result

Gene information

Detail information of AfisC6G03514

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC6G03514	chr6	637210508	637215147	-

Sequences

CDS

>AfisC6G03514
ATGGAAGAGGAGGAGCAGTTATGCGACTACTGCAACAAAGCAAAGGCAATCCTGTACTGCAGAGCAGACACAGCGAAGCTATGCCTACCATGTGATATGCACGTGCACAAAGCAAACACAGTCTCCTCAAAGCATTCACGCTCTTTGCTCTGCAACTCATGCTATTCTTCTTCCTCTTCGATATTCTGCCCTACCCATAACGAAGTTTACTGCTCCAACTGCGATTATGAGGCACACGTTAGTGTTAACCACCACGAGAGAAGGGCAGTTGAGTCATTTTGCGGCTGCCCAAGTGCTGTTGAGCTTATTTTGTTGCTAGGGTTTGGTGGAAATAAGAATATACTGAAGGAAGAGAACAAAGATGAGGTTTTTAACGACGAAAGTTTGTTGTTTTGGGACGCACCGCGTGTTGTTAGGCTGAATGATTTGATTGTACCAGTGGATGATGATGCTGTTCAGCGTGAAATTCAAGCTTTCGATGTGCCTCCTTTGCCTAAGGATCGAAATCTAGCATGTGGAAAACAGAAAGAAGAGATAACGCAGCAGCTGCGTGAACTACTGAATTCCGAAGGTGGGCAGCTGAGTTGTTATCTTGAGGAAGTTGAACCTGTTACAGAATTTCAATCTCAACTGCCAGACAACGGTGATCAACAAGGCAACCTTTTCTTCGATTCTGATGGAAATGCTAATTTTACTGTTACACATGAACTTGAGGCTAGTGAGATTCAATGGAACAGCAATGACTGGCAAGAGGCAACAAATCCAGCAATATTTCCTTATGATCAGCAACTTGAAAATTACTCAGTGGAAACATCTTCTTATCAAGACAAGGTTGAAAATTTCCAGACAAACAGTTATACGCCTAATGTCAGCAACACTGATACCAACATGGTAAGTGACAGAGTACCTTCAATTGCATCGAAACTTGGACTAGAAATATTATGCCCAGATCGCAACTCCGTCCTTTCACGGTACAAGGAGAAGAGAAAGGCAAGAAGATATGATAAGTTAATAAGGTATGAATCCAGAAAAGCACGGGCTGATAGCAGAGTGAGAATCAAGGGCAGATTTGCTAAGCTTAATCAAGATGCAAATTCTTGA

Protein

Gene

>AfisC6G03514
ATAAAGAATTAAGGGAAAAAAGAAAAGAAAAAAAGAAATGGAAGAGGAGGAGCAGTTATGCGACTACTGCAACAAAGCAAAGGCAATCCTGTACTGCAGAGCAGACACAGCGAAGCTATGCCTACCATGTGATATGCACGTGCACAAAGCAAACACAGTCTCCTCAAAGCATTCACGCTCTTTGCTCTGCAACTCATGCTATTCTTCTTCCTCTTCGATATTCTGCCCTACCCATAACGAAGTTTACTGCTCCAACTGCGATTATGAGGCACACGTTAGTGTTAACCACCACGAGAGAAGGGCAGTTGAGTCATTTTGCGGCTGCCCAAGTGCTGTTGAGCTTATTTTGTTGCTAGGGTTTGGTGGAAATAAGAATATACTGAAGGAAGAGAACAAAGATGAGGTTTTTAACGACGAAAGTTTGTTGTTTTGGGACGCACCGCGTGTTGTTAGGCTGAATGATTTGATTGTACCAGTGGATGATGATGCTGTTCAGCGTGAAATTCAAGCTTTCGATGTGCCTCCTTTGCCTAAGGTAGCGATTCTCTATTTTTATTGGATCTCTGGTTTTGATTCCGAATATTTCAGCTTTGAGTTGATAAATGCTTCCAAACAGTACAGTGCTGCTACCAAACACTCTCTTGCTGGAATACCCATCCATTTATTGGTGGAAAATAATAATTAAGATGTAATTATTGATATACCAGTAAATGCAAACCTATTTCTACTAATGGAAAAGAGAGCAACTCAAACATTTTTTAAAGGGAGTAGCTCGTATCAGTGAATACTTTCTATCCATTTTTGTTTTTTAGGTTGGCCTTGTTGAAAAGTTTAGTTGACGGGGGTTAAGAGTAGACTTATCCAAAAAATTAACATGCACGCCTTATATTTTAGGATGCTTTTTTATGGATATAGAGTTCAATAACGATGGTTGGGTAAATGATGTTTTTTCGAAACTTTAATGTTATAAATGTATTTGTATGTAAAGTTAGATTGTTTATTTTATTAATTTAGCTAGCTGTTATGTTTTTATTTAATTAAATAAAATAATTAATAATAATTCATTTTAATAATTAAATTAAATAGTCAGTAATAAAATCTATTAATAGTGATCAGTTTATTTAACATAAAATTGAAATATTAATATTATAATTGTTTAATGATATAATAGTTTAATAAGGCATAGTTACTACTTTAAATTTAATCACTAATCGTTGGTAGTTGATTCAAACAATCAGTTTAAATTTAATACTTAATAACTTATATCCAATAATAATTTAATAAATTTAATATATCAAATAACAATAGATAATAGTTAACAATTAATGATTTAGATTTAATAATTCATAGTTTACATATAATAATTAATAAATTGAATTTATTAAATAAGAAATAAATAACAAACAATAATAAATAATTTAATTTTAAAAATAATAACATTTAATGTATAATTAGTAATCAACACTGTACAATCTATTATTTGTAATTAACAATTTAAAAATAAATCATAATACTGTTTAGACAAATTTTAATTTAAAATACATGTTCATAAAAATTTATAATTAGAAAAGCAAAATACATTGGCTTGCATCCCACTTGAGCAACTTAAGTTGGATGTAAGGCATGCATCCGACATAGCTCTCCGTTTTGAATAGTTTAAACCCAACAAACGCTGATGTAAACTTTATTATAGTTTGGATGAAGGTTTTTCAATTCAGTGAACCCGACATTTGATGTGTCCAATAACGAAGTTTAAGTCAGCGTACAAGTTTACGTGTTTTCAGTTACTTATGTGATCAATATTGGACTCTGAAAGTATTTATTCTTATTACTATAAAGTTGGTATTACACCTGCATAGAGTAATCGTATGTGTAATCACTGCTAAGTGCTAACAGTGTCCACTGTTTAAAATAAAGATTTGTAGAAATTTTGTGAGACGTACTCTACTCTCTATTCTGATAAATCAAGAAATTTACAATTACTTGTTATAAATATAAGCATGGTTCTAACTTTTGATCTTTCGCTGTTCAATTTTCATCTTTGAACTTGGTAACCAACCAATGATACATAAATCATTTAGTACAGGAGTGTTAAATTTATGCAAAATATGTTAACACAAGTGTTAAAATAAAATATTGATGGAATCCAGGAGCGAACACTTTGAATTTCCCAAATCAACTGACATATGCTGCCTAATCATTGGAACTTCATATGACTGTAATTAAAAACAGAATGTGTGATAAGAAAGGAGATAAACTTATCGTCGAATGTTGCACATTAGTTCGGTACAAATTAACTGAAATAAAAATTTGGTTGAAAGTAACAAAATGAGCATACATTATCAACTGAGACTTGAACAAATTTGAAGTAGTAAAAAATACAACAGTATCATAAATAATTGGATTGCCAGGTATATACGTCTGCTACAACATACTAACCTTTTGTGTTAGTTTTTAAGAGAACTGGTTGTGTTAATAGAAGAACGGCCACAAAATCGACTTCCCTAATTACCTCTTCTACCTCAGTCCATATGTTTTGGTCAAAAAATTTCATTATAAAATGCACTACATAAACAGTCTCACAATGAAAATTTAATGATATATGCAACTCTCAGGATGGAAATATAGTGATATATGTATCTATAGAAAGGGCGCAATTTATGTACCTGCAATCTGTAATGTTTTATATATAACTGAACACTTGATTGGTTGATGTGGAATTTAAATTTTAGAGGTTATTTATACTTATAGGTGCAAGTGCAGCAATGTTTGCCAAAATTTCTTGTTCCGCTTTACACATAGACTTCATATATTAGCGTTAGCGTATGTTTGACAAAGATTAATTGTTATTTTAGGATCGAAATCTAGCATGTGGAAAACAGAAAGAAGAGATAACGCAGCAGCTGCGTGAACTACTGAATTCCGAAGGTGGGCAGCTGAGTTGTTATCTTGAGGAAGTTGAACCTGTTACAGAATTTCAATCTCAACTGCCAGACAACGGTGATCAACAAGGCAACCTTTTCTTCGATTCTGATGGAAATGCTAATTTTACTGTTACACATGAACTTGAGGTCAGATTGTTTGTTTTGCTCTTCTTTTAACTGAATCTGTTTGCATATATTAAGGGTGATCGAGTTTGTCAAGTAGATTGAGATTGATCCTCTTTTCACCAGAACAGAATCCAAAATTTGCAATGATACATTTTAGCGGTAATCATTTTTCACCCTTTAATGTAGTGCACATACCAAGTGGTTGTCTGAGTACTATAATGTTGAGAATGGTCCTGAATTGATAAAGATAAACCACTGAATCATCTACTCTGGTTAACACTGGGAAGAAGTCAACAAACCATTTTGAACTATATAATATCAAATTATACAGTTCAGATCATGGTACTACATAGTACAATGCTATAGTAGAAAACACAATACTATGAACAGTCCAATCCAATTCTGAACTGTTCAAATGGTTAGGTGTACTATAAGAACGACTAGTTATCACAAAATCAATTGGTAACGAATAGTGACCTCTTAGTATATATGGAGGACCAATTATATTACATAGAGGAACTGAGACAATTCTCAACAAGGTCAACGCATCCTACAATCCATACTGAGATGATCATATTACATAGAGATGCCATATAGTGCATAGTATGAGCAATTGAAAGGACATTTCTGTAACTGGATGATGGTTGTACTATTCCATAATGGTTAAGTATGCAAGTGTAATTGTGGCAACAACTATTAAGCATATGTAGAATTCTACAATGTATCATGTTTTTCCTTTTCTATACAGGCTAGTGAGATTCAATGGAACAGCAATGACTGGCAAGAGGCAACAAATCCAGCAATATTTCCTTATGATCAGCAACTTGAAAATTACTCAGTGGAAACATCTTCTTATCAAGACAAGGTTGAAAATTTCCAGACAAACAGTTATACGCCTAATGTCAGCAACACTGATACCAACATGGTAAGTGACAGAGTACCTTCAATTGCATCGAAACTTGGACTAGAAATATTATGCCCAGATCGCAACTCCGTCCTTTCACGGTACAAGGAGAAGAGAAAGGCAAGAAGGTTGTAATACATACAGTAACTAAGAAACAAATAGAGCAATTTTGGCCCAATTGTTAACTTTTCTTTTTGTGTATGCATGTCTTGATTGAACAGATATGATAAGTTAATAAGGTATGAATCCAGAAAAGCACGGGCTGATAGCAGAGTGAGAATCAAGGGCAGATTTGCTAAGCTTAATCAAGATGCAAATTCTTGACTTTTTACTGTCTCAAACCATTAAAGGTAGTACATAGCCAATATTTAACTGCTATTAGTCAGGGATTTTAATTCCAACCAGAAACGTTCAAGCTGAAATTGGTGAGATTCAGATCAAGTTATAAAGGAAGAACGAAAGATTTCCGTAGAGGATAAATCTGTATTAGGCACAAATGGAGCCCATCATTGTTGATTTATCTTGTCATTGTTTCTACTTTTAATGTTTTCAATATATCTGGTTGTACTACCTTCATGTATCATCTCAGTTGCGAGATTACCGTGTTTGTATTTGCATCTTCCTTCATAGTGAGAAAAGCTGTGGCTATGTAAAATATTTCTGCATAAATGTCGAATAAAATTTCC

Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020275076.1	4.5e-74	zinc finger protein CONSTANS-LIKE 13-like
Swissprot	O82256.1	7.5e-42	Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 13
trEMBL	A0A5P1EC88	7.4e-71	ABC transmembrane type-1 domain-containing protein

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT2G47890.1	42.20	6e-62	234		B-box type zinc finger protein with CCT domain

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC6G03514	AT2G47890.1	372	158	13	1	359	1	328	42.20	6e-62	234
AfisC6G03514	AT2G47890.2	219	99	5	1	213	1	204	45.21	2e-43	173
AfisC6G03514	AT2G33500.2	423	186	11	8	359	12	397	30.50	2e-43	173

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g325401.t1
Allium fistulosum	AfisC6G03514
Allium sativum	Asa8G03469.1
Arabidopsis thaliana	AT2G47890.1; AT2G47890.2
Oryza sativa	LOC_Os03g22770.1; LOC_Os03g22770.2; LOC_Os07g47140.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00643.21	zf-B_box	Domain	4	47	24.3	2.3e-05
PF06203.11	CCT	Motif	318	359	55.6	3.5e-15

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0005634	C	nucleus
GO:0008270	F	zinc ion binding
GO:0009909	P	regulation of flower development
GO:0010229	P	inflorescence development
GO:0044212	F	transcription regulatory region DNA binding
GO:0045892	P	negative regulation of transcription, DNA-templated
GO:0043565	F	sequence-specific DNA binding
GO:0048576	P	positive regulation of short-day photoperiodism, flowering
GO:0048579	P	negative regulation of long-day photoperiodism, flowering

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network