTCCTCAAACTTTTCGTATTTATATTTGCCTTCCGTTTTCGCTCCTCTAATTTTGCAACGAATTATTTGCATAGTTGTATGTTTTGTTACACCTCAATCTTAATTATCCTAACGTTAAACAACGGTCATTTAGAAAATGAATCATCTCTCCTACAGCGTTATGGCATCGGCGATGAATTAGCACGGGTTAATATTCTTGTGGTATATTGCTTCTCTTCTCTAAACAGGTGTGCTATAACCCTAATTTTGTCATTTCGATTGTTTGTTTCGCTTTGTTCTTTCTGGTTTTTACTCTGTTCAATCGTTTTCAAGAACTTCCTCTTTGACTCAATCCATTTGTGAGATTCTATTTGTCAAACATAACCCTGAGATCGGTATGTCTATTATTAGTTTCAATTTCTTATTTTACTATTTATTTTGCTTTATTTTAATTGCTTCTTTGATTCGGTCCATGCTTAACTTTCTTCCTGTTAGTATGTATTTCGTAATTTTGCTCTTTTGCTTGGATTAATATAGTTAGCATGTATTATTGTCTAATTGCCTTTTTTTATTAGGCCTATTTGTATTCGTTTTAAATTATAATGTTTAGTTATTGATACCATTGGTGAGTGAAAATATAAAATTAGTATTCATCATAATTTAGTTGTCAATATAATCGCCTGTTTTTACCATTATGAAGCTTATATTTTGTTGTTCTTTCAGTTATTGGCTTCTTTTTTTTGGATTCAAGAACAAACTATTATATTGATGCTAATTAATAATACCTTTGTTATTTCAGTTGAGCAAATTTGTTTACAGGTAAGATTGTCTAGAATCATATTGTTGTAGTTATGAATAAGTATTTTCGCTATCTCCTCAACTTATTTAAGTTGAGGGATTCATTATGGTATTTTCCTTCTTATTAGCAATGTGTAAGTGGTCTTATAAATGTAAATTTGTTTCATAAGAATACCAAAGTTATACATCATTTACTTTCAAATTATGATAATTTAGCACGTAAGGAGTGAAAGATATTTGCAGTTATAAGTTCTTTATAGCAAGTACTTAAAAGAAGTGTTTTAAAGATCCGATCCAACCACGATTTGACCATGGTTAATATTTGATCTTGGAGCATTACAGTTTTGAAAATCAAATAACTTTGCATGTATGAACTGATGGGCTAACCTCAAAACCTTGAAAAAATCTATGGACCAACATCTTTGAACGACACAGTTATTCAAATTTAAGAAAAAAACTATTGCTTCATTCTTTATTTTTCCACATAATCAATTAAACAAATAATTTCATAATCTCAACCATTAATTTATTTAGTTAACTTATCAATTTATGTACAATTTCAGAATTTTTGTTGAACTGTACCTCTTTTATTTCAGAAAACAGAGAATTTACACTTTTGTACTAAAAGATTTTTTATATAATATTTCCAATTAATATTTATTTCAAATGTTCAAAAGTAATTGTTTTTAGAAATCAATATTTCAAATTCACCATGTTATATTTATGAATGAACCCTTTTTATTATGGCTTTCTGATTCTTACAAACATGACTTTTCAAAAAACTCTGTTTGTAACATAACTGCTCACTGTATGCAGTTGAATTTGAAATAAGCGTAAGAATTATCTGGCTTTGGGAATTAATAGGAATGAAAATCGTTTATGGACATTGAATTTTTTTTGTTGTTCAACAGATATTATTTTAAACAACTTCCCCAATTCAAAAGCACCAATTTCAACATGTGAAAGGCTACTGGCCTGTCCGTTATTCCTGAAAAGCTCTGCAAATTGATGTATGTTAGTTTTCTACTATCTTCGAACCTCCCTCATCTCTATGTAGGAATTTAATATTAATAATATTCAACTATAAGCTTAGATTTACTATTTATTATTTGAATAGAAAGAACCGACAGAAGAATCATGAAGGCAGAGACCTGTACAAGTCACTGGAACAATGTCGAAGGTTGCCTATTCGTTCGTTATAACTGATAAGCTTTGGAAGTTGATTTTGAAAATCAAATAACCTTGCATGTATGAACCGATGGGCTAACCTCAAAACCTTGAAAAAATCTATGGACCAACCTCTTTGAACGACACAATTATTCAAATTTAAGAAAAAAACTATTGCTTCATTCTTTATTTTTCCACATAATTAATTAAACAAATAATTTCATAATCTCAACCATTAATTTATTTAGTTAACTTATCAATTTATGTACAATTTCAGAATTTTGGTTGAACCATACCTCTTTTATTTCAGAAAACAGAGAATTAACACTTTTGTACTAAAAGATTTTTTATATAATATTTTCAATTAATATTTATTTCAAATGTTCAAAAATAATTGTTTTTAGAAATTAATATTTCAAATTCACCATGTTATATTTATGAATGAACCCTTTTTATTATGGCTTTCTGATTCTTACAAACATGACTTTTCAAAAAACTCCGTTTGTAACATAACTGCTCACTGTATGCGGTTGAATTCGAAATAAGCGTAAGAATTATCTTGCTTTGGGAATTAATAGGAATGAAAATCGTTTATGGACATTGAAATTTTGTTGTTGTTCAACAGATATTATTTTAAACAACTTCCCTAATTCAAATGCACTAATTTCAACATGCGAAAGGCTACCGGCCTGTCCGTTATTCCTGAAAAGCTCTGCAAATTGATGTATGTTAGTTTTCTACTATCTTCGAACCTCCCTCATCTCTATCTAGGAATTTAAGATTAATAATATTCAACTATAAGCTTAGATTTTACTATTTATTATTTGAATAGGAAGAACCGACAGAAGAATCATGAAGGCAGAGACCTGTACAAGTCACTGGAACAATGTCGAAGGTTGCCTATTCGTTCGTTATAGCTGACAAGCTCTGGAAGTTGATGTATGTTAGTTTTCTGCTGTCTTTAATCCTTTGTTGTTTCCTTCTAGGCATTTATAAATTCTACATAATCTTTTCTATATAATAATTTATTGCTGACACCTAGCTATTTGTATGAAATTTAGAAAGATTTTC

Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020246175.1	1.3e-105	two-component response regulator-like APRR3
Swissprot	Q6LA42.2	2.4e-53	Pseudo-response regulator 5
trEMBL	A0A5P1E4P9	9.1e-106	Two-component response regulator-like PRR95

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT2G46790.1	54.55	7e-52	202	APRR9;PRR9;TL1	pseudo-response regulator 9

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC6G01946	AT2G46790.1	176	70	2	20	195	22	187	54.55	7e-52	202
AfisC6G01946	AT2G46790.1	52	10	0	549	600	406	457	80.77	2e-18	91.3
AfisC6G01946	AT5G24470.1	211	99	3	4	209	127	337	50.71	1e-51	201

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g237823.t1
Allium fistulosum	AfisC6G01946
Allium sativum	Asa8G04664.1
Arabidopsis thaliana
Oryza sativa	LOC_Os11g05930.1; LOC_Os11g05930.2; LOC_Os11g05930.3; LOC_Os11g05930.4; LOC_Os11g05930.5

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00072.21	Response_reg	Domain	37	148	79.4	1.9e-22
PF06203.11	CCT	Motif	560	602	62.7	2.3e-17

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000160	P	phosphorelay signal transduction system
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0005634	C	nucleus
GO:0009414	P	response to water deprivation
GO:0010082	P	regulation of root meristem growth
GO:0010380	P	regulation of chlorophyll biosynthetic process
GO:0045893	P	positive regulation of transcription, DNA-templated
GO:0031537	P	regulation of anthocyanin metabolic process
GO:0043565	F	sequence-specific DNA binding
GO:0048367	P	shoot system development
GO:0048511	P	rhythmic process
GO:0080022	P	primary root development
GO:0080036	P	regulation of cytokinin-activated signaling pathway
GO:0080113	P	regulation of seed growth

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K12130	PRR5; pseudo-response regulator 5	EC:-	Circadian rhythm - plant	ko04712

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network