result

Gene information

Detail information of AfisC6G02180

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC6G02180	chr6	362674778	362694374	+

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC6G02180
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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020267700.1	3.6e-60	high mobility group B protein 15-like
Swissprot	Q9MAT6.1	1.2e-39	Nucleosome/chromatin assembly factor group D 15
trEMBL	A0A5P1EQT2	2.6e-60	ARID domain-containing protein

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT1G04880.1	35.71	4e-42	168		HMG (high mobility group) box protein with ARID/BRIGHT DNA-binding domain

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC6G02180	AT1G04880.1	308	147	10	10	271	15	317	35.71	4e-42	168
AfisC6G02180	AT3G13350.1	269	142	4	20	268	34	289	34.94	4e-41	165
AfisC6G02180	AT1G55650.1	271	164	5	3	271	13	269	33.58	9e-37	150

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF01388.18	ARID	Domain	31	113	49.9	3.4e-13

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000400	F	four-way junction DNA binding
GO:0006351	P	transcription, DNA-templated
GO:0008134	F	transcription factor binding
GO:0009846	P	pollen germination
GO:0009860	P	pollen tube growth
GO:0044212	F	transcription regulatory region DNA binding
GO:0019760	P	glucosinolate metabolic process
GO:0043565	F	sequence-specific DNA binding
GO:0090406	C	pollen tube

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network