result

Gene information

Detail information of AfisC6G03406

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC6G03406	chr6	618618155	618638841	-

Sequences

CDS

>AfisC6G03406
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Protein

Gene

>AfisC6G03406
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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	KAF2537136.1	3.5e-59	hypothetical protein F2Q68_00022924, partial
Swissprot	Q9S7G7.1	3.1e-52	Plant c-MYB-like protein 1
trEMBL	A0A8S9FXH2	2.5e-59	Myb-related protein 3R-1-like

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT4G32730.2	56.91	3e-54	210	ATMYB3R-1;ATMYB3R1;MYB3R-1;MYB3R1;PC-MYB1	Homeodomain-like protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC6G03406	AT4G32730.2	181	65	3	2	174	30	205	56.91	3e-54	210
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Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa
Allium fistulosum	AfisC6G03406
Allium sativum	Asa6G00066.1
Arabidopsis thaliana
Oryza sativa

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF13921.3	Myb_DNA-bind_6	Domain	54	118	56.2	2.8e-15
PF00249.28	Myb_DNA-binding	Domain	451	501	41.0	1.4e-10

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000122	P	negative regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0005515	F	protein binding
GO:0000978	F	RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific DNA binding
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GO:0001135	F	transcription factor activity, RNA polymerase II transcription factor recruiting
GO:0003713	F	transcription coactivator activity
GO:0005654	C	nucleoplasm
GO:0006338	P	chromatin remodeling
GO:0009723	P	response to ethylene
GO:0009733	P	response to auxin
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GO:0009753	P	response to jasmonic acid
GO:0031523	C	Myb complex
GO:0032465	P	regulation of cytokinesis
GO:0032875	P	regulation of DNA endoreduplication
GO:0042752	P	regulation of circadian rhythm
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GO:0051571	P	positive regulation of histone H3-K4 methylation
GO:0051574	P	positive regulation of histone H3-K9 methylation
GO:0090307	P	mitotic spindle assembly

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K09422	MYBP; transcription factor MYB, plant	EC:-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network