result

Gene information

Detail information of AfisC6G03213

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC6G03213	chr6	582159409	582168525	-

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC6G03213
ATGTCGCAAATCAACTGGGAAGCTGATAAGATGTGAGTTCCGTTTATCCTTTTCAATTCAATTTCATAATTTTTGTTTGTTTGGGCACTTAGGTCTATTGTTTGTTTTATGCTGTCTATTGATATGCGATTTTCTTGTTTTACTCTGTTTCTTATGGCGAAGAGTCAATTTGATGAAATTTGATTCATTTATAGGTATAATTTGCTCATAGGGTTTTGGTTCGGTGTAATTTCTTTTGCTAAATCGTAGAAGAATGAAGTAGAAAGAGTAGGCACTGAAAAGACTCAAATATCATGCGGATTTAACGATTCATGGATGAATTGTAAAGTTGTATTATCTTAGACCTTGTACTAGTTAGCGCAAAAATGTTTTCTTTTACTTTCTAAGCACAAAAATACTTGTCTCTGTGTTTGGTTACTCTTTCCTTTATGCTAGAAGAAAAGGAGCATCCCAAGTCCAGTTTTGTGTAGATCTGCAGAACATATCGTGATGTGGTCTGCTGTAGATTGAACCTTTGCTTATCTACATACTTAGAAGCTTGGCCCAATAAATACGGCCCTCTTCAAAACTCATGACCTCTTCTGAACTATTTGTTATTTCCAAATAACCATGATCAACATGTCATAATGTCAACTTCTACAGTTAATGATTAAACCACACACACACATGCATATGATTCAAGGTTGTGGGTAAAATATTGGAATTCCAACCATTCCGACCTTGTTTCGGTCGACAACAAGAAATTTTTCGATTGGCTTCCAGTTTCGATCACCATCACAGAAAGGTTGTAATTTCATAATTTATTATAAAAACACAACAAATTTCAATGTCAATGCAAACATTGATTTTCTGCACTTGCAGGTTATTAGCATTTATATTTGTTGTCAAAATAAGTGCAAAAGTACTAAACGCTGTCATCATTGATTTCAAAAATCGCAAAATCATACGATCTAGATCCCGATTCAAATCGAATCGCAACCTTATCAATCCAATATTCAGTTTGAATCGCAGTTAGCAAAAATCGTACGATCCATTATCAGATCGAAAATATCGATGCCCTAAATGAGATCGCGATTTCAGTTTAAACTTTGAATTGAATATTTTTTGAAAAATCGAAACCTCATTTTCTTCGAAATTGGAAAAGAATCATTATTCCTTTGAAGATGAAGCATCACAGCTTTTCCAAATTTGAGAAGAATCTCTAGAAAAATCATTTACAGCAGTATAAAAATGATCTATCACAAACAAGCATCCAACACAAATTTCTAAGGCAAAAAAAAGAAAGACAAAGCATACCGAAGTCGAACAACTCGGTTGAAGCATCAGAGAGGGAGAGGCTTTATTTTTCGTATTCTATTTTCTGTTCTCTTTTCTTTCTAACTTCTGCTTCTATTTTGAATTTCTCTCTCGTTTTTTTACATTCTTTGGGCACAAGATGATAATGTATGATCTACTGCTACAGTAACAAAGTACCGTTATCTAGCTATGTTTAGCTTTTGACTTCTATTTCAGCTTTATTTTATTATGGCTATCCTAAACATAAAAGTCACGTTTGAACAAAAACTGCAAAAGTAACCGTACTTATATGTAGTTTCAAGATTAAAGCAACCCTACCATACTCTTTAATATATATGTGATGTAGTGTGGGGCTGTGAGGTAATGTATGGTGATGAGGTTCTATTTCTATGCTTTATTTGAAATGAGGTAATGTGGTAATCAGGTTCTACAATACATTTCTATTATTCTATACTCTATTATTCTACACTTTATTTGAATCTCATTTGGATCTACGATCCACGATTCAAATCCCGTTTCGATCCAAAATTTAAATTTTACGATTTACAATTTGAATTCCATATTCAAATCATTGGCCGTCATTGATTTCATTTTTTATAGTGAGCATTTATATTTGAGGTATGTTTGTTTCAAAAAGTGAACCTTAAACGTAGAGAAAAATAGACGATAAGAAATAATTAACTGTTTGATTACGTGAAGTATTAAGTATTAAAGTTGTTATGGTAATGATTACCGCTACCATTTTGCAACCGTTATCGTACCATTTTTACTGGTAATCGAAAATCGCATACCATTATTGTTGACATATCGTTGGTATACCAAAGATTGGTATACTGCTAAATTAGCTACCATTACACTAGTAATGATAAATTATTGCTTTATTTAAAAAGTCAAAATATTGATTTTTTTCCATACTGTAACGTTGTTTCGTCACACATTCATCTTGTCATGTAGTAAAATACATCGACGATAAAGAAAATAATAGTACTATCATTATTTGAACTAAACTTCAAGACAAAATTTTATCACTTGATTGCTTCTAAATTGGAAATGTATAAAAAATAAAGATATAAATAGATTGGTAAGTTACCGATACCGTTAATTTTGAAAGTATATTACTGATAGTTTACTATCAATAAATTTATCGTTAGCGTACCGATTGTAATGATATATTAATTTAAACAGAAATTGTAATTGATTGATTGGTAATAGTATGACCGTTACAACCATATTAAGTATTCAAAACATGTTATTTAGAGTAAAAACAACAAGCGACACGGTTTCGCTTAATTTAGCTCCCATCGCTGAATAAATTTTTATGGTCAATCATACCCGGTGAGCAACTACCCATCAACTAACATCGCTTAAAATTCGAGATGTCAATTCGAAATGTACACCTGAGATGCACTCATTTCACCTAATATCTCGTCCGACATGAGATATTATGTGTAAAATTCTCGAGACGAAACGCGATTGAAATCCGAGATTTAAAACCTTGGTCAAACCTTAAAGCAAGTAAAAATTTAGATCTCACTTTAGAAAATGCTTTAAAATGAAGTAATGTATATAGAAAATGTTGATCAATATAAATAGAACTATAATAACTACTTATGAAAATGCTGAATTTAGAATATATATAATCTTCAATATCCTTTTAGAAGTCCAAAATTTAAATTTTGAAGCAAAAATTGATTTTCCAAATAATATTTCAAAAAATGATAATATATTATTACTCTATATATTTTATATTACTAAGACATTTCTTCAATAATAAATCAAACTTAAAACTTCATATAAGAATATATATACATGTGTTAATTGTTTTTTAATACTTTATTTGAGTTTAATTTAATCTTTAGTATTTAATGAAAAAATAAGCAGAAATGTTGTTCATATTGCACTTATAAATTATGAGGAAAAAAAACAAGATACATAGATCATATCACGTATAAATTATCTAACTCTTGAAAAATTCTACCTACAATCCTGGAGTAACATTCAGAGTCTAATTTGAAATATACAATTTTTTGCTAGGTATTATAAAATACGTTTTGATACAAATTTAAGTTACACAGTGATACTTGGTCAATATAATCTTTAATAGTTTCCAATCTTATATGATAGCAGCTTATCACATGTTGATAACCTTTAAGAATAAAGTGTATTTTAATAAAGAAAATTTACAGGTATAGCAACATAGAATAGTTGTGTATTTTACGTCAGTTTACAACAAAATATTTAAAGTTCACATTATGTATTTTTGTAATATTATTGTATGCAACACACAAACACATCAATTTGTTTGTAGTGTGAAAGCCTTTTAAATGTTCAATATCATATAATTAATTTTGTGTATTTTTAATCGCTTCACTTGTAATTTCATCTACTTTTACTCAGTGTTATCAAAGCCCTCGCCTAGGCGCGCTTAGGCTCCAAAAAACCCTAGGCTCCAAGCTGGGGCTTTTTTGACTTCTGAGGCACCATGGATGCACGAGGCGTCGGAAAAGCCCCAAAAGCCCCAAGGCGCTGGCTTTTGAGGCGCTGTAAAAGCGCGCCTTGGGTCGCTTTGTTGGAGAATTTTTTTTTGGGTCCAATATGAGCCCAAACACATAACTTTCCTTCAATTTATTCGCACCCAGTTAAATCAACCAGCTCAAAAACAAATTCGTGTCCAGCCCCAACTCAAAATCAAATCGATCAAATTAAAATACATAACCTAGTTCGAACTTCGAGAGCCGTCCAGATCGCTCGCCGCCTCATGCTCAAGGCTCCCAAAAAAGCCCTAGGCGCAAAAAAGCCCTAGGCTCCAGCTTGGCGCTTTTTTGCGCCTTAGCGCCTTAACTACCTTGCTTTTACTTGATTTTATTCTATTTATGTAGAAAAATCAAGGAAATCAAAAGCATAATTATTTTATTCTACATACACTTTCAATATTTTGGAAATATCAAAAAATCAGTTTGAATACAAAATCTTAAATCTTGCACCATGACGTGTTTATACACACACATACTGTATGTATGTGTGTATGTGTATATACTTGTCAATCCTTTAAAAATATTGTTATTTTCATTTTCAGAATTTCAAAATATTACAATTACAATCTTTTGTTAAAGAATGTTACTATTTGAAACCCTAGCTATATGTATCTAAAAGGTTTTTATTTGCAAGATCCAAAGTTCTTATTTGCAAGATTGTTAAGCAAACTTTAATTTCAAATGAACATGTTCCATCTTATAAGAGAATTTTCTATATAAACATTTTGTATGGAAATTATACCTTGTTTCAAGATACCTAACTTTTCTTTTTAAAAAAATTTATTTTATTTTTAGCAATGATTTCTCTTCCATCAGATATGTGATTCAAACACAATTTTAAATCACAGACTGATTTTTGTTTTTTTATATGGATCTCACCAAAAGAATCATAATTGATACTGCATGTATATAATTATTAGAACTAGAACGATTTTATTTGAATTTTTTGCATCTCTTTATCTAAAGTCAGTTTGATAACCCTTATTTTTTCTTGTAAACACAACATGATTATTTTGAACCATTTTACAATTATTATTCAATAATATCACCCCTGGTTACCAAGTTTACATGCCTTAGTGAATTATTCTCGTCTCCTTTTACCAAATTCTTCTCCATCGACTAATTCAAGTTGAAGATAAACATCTTACACTTGAGTGACGTAGGTCAATT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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	RLM93399.1	2.0e-37	Transcriptional corepressor LEUNIG
Swissprot	Q9FUY2.2	2.4e-35	Protein ROTUNDA2
trEMBL	M8ATD6	1.0e-38	Transcriptional corepressor LEUNIG

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT4G32551.1	79.55	3e-39	157	LUG;RON2	LisH dimerisation motif;WD40/YVTN repeat-like-containing domain

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC6G03213	AT4G32551.1	88	18	0	1	88	1	88	79.55	3e-39	157
AfisC6G03213	AT4G32551.1	45	22	1	121	165	224	267	48.89	2e-07	52.0
AfisC6G03213	AT4G32551.2	88	18	0	1	88	1	88	79.55	3e-39	157

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa
Allium fistulosum	AfisC6G03213
Allium sativum	Asa4G05540.1; Asa4G05545.1; Asa7G04219.1; Asa7G06043.1; Asa7G07065.1
Arabidopsis thaliana
Oryza sativa	LOC_Os01g08190.5

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF08513.8	LisH	Domain	10	36	39.7	2.7e-10

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005515	F	protein binding
GO:0001666	P	response to hypoxia
GO:0003713	F	transcription coactivator activity
GO:0005634	C	nucleus
GO:0006974	P	cellular response to DNA damage stimulus
GO:0006979	P	response to oxidative stress
GO:0009414	P	response to water deprivation
GO:0009611	P	response to wounding
GO:0009617	P	response to bacterium
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GO:0009733	P	response to auxin
GO:0009793	P	embryo development ending in seed dormancy
GO:0009827	P	plant-type cell wall modification
GO:0009909	P	regulation of flower development
GO:0009944	P	polarity specification of adaxial/abaxial axis
GO:0010073	P	meristem maintenance
GO:0010272	P	response to silver ion
GO:0045893	P	positive regulation of transcription, DNA-templated
GO:0045892	P	negative regulation of transcription, DNA-templated
GO:0030154	P	cell differentiation
GO:0045995	P	regulation of embryonic development
GO:0046898	P	response to cycloheximide
GO:0048358	P	mucilage pectin biosynthetic process
GO:0048359	P	mucilage metabolic process involved in seed coat development
GO:0071217	P	cellular response to external biotic stimulus
GO:0080001	P	mucilage extrusion from seed coat
GO:1901001	P	negative regulation of response to salt stress
GO:1902074	P	response to salt
GO:1902183	P	regulation of shoot apical meristem development
GO:2000024	P	regulation of leaf development

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network