result

Gene information

Detail information of AfisC6G03587

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC6G03587	chr6	651784440	651789517	+

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC6G03587
ATGAAAAAAATCAATACAAACCATTATAGTTGCCTTCCAAGAAAATTAAAGGACAATCAATGTAAGTATTTATTTTAATTTGATATGTTGTTGACTTCAATATGTTTTTGGAAGTTTTATTCATTAAGCATAACATTACAGTGAGTGATTTTGCGGTTTTCATTATATTACATGTGTATATTTGAAGACATAGCATATACTTTTTTATTTGGGAAAGATATGTGAATCATGTTAATCTATGCAATAGTTATGCTTAAAAATTGCTTATCTAAAGAAAAATACTTACTCTATTTTTCTACCAACCAAAGTGATATTATATAATCAGCAAGGAACTGGATTATTGTTCCATACAGTTTGTGAATATTACAAAAAATGAATTGGAGTTTTATTAATGATTTAAACACCGAAACAATAAAGGAGAAATTGTACTTCTATTTCTTTTAGATGATGCATAAAAGGACAGAGATTAATCATTTTTTACTAGCCTTCACTATTTAATTCATAGTTTAACTTCTAGTACCTAATTATTATTTTGAATTTATAGAATCAATAGGTGATGTTCAGATTCTTTTAGGGATGTGGATAATGGAAGAAGAGAGTGATTTCTATAAGTTTAGTTTAACAACAGCTTCATGCAAATTTCTTTTATTTCAACTTAACCATTTTTAATGCTGTAAATATTTATGAATATATATATGTTTCAGTTTGTATTTAAAGGTCGATATTGAATATTCTCCAGTAAAAATGAAGAAGATAAAAAAAGGTAATAACTTGCATTTAAAACAACCACATGTGATTATAAGTTGTCTTTCATGAAAAAAAGAAGACCAAGCAACTAATTGCTTTGTTTTTTACTATGTTAATACTTTAATGTATTTTTAAAATTTTAATTTAGTGTAATAGTTATGACGAGTGTTTTTGGGATTTATACATTTTAGATGCTGCAGAAATCGTTGATATCATAAAATATGCAACAGCCTGCAAAATTGCCGATTACTTGCCTTTCTTAGGATGGTTGAACTTAAATGGATGGAAGAAGAAGGTAGCATCAACAGCCAAGTACATAAATGAGTTTTTCCAGAAGCCGCTACATGATATAAAACATAGCAGCACAGACGAACATAAGAAGAAAACCATTATGGCAACTATGCTTTTGCTTCAGAAAACAGACCCTAAGTACTACACAGATGAAATCATTAAAGGGTTCACCATTGTAAGTCTATACTAACTTTACTGATGATCAGTTCTTTGTGGTATATATAACAGAGATGTAGACCAACCATTGTTAATAATGAATTGCAGACTACGCTGGCAGCAGGAACAGACACGTCATCAAACACGATCGAATTGGGTCAAACGTTGCTTTTGAACAATCCAGAGAAACTAAAGAAACTAAAAGCGGAGATTGATAACAACTTGAGCTTGATAACAACTGCACCCAGTGTTGTTTAGCGGGTTAACTGTGCAAATAGAAAAACTATAATTCTTCTTCTCAACTGCATATGTTTTTTTCAGGTTACCATAATTATACAGCATATTGCTCTTTTTCATACCGTATCATGATAGTTAACCAAAACAAATTCAGATCATCTTCCGCAATGGCGTGTCTATCATATCCTCTGCAATAATGTTCTCTTTCCTCATTGTAGATAATTGAGCCCCTAAACATACCTTTTCAAGAAGTACTTCATACTAAACTATGAAAATTCATTCTTATAGGGATATCAATCCACTTACCTAGCATCTAATCATGGCTGTTTGGAGGCAAGATAGATTTGAGTAAAAAAAAATTTGACAACCAAATCAATTTATCTTTGAATGGTACCTAATATTCTAGTTAACCACAATTCAACTGACATTTTGAATCTTCTAATAGTATACTACAACGAAATGCTAACATAAAAAAATTGTACTATAATTCAGAAAAAATGCTGCAAAACAAGACATAATAACAACTTATAATCTTTGTGCTTTAATTAAGTGCAATTAAAAAATAAAAATAAAAAGGTGATGTAAAATATTATTGCCTTAATCCAGAGAGAGAGATTAGTCTATAAATTTCTCAAAGAAAAAACAACCCGAATCACTCATCTTTATCCTTCTAAACTGGTTTAATTTTTTGAACTTGTAATTTCCTTATATTTCAGGTAGATACAAACTTTAACAGGCTATGAAAATTAGAAACCAAAGAATAGATTGAAAAGAACTTATGATGCATGTAAAAGCAAGAAGAAATGTGCTGGAGGTGATGATATTGAAGTGGATGGTGAACAAGTTACAGATTAACCAGTAAAGAAGAGTCATGGTGGGCTATGGTGCTCAACAACCAAACATCACAATTAATGGCATGAAAATGGTTACTAAATATAAAGCTTCAAAGAAGAAATCAGATGATCAGGAACAGCTTTCAGAACCTGTTGAACGGAAATAACAGCTTTCTGCAGAAAGGGTAAAATTGCGACAAATAATTATGATAGCGGTTTCTCTTCCATTATTGATTGATCTACCATCTTTCTATAAAATTTTCAGGTTCTCGGTGTTCTTAAAAGGATAAACGATAAAGATTGTTTGTTACTGGGTTTGAATCCAAAATATGCCCGTCCTGATTGCATGATATTACAAGTTCTACCTATTCCACCTCCTCCAGTTGGACATTCTGTTATGATGGACACATCGGCTATGAGTGAGGTACTTGGTATCAGTTGATCATAATGTATTATATTGGCCACTTTAATTTGGTGTTTATTTCCCAATTCATGTTTTATTATTATATATTTTCCATGTTCAATATGACGACTTGACTCATAAGCTAGCAACGATAATAAGGCACAATGAGAATTTGCGACGTCAAGAGAGGAATGGAGCTCCTGCTCACATCATCACAGAGTTTGCACAATTATTGCAGTTCCACATAGCAACATACTTCGACAATGAGCTTCATGGTCAGCCAAGAGTATGCATGGTCTTGCACATTCTATAGAAAATAGTTCATTTTTCTGCCTTATTATCTTAGCTACATAATTTTTTAGGCTACCCAAAGATTAGGACGACCTATCAAGTGTATATGCAATAGGCTAAAAGCAAAAGAAGGTTGTATTCATGGAAACTTGATGGGAAAGCGTGTTGACTTTTCAACACGAACAGTCATTACCCTTGATCCAACTATAAATATCGATCAACTCGGTGTGCCTTAGAGTATTACATTGAATTTGACATACCCGGAAACTGTCACTCCACATAACATTGAGAGGTGCCTTTTATGTTATTTTTGAATTTGCAGGCATTGGTGTTTTACTTTATCTTAATTTTTATTTTTGTACATACTAATTCTCAGACTAAAAGAATTAGTATAGTATGGTCCTCATCCCCCGCCCGGGAAGACTGGTGCAAAATACATCATTACAGAAGATGGTCAGAGGCTTGATCTCTGTTTCTTGAAAAAGAGCAGTGACCATCATTTAGAGCTTGGCTACAAGGCAAGATTGTTGCCATTCATTATGGTTTCATCATTTCAATTTCTTAAGTTTATAAAATTATGCTGAATACTTTTGGTTAACAGGTGGAGAGACATTTGAATGATGGGGATTTTGTTCTTTTCAACCAGCAACCGAGTCTTAATACATGCATAATATTCAGTGGTGACCTATATATAGCAAACGGTAAATGATGCATCTAGTTGATGAAGAAAAGCTAAAAGTTATTCAAACGATGTGGAATATTGAAGTTTGGTACTTTTGTGCATATTGAATGTTCCTCTTTAACTAAGATCCGCCGTCTTTTTTCTAGGTGTACTTACCGTTTCCAAGCTTATCGGATGTGACACTAAGAATATGGATTTGGCCTTGTCAACTCGTAAAATGAGAGCAGGCAGTGAGAACATAATTCAAAATCTTACCATTTCACAGGCTACCATTCTTAAGCAGTGTTAAATAGCTAATGATACCTGCATGTATATATATTTGACAGATCATCCATTATTCTTATGTTATTATTTTTGTTGTTGAAGGAAGTGCCTTAACATTCCGGTGATCTGTTGTTATAGGCAACTAAAACAAGAGATGCACTGGCCAAATCTCTTTATGCTAGTTTGTTCGAGTGGATGGTAGATCAAATTAACAAGTCACTGGCAGTGGGCAAGCATCTCATAGGAAGATCTATCAGCATTTTAGATATACATGGTTTTGAATCTTTTAAGGTATGATTATTGTTTGCACAATAATTTCCTACTCTCCTTTTGTTTTTAATCTTTCCCGACAAGTTCGTTATTTTTGCAGAGAAATAGCTTTGAACAATTGTACAAATTATGCTAATGAAAGGTTGCAACAACATTTCAATCGCCAATTGTTTAAGCTAGAACAGGAGGTAAGTTTGTTTGATTCCTTGTCATACCAAGAGAATAATTTCATCATTTCTTTTTACTTTTTAATCCTAATTAAGATGTCATGGAAGGGGGTAGTCATCCTATTATTTGTATGTACTTTAGTCATAATATCACATACAAAAAGCTTCAAAATGGAAGCAAAATTTGATTTTAGCTATCGGACTCTTTTCATTGGGAAACTTGCAAAACGTTGCATTATATCAGTTGATCATTGGAGTAGCTATTTTATGCATCATTTAATTCTTAAACTTCAATACCTATTCTATGCTCGTCCACTGTGTGGGGACATTGAGTGCCTCATTGGAGTAGCTATTTTATGCCACTGTATTTATTACAGGTTTGTTGATGCAAATTTTGAAGCGATATTTACAAAACATGCTCATACAAACCCCAAATTGATTAACTGAAGATGAAGTGAATGAGATGTTGCAAGCCAATAAGCAATCTAATGTCAAATCTGGAGCGTGTTTTATTTGATGTTGATGCTTTATATGCACTGATTGATACAGGCTAGATGATTATGTAGGTCGTTATTGTTTGAATAACCATTCTTGTTATGTGTGTTGAATGACCATTTCCAAGCACTACATGACATTCTTCCACCGTTTATTTCTAATTGTTTTTTTTGTTGTAGGAATATTGGACTTTTGAAGGAGAAGGGCTTGGACTTTCCTTGATTTATATTATGTTATTTTAA

Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	ACD63081.1	4.4e-19	RNA polymerase II largest subunit, partial
Swissprot	P18616.3	2.1e-18	DNA-directed RNA polymerase II subunit 1
trEMBL	A0A833R1N6	3.1e-19	DNA-directed RNA polymerase subunit

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT4G35800.1	49.11	5e-15	78.6	NRPB1;RNA_POL_II_LS;RNA_POL_II_LSRNA_POL_II_LS;RPB1	RNA polymerase II large subunit

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC6G03587	AT4G35800.1	112	19	1	109	182	214	325	49.11	5e-15	78.6
AfisC6G03587	AT4G37340.1	102	61	3	17	114	200	297	32.35	1e-09	60.5
AfisC6G03587	AT5G67310.1	90	63	0	25	114	219	308	30.00	2e-09	59.7

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF04997.9	RNA_pol_Rpb1_1	Domain	64	165	40.9	1.4e-10
PF00623.17	RNA_pol_Rpb1_2	Domain	171	215	25.6	1.1e-05
PF00063.18	Myosin_head	Domain	255	280	26.9	1.3e-06

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005515	F	protein binding
GO:0006366	P	transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0006396	P	RNA processing
GO:0010468	P	regulation of gene expression
GO:0016779	F	nucleotidyltransferase activity
GO:0031981	C	nuclear lumen
GO:0032991	C	macromolecular complex
GO:0044444	C	cytoplasmic part
GO:0044699	P	single-organism process
GO:0050896	P	response to stimulus
GO:0051252	P	regulation of RNA metabolic process
GO:0097159	F	organic cyclic compound binding
GO:1901363	F	heterocyclic compound binding

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network