result

Gene information

Detail information of AfisC6G06623

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC6G06623	chr6	1154049556	1154062641	-

Sequences

CDS

>AfisC6G06623
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Protein

>AfisC6G06623
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Gene

>AfisC6G06623
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Functional annotation

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Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT5G18700.1	55.68	0.0	1513	EMB3013;RUK	Protein kinase family protein with ARM repeat domain

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Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC6G06623	AT5G18700.1	1381	569	19	1	1353	1	1366	55.68	0.0	1513
AfisC6G06623	AT1G33940.2	299	157	4	795	1091	96	383	43.14	5e-58	223
AfisC6G06623	AT1G33940.2	217	109	6	1151	1355	282	497	43.78	6e-41	167

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g122659.t1
Allium fistulosum	AfisC6G06623
Allium sativum	Asa8G00592.1; Asa8G00603.1
Arabidopsis thaliana	AT5G18700.1
Oryza sativa	LOC_Os01g15480.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00069.22	Pkinase	Domain	4	256	223.7	2.3e-66

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005886	C	plasma membrane
GO:0000166	F	nucleotide binding
GO:0000407	C	pre-autophagosomal structure
GO:0000914	P	phragmoplast assembly
GO:0004674	F	protein serine/threonine kinase activity
GO:0043231	C	intracellular membrane-bounded organelle
GO:0005819	C	spindle
GO:0006914	P	autophagy
GO:0007409	P	axonogenesis
GO:0008017	F	microtubule binding
GO:0008589	P	regulation of smoothened signaling pathway
GO:0009506	C	plasmodesma
GO:0009524	C	phragmoplast
GO:0009556	P	microsporogenesis
GO:0009558	P	embryo sac cellularization
GO:0009574	C	preprophase band
GO:0009793	P	embryo development ending in seed dormancy
GO:0010245	P	radial microtubular system formation
GO:0010342	P	endosperm cellularization
GO:0010975	P	regulation of neuron projection development
GO:0043167	F	ion binding
GO:0044463	C	cell projection part
GO:0046328	P	regulation of JNK cascade
GO:0048522	P	positive regulation of cellular process
GO:0048523	P	negative regulation of cellular process
GO:0048588	P	developmental cell growth
GO:0060560	P	developmental growth involved in morphogenesis
GO:0090036	P	regulation of protein kinase C signaling
GO:1900744	P	regulation of p38MAPK cascade
GO:2001222	P	regulation of neuron migration

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K17545	ULK4; serine/threonine-protein kinase ULK4	EC:2.7.11.1	-	-
K11912	ppkA; serine/threonine-protein kinase PpkA	EC:2.7.11.1	Bacterial secretion system	ko03070
K11912	ppkA; serine/threonine-protein kinase PpkA	EC:2.7.11.1	Biofilm formation - Pseudomonas aeruginosa	ko02025

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network