result

Gene information

Detail information of AfisC6G02958

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC6G02958	chr6	517311972	517326183	-

Sequences

CDS

Protein

>AfisC6G02958
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Gene

>AfisC6G02958
ATGGCTGCTCCAAATGCAGCCAACGGTGGCCTGAATCCTAAGCTATCAACAGCCGATGCCTTAGAATATTTAAAAGCTGTGAAAGATATATTTCAAGATAAGACTGAAAAGTATGACGATTTCCTTGAAGTCATGAAAGATTTCAAGAGCCAGAGGTTTGAAAATATTGTCATTTTAAGTTTTCTCGGAGAAAAAGATGTTCCTTTTTACAACAATGCACACGATCTTTTTCGCTTACAGAATTGATACCAATGGAGTGATTTCAAGGGTGAAGCAATTATTTAGAGGCCACCAAAATCTTATTCTGGGATTCAATGCATTCCTCCCTAGAGGCTATGAGATCAAGCCTGATGAAAAGAAACCAGTTGAATTTGAAACAGCAATTGGTTTCATAAACAAAATAAAGGTCTGAAAACGTACATGAATGATTTACATTTTGTATATATTATAAGTTTAAAAGTCAACGAATGTGCTCAACTTGTAGGGTCGTTTCCACACTGATGACCGGGTTTACAAGTCATTTTTGCATATTCTTAATATGTATAGGAAGGAGAACAAGTCCATCACAGATGTTTACGAGGAGGTTATAAACTACATATTTGTTATTTTTGGTTATGTTCGATAAATGACTGTAGCTAAGCCTAAAATTTGTTTTATTTGCAGGTTGCTTCACTATTTGCAGATCACCATGATTTGCTTGAGGAGTTCAAGAATTTCTTGCCTAATACATCTCCACAACCCTCCACAGGAAGAAATCTTGTGCATAGAGAGAACAAGGTGCTCAGCAATTATTCTATTACATAGTTAGATGCTCGATCACCTAAATCATGTCAGTTTCTCGTAATTTTTAAATAACTTAACCTAAACAAGTTAAGAAGTCAAGTAGTTAAGAAACACAATAAAATGAAGGGCTGATATACAAATGGACTGCCAGGGATAATGTGGTTTGCCGTTGAAGTCGTTTTCCTGTTGGCCCTCAGAAGCAGCAATATTTAAAACAAGCCCTTTAATTTTTGCACTTATAAACCTCCGAAACCATTGGAAAAGGGCCAAAATTGGTCATTTTGGGGACACATAGTTCAGTTCAATGATTATAGTGCCAAAATAGTTTAACCTGACAATCTTGGGAGTTTATGCAGAGATACCAAGTCAATGGGCTGAATCGGAATAGTAATGTTTCGAGGTTGACATATGGATCATATATAGTTTGAAACTAAGAACCAATACCAGTTGAACTTCTGATTTGAAATTAATATGATACCGTGAGCTGGAGAGAATGACATTCTTATTATCATTGACCTCTGCTATATAATATTGACCAGGATACTGGTAATCATCTCGATCACAATTATGATAGGCAAAGACGGCGTGTGGAGAAGGATAAAGATAGAAGAGAAGATAGAGATACCGAGCTTGATAGCAGGGATCACAAACGCAGTAAAATATCTAAAAAGGAGGATGAGTTTTGTGCCAATCAAAATGTGCAAGCTTCTGAGAACGTCAGGGCTTTTAACATATCCGCTTCTTCAATTGACGAGAAAAATGATTTGAGAAGTAAGTCCTTGGTTTGCATCACTGCTTCACAGATTATGCACATAATACACTGCTTTAGTTAGTAAATGAACATTTGGATTTTTTGTCGAGTTTAACTATTATATATAGGGGAGTTCTAATATAACTTGGTAGCAGGGATCCGATGATTTTAGTATGTTTAGTTCATTCATGTTTTTACTAGCTGTGTAATGCAGTGTTATTCAGGTTGGCTTGTATATTATTGCTATGAAAAACTTAGATGTCTCAGTTTACCCTATTATATATAATTGCAAAATCTATCTTCATGTAGATTAAGTTAACTTTTAACACATATCAGGTGTGTTTGCCCGTGAATTCGATTTCCTCGCGAAGGTTAAGGAAAGATTACATGTAGATGAGTACCAGGACTTCTTGAGATGCCTGCATTACGTCAATGAAGATATCGGCAAAAATCAAGTAACATATACCCATGGCCGTTTAACTTTTATCTCTTCAATTATATTTTCCATGTTCTTTATTGAAATATCTAGCAGCTCTTCAATGGTTGTTACCTTGACAACGGATAGTACTATCACTGAATGTTACTTGCAAAATATTTAGAGCATGTAATTTCCCATACACGATAATTTTTAATTTATTAAAGTAATTCCGTATGCTTTTATCTGAGGCAGTAGACCATGCATTGTGTTGCGGTAGTGTAATTTTAAATTTAGGAGAATGTAGGAAGAATCCTTGAATTAAGCATTTCTGATCCATAGAAACTATTGCCTGTATGTTTATTTTAATCCTATACTCAAATTTTTACCAAAGACAATTACATATGATTGTTTGATATCAATAAACCAGCGAGGTTCATTATCAAAATAACTTCTGATGTTCTCTTATGACCAATATACATCATGATTCAACTTATGCATGCTTCAGTTCCAAAATTCCTGTAATGTCAATATTGCTACTTAAATCAAGCGAGTCTGCTCTCAGGTGGGTGAGATTCTCTCGAAGTATCCAGATCTTATAGAAGGTTTCAATGATTTTTTAACTCACTGTGATAATAAAGGTATATTTCTATCCCACATATATAGTGATTTTCATGGTTTCTTGATGTAACGTGTCTCTTTTATACCTTTACGCAGATGAAATTCTTAGCGATTTATTCAGCAAAGGTAATGATATAACGAAGTTAATAAATTTAAGAACAAAAGGTGAAATAAAAATTACTGACTGAACAAATTTATCTTGAATTTATATTATAGCTCAACCAGTACAGCAGATGGAAGAAAGGGACATACATGAGGAGAGAATCGATAAGAATTCTGCTTATACTTCAAAGGACGGGACTGATCATAAGGTTCCTTTTATCTCAAACAGAGAAAAGAACGCTTTGTGGAAACCTATATCAGAGCTTGATCTTTCCAACTGTGAACGTTGCACTCCGAGCTATTGCATTCTGCCAAAGAATGTAATTTTTTTTTTAAATTTTGGTTCATTTTTGGATGAAAGTAATATTTCTGCAAAACTATTTGCTGATCATTTATTCTGATATTTCTGTAGTATCCAATGGGTCAATCAAGCTATCGGACTCCCCTTGGAGCATCTGTATTGAATGATGTTTGGGTGTCTGTGACTTCAGGAAGTGAGGATTATTCCTTCAAACATATGCGTAAAAATCAATATGAGGAAAGCCTATTTAGATGCGAAGATGATAGGTAGTTTTATTCACTTATCATTTGCTTGCATATTATAATCAAATTATAGCGCTAAATATAACAATAAGAAAGGAAATATTTAAACTATGTAACCTTTATATACTTTGAGTATGTGTATTGAAATTATCTCAACTGCATTTACACAATTGTAGTTATATCAGCTTAATTACTAGCACCATCAAATTCACTTTCATGAATCTCACTAACTGTCCCAAATGGTAAATTGTTGGGATCATCTGAGATCCTCCAAGCTAATGTTTGAACGTATGTGAAGAATTCACAGTTTTAGGAAAGCTGTCATTTTGTTTCTATGAATACTGTAACCTTTTTCCGCTTTTTCATAGTAAAACCCAGAAGACACTTTACATTGTAATGAAAGAGATATGTGCCCTGTTGGACAAAGCTTTATGCTAGTCAAGGGCGTGCTTTTTATTCAGGCTCGCTTTGGCATTTACTTACACATGAACAAACATAGTCTTTAACATGGAAATATATGGAGTGTTCCCTCTCTGTTGAATTAAGTCATAGGTATGTTTGTGGTACACTGTTATTAACTGTGCTCGATAAAACACCATAGACTAACATTTTATTAGAAAATAACACTGATGCGCAACACTAACTAAAAATGAGTCTTAATTAAGGGACTTCAATAAAAAAAATACTACGGGAAAGGGCAAATCGAATTGCAAAAATGCATGGTTATAAATCCGTGTAAACATACTGCTTAGGTACGCCTACAAAACACGTGTGAACTTTTGTTTTACATGTAGGTATTTATAATGCTAAGTTCTTAAATTTTTAGAATTATATTCTATATTGGTACTTGTAACTTTAAGTTCTTAACTTTTTTCTTTGTTTGTAAATGAGTATGCATCTGAGTTCGAGGATTTGTTATTTATAAATAATTACAGTTATTTTGGTCATCTAGGAACTGACACCGAATAGCATATAAGTTAAAGGCCTCAAATTAATTTTATTGATATTTTGACCATCAACGGTCTGACACTAAAATATAAGTTGAAGGCTTGAAAAAAGTTACTGATATTTTAACCGTCAAGCAACTGGCAATAAATGTCATATATGTTTATGGCTTGATAATTGATTTGATTTGACAAATTGGGTTTCTACGAATGTCTATGTGATTGCCGTACTTTGGCAAGTATATTATACACACAAACGTGTGAGTGTGTGTACGTTTTATGTATCTACACATGCATGCATGTTTGTGTGTATATGTGCATATATGTATGTCTCTAACCTTCTTTTCTTACCTTGAAACGACTTTAGGTTTGAGTTAGATATGTTACTTGAAACATTGAATGCAACCATTAGGCGGGTGGAAGAGCTAATAGAATTGATGCAACACAACACCATTAAACAAGAGCATCCGATTCGTTTTGAAGATCATTTAACATGTATGGCATTCTTCATCATTCATTTTATTTGACAAAAGTTTCTGAGTATGGTATTCTGACATTTTGATTTTTTTTTTCTTTTCCTTTTTAGCTTTGAACATGAAATGCATTGAAAAAATATATGGAGAGCACGGGCTTGATGTAATGGACCTTCTTCGCAGGAATGCTAGTCTTGCTCTCCCTATCATACTCACTCGTTTAAAGCAGAAGCAAGAGGAATGGCTAAGATGTCAACAAGATTTCAATAAGGTTTGGGCTGAAATTTATGCTAAAAACCATCACAAATCTCTCGACCACCGGAGTTTCTACTTCAAGCAACAGGATGCAAAGAATTTGAGCACAAAAG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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_008787939.1	0.0e+00	paired amphipathic helix protein Sin3-like 4 isoform X2
Swissprot	O48686.3	1.1e-272	Transcriptional corepressor Sin3
trEMBL	A0A8B7BYD5	0.0e+00	paired amphipathic helix protein Sin3-like 4 isoform X2

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT1G70060.1	46.97	0.0	1041	SNL4	SIN3-like 4

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	bit score
AfisC6G02958	AT1G70060.1	1303	514	33	7	1148	2	1288	46.97	1041
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AfisC6G02958	AT5G15020.1	1341	575	34	14	1176	47	1364	42.13	915

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g329264.t1
Allium fistulosum	AfisC6G02958
Allium sativum	Asa8G03700.1
Arabidopsis thaliana
Oryza sativa

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF02671.18	PAH	Repeat	36	80	57.1	1.3e-15
PF02671.18	PAH	Repeat	116	159	61.7	4.8e-17
PF02671.18	PAH	Repeat	276	314	22.2	0.0001
PF08295.9	Sin3_corepress	Domain	387	479	116.8	3.1e-34
PF16879.2	Sin3a_C	Family	902	1144	181.0	3.5e-53

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000118	C	histone deacetylase complex
GO:0005515	F	protein binding
GO:0003677	F	DNA binding
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0006952	P	defense response
GO:0005694	C	chromosome
GO:0006355	P	regulation of transcription, DNA-templated
GO:0006464	P	cellular protein modification process
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GO:0031324	P	negative regulation of cellular metabolic process
GO:0033558	F	protein deacetylase activity
GO:0040025	P	vulval development
GO:0048518	P	positive regulation of biological process
GO:0051716	P	cellular response to stimulus

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K11644	SIN3A; paired amphipathic helix protein Sin3a	EC:-	Mitophagy - yeast	ko04139
K11644	SIN3A; paired amphipathic helix protein Sin3a	EC:-	Thyroid hormone signaling pathway	ko04919

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network