result

Gene information

Detail information of AfisC6G04109

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC6G04109	chr6	734279258	734295923	+

Sequences

CDS

>AfisC6G04109
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Protein

Gene

>AfisC6G04109
GCGACGGCGACACGTCTCCGCTTTCTTCCCCAAAAAAATTAGGGCGCAACTTCAGATTCAATGCTGGAGAAGCTTAGCACTCACAGTGACGACACCTCACATTCTTCCACCAGATTATAGTTTGTTTTTTTCAACTGATTCCAAGTCCTTCCCTCATTTTGTTGCATTGGAATCCGTAACAGGATTTCACTTTCTCTGCAAACCTATCTTTTTATGCTACCATCTGCGATTTCCGTAACGAGAGATCTAAGTAGGGAGATTGATATTTTTAGACAGAACTGGCGAATTTTTACCATTTTCATCTTGGTTGTTTGAGGATTGAGAGATGAGGAGGGGGAGATGGAATCTCCTACGGTTTGCATTCTGTCTGTTTCTTCATTGCATTGGCTGCTCGTCTCTAAATCCTGAAGGTATGATTTTGATATGCACAAGAATTGCGTGGTGTTAGTTCAGTTCCATTTTACCGGTGGTGGTAATTGAAATAGATAGTGGAATACGCAGGGGTAAAATAAAGATCAGTAAGCTACACACATATATGGTGCGTGTAACCCGTGCATTGCATTTGCTTGTATTGTAAAAAGATACTTTCATTCTAAACATTTTATCAGTAGCTTAGGTCTTGTTATTTTGAATAGTATATTTTTATATGTGATTCTGTTTTTTTAGAGATAAATGTGGATTTGATTGAACTCATTTCTTTTAGAACAAATAAATATTGGTTATGTTGGTTTCCTTTGTGTGATTTTTTTATTATATTTAGTAAGATATTAAATAAATTTGAGTATGTTACTTGATACATACAAATTTTCTTAAGAAAAAAAAAAAATTGTAGTTTTGCTATTTTAAGGAAGATAAATAAGATTAATAAATATATATTATATCGGTTTCGTTTTTAAGTTTTAACTCAACTAATTTTAATTGAGATATAAAATGTAATATGAATATGTTAATTTGTATATAATAATTTCATTGAGAAAAATGATTGATAGTTGAAAAGTTTGTACTTTAAATATTTAAGCAGTTGGTAGTTTTAATAATGAGGTGGAGCCTTGGCGCGACGGTGATTCTAATAATGTGAAAATGGAAAGTCTATTTAAACACAATTTGGTGACACAATGGGTAACACAATGGATCTCTATCATTGAATTGCCTTCTGAATTTCATCTTCCATATAAAGATAAAATGATCTAATGGTCCAAATCTTTTGTGTCATCATTTGTATCACCAATTTGTGTTCAAATAGCCGGCACCACGTGAAAAGCACATGAAAATATTGTTATGATAAATAAGCAATGAGAAATAATTTGAGTATCATATTAATGGATTGAAATACAAATGAGTGTTTGATTTTTTTCTAAACAATTCGAATATTAACTTAAATAGAATAATTTGGATGAGTACCCAAATTATGAGATACTTGCATATTAATTGACTGGGAAAGATTATGAAGAATAGATAGACAGTGAAAAATAAAAATATAATAAAGTAACTTCGGTAAGACCCGAACTCATGACCTCTCTAATTGTATAAAGTGAAATGTAAAAAAGAATTGAACATAAAAATAATACAGTGCCACATCATGAAGAGAGTGATTGAACTATTATTATAATATAATGGAAAGATATATTATTTAGTTAAGTTGATGAAAAATAATTGACCAGCATGGTAGTACTGAGCGAATGTGTTAGACTTTTGGTCTTATACTACTGAAGCTGCCTTAATTTCTCGTTGGGCAATATATAATCGATCGGTTAGGTAAAATGAAGTAAAGTTTTACATTTTTATTTCCTTTTTATTGTGGGTAGAATAAATTACATATCGAGATGCGTTTAGCACCACTTTATGAATTAGTGGTATATATTAGTTGTTTTCAACTCAAGTACCGTTTGATTATAGAGGTATTATGGTAATAAATTTAATCATAACACAAGTAATTTCGTTTGTGAATAAAATTGTGTGATTTATGAAACACATGAGTTTCATGGCATAATGATCATTGTAGGTGCTTGAATTTGTTTGTTTATCCATAAGCGGCCTCACAGCTTATTTTGATAACAGTGCTCACGTTTCGCTCCCTTTAAGGGAATGCTGATTATTCATTTTGTAACCTACTTATCATGTTTGTTTGTTTGATTGACATGAAGGGTTAGCGTTACTGGAGTTTCGCTCGGGAGTTGTTAATGATCCGAATGGAGCATTTGGGAACTGGAATTCTGACGATGAAAACCCATGCAATTGGTTAGGAGTTCATTGTATGGATGGCAAAGTTGAAACTTTGTAAGTTCTTACTAAGGATATATGTGCACTAGCTGTATATTTAGTTTATTGAGAAACATTTATAAGCATAAGTTTTGCTTTCCCTTTAGAGTTTTATATATGAACGTGAGATTGCACTAGTATATGAAATATATCATCATAGCTCAAGTATAGGAAGCACATTGATATGATCACTTTCTCACATGGGTTTTGATTAATTACAGTTAAAAGGACCTTTTTGGTTTAGAGTTAAGAGGGTTAGCAAAACTAAATTGCTGAATCAGCTTTATTTCAAACAGAATTTGTATTTCCATCCATAAAAACATTCAGCTAATCCACCTTGATATTATGGATAATTGATTTCGTTTGACCACTTATAAAGTTATTTAGCTTAGCCAGCGTTTTTTCTTTCTTTCTCACAACATTCAGTGTTCTTATCTTCTTGTTGATTGCCTGACTTTCTTTCAGAAAAAAGAAAAGAAAAGAAGAGCCTATCAAAAATAAGCTTTTATTAGCATGGCAGTCTATGTTTCAGATCAAAGCATAAACAAACCAGCACATCAAATTTTCTTTCTTCTACTCAATTTAACCCCAAGCACCGTCTTAATTTCAGCCAAAACCTCATGTTTTGTTGCAACCTTGCCGTTCTCATACTCATGCACCACCTGCATTCTCCAGTTTGTCTGCTTTGGCAGCTTCCCTTGACTCATCTTTTTCACCAGTCTTCCTAGTGATATATTAGCATGCTGATAATGATATGTGAGGTTTCATTATAACCTAGTACAAGCACTTGCACATAATTACAAGCATTCATGAACAGTACGAATTTGCTTTAAACAGATTCCTAACAGGAAAACACACAAAATGTTTATGCACTAAAAATCCAACTGACAAAAATTTGTTATATGCATATGTACGCACGTGTGCAGAGAGAGAGACACAAACGCATGTATATGTATGTATGTATAGTATAGTATAGTATAATATAGTATTCCAACTACAGTACGAATCATCTCAACTTGAACCATGGATTGAAAGAAATCTAATTTCATACAATAAAATGGAAAATCTCTCTAATTTCTGATGTAAATGACCTGTAACTCTTCTCATTTCATGAATCAGTATAAAGACAAAAAACGACATGTTTCCATTATGTGGAGCAACTGAATTTATACTTAATTTTAAAGAACTATTAGTTCAAGATGTTAATCAGTTGTTATGTTTATGCCTCCAAATGCTGATCCTTCTAAGTTTTAGACATAATATAAAACTGAATTTATACATATAATAAAACGTTGATTAGTTTAAGTCTCAAATGCTATACCTAAATGAAGTTTTCAAAACGATACCAGAAGTTATATATTGTTAATCGAACTTGGAAGCAAATTAGACAGAACCAGGGGTGCTGAACTGCCTTCTGTATCTCTGCCCTCACCTCTCCCCGCACAGTTGAGTGCACCTTATTCTGTCCCCTCATCCAATTTTCCTGCGTAAACCACCGTTTCGGCCTTCATCCTGTTCTGATCCACATTTAACTTTTTTGTCATCTTGACTTGTACCGGAACAGATCGAGTTGTTAACCACTGTCAGGTCTTTCGTTCTTTGATTTTCAGCAGGAAATGATGGCTGGGTGTGTACAGTAGCTCCGATAGAAGTTTGATTCGTGAAATTTTGATTTGTGAATCTCAAATCTGTGGTAAATTTGATTATGATTTCCTTTGTGAGCTAGAGAGAATTTAGCAAATTAATTAGTTAATTCACCATGTATGGACTGAATAATTTATTGGTGTATTAACTCTTACTAACATCAGGATGTGGACGTGCTAACAAAACTAGTGGGCATAGATAAAAGCATTGTTGTCAAGGCGAAAAAGCCCCAGGCCCTCGCCTACCGCTTTTTTGTGCCTAGGACTTTTTTGGACCTCTTGATTATCATTTTTTCTGGTTTTCAGGCAAAAAAACTGCATTTAGAAAGTACACGCACTCAATTTTTGGCTTCAAAAAATTGCATGTAAATGCAATATTGAGAATAAAACATCATATGATTATCATAAATCAAACTAAGAAGACATAAAGCCATTCAATTCAAGTCTATAGCCAACAAAATACTTAAAATATAGAAATTACAACATCATTACTTATCTTCATATAATTAGTTTAAACTTTAAATTAAAAGTTAGTTTAAAGTATCACTAAAAAGTTTCATATAACTAAAACTTTAGTACTTCATATAATTTATATAAATAAATTTAAAACTTTATACATATAAAACTTCATAAATTAATACAAGTTTGGACCTATAATATAAATTATCATTTTCAAATTGTAAATCAATTCAATTCTTTATATAGTTTAGTTTAAAATTGTACTATAAATAAATTAATTTACATAAATGATATGCTAAAGAATTCGTGATTAAAAAAATAGATTTAAATACATAATATAAATCAACTAAAACATAAATAATTAAATACATATAAATCATAAATCAGATTTTTATCAACTAAAAGTAATATATAGCAGAGCTGGAGGCAGTAAATAGGCTGAATAGCTGCGAACATGTTGCTGGCGATGAACAGGTTGGCAGGTGACGGCGAATATGATGGCGGCGACGGAGAAATGCTGGCGGCGGCGGCGGCAAAAGTCGGGCGACAGCGATGATTTGAATCTAGGATTCTTTTTGTTCGAGAATGATATATTTTACGTTCGATACTGAAGCGAGATTGAAACAACACTTTTTTTTG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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020263974.1	1.7e-188	protein MALE DISCOVERER 2-like
Swissprot	C0LGQ4.1	2.3e-118	Protein MORPHOGENESIS OF ROOT HAIR 1
trEMBL	A0A5P1ETR6	1.2e-188	Protein kinase domain-containing protein

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT5G45840.1	44.93	1e-149	527		Leucine-rich repeat protein kinase family protein

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Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC6G04109	AT5G45840.1	681	337	15	5	663	4	668	44.93	1e-149	527
AfisC6G04109	AT4G18640.1	664	319	15	24	663	25	678	46.84	1e-148	523
AfisC6G04109	AT5G45840.2	711	344	16	5	663	4	706	43.18	4e-146	515

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF08263.9	LRRNT_2	Family	26	65	50.2	2.1e-13
PF13855.3	LRR_8	Repeat	92	152	29.9	3.1e-07
PF07714.14	Pkinase_Tyr	Domain	380	632	59.7	2.4e-16

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005515	F	protein binding
GO:0003677	F	DNA binding
GO:0003723	F	RNA binding
GO:0016020	C	membrane
GO:0006952	P	defense response
GO:0004674	F	protein serine/threonine kinase activity
GO:0016491	F	oxidoreductase activity
GO:0006468	P	protein phosphorylation
GO:0006970	P	response to osmotic stress
GO:0006996	P	organelle organization
GO:0007623	P	circadian rhythm
GO:0010038	P	response to metal ion
GO:0009507	C	chloroplast
GO:0009791	P	post-embryonic development
GO:0010192	P	mucilage biosynthetic process
GO:0010467	P	gene expression
GO:0012505	C	endomembrane system
GO:0016070	P	RNA metabolic process
GO:0044711	P	single-organism biosynthetic process
GO:0048608	P	reproductive structure development
GO:0048765	P	root hair cell differentiation
GO:0050794	P	regulation of cellular process
GO:0090406	C	pollen tube
GO:1901576	P	organic substance biosynthetic process

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network