result

Gene information

Detail information of AfisC7G00238

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC7G00238	chr7	41439507	41449444	+

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC7G00238
ATGTATTCCGATTTCGACGTTAATGCTACAATGTGCAGTTTTGAAGACTACGATTTACAAGACGTTACGGTTCCGATCGGCGGAGCGGTAACTAATGCAAGTTGGAGCGCTGAAGATTACGATCTTTGCTACATTTACTGTGCACTCTCAGTCGATCCTATTCGAGGTGCCGATCAGAGTGGTGAGACTTTTTGGGGCAAAATTACTAATTGCTACAATCGGAAGAACATCGATCAGAAAAGAACGTTATCTTCAATCAAAGGTCGTTATGGAAAAATCAATCGTCAAACACAAACATTCGATTCTCAAATTTTCAAGCTAAAGCAAACGAATCCTGGTGGATTTGGAAATAAAACGCGTTTGGTAAGATTTAATATAATTTCATTGTTCTAATTTTTATCATAGTTCTCTAATTATATTAGTGTTTTTTTTATTACAGAGAATGGTCGCAAACAAGTTGTTTAAACAAATCTATAAACCTGATAGTAAACAAGCACACTTTTATCAGTTCATGCATGTTTATGACATGTTGATTGAGCATGTTAAATGGAAACATCGCTTCAGAGAACCGTTCAAGAAGTCCAGTCAAACAGTGGTCGTGGTAAAACGCCTAGAGTTGGAGAAAGCTCTAGTCCTAGGGAATCGCTAGGAAGCTACGGTTTAGGATCAGAAGAAGACCTAACCCCTATCGAAGATCATTTTGTTCGGTCATAGGGAGCAAAAGTGGCAAAAAGTAAGCATGCCGCTGGAGCGGATCAGGCAGAAATTAAAAAACTCCTACTTGAATCTGAAGATAGATATAACCGTGCAATGGAGACTCGGGTAATTCAACACCAAGAAAAGTTGTCAAGAATGGATCAACTTCTTGCTGGAAACCGGCAAAGAGATGAAGATGCAATAATGTTCATGGATACGTCGCACATGTCTATAAAACAACTGGAGTATACGGAGCATAGAAGGAGAGAAATTATGAGGCGTAGACGTGAAGAGGGTCATTAACTGTTTCTGTTTTTCTAAAACCTTTGTATCTTTAAATTACATTAGTTGTATTGTATTATGAACGCAAGCAATTATTTATATAAGTACTTTCATTGAAATTGCATTACATTGAGAAAAGATTATAACAACATTATGTTAATTAAACATAAACATATTACAATAACAATAATAAGTAACAACAACATAAACAACAGTAGCAAAAGTAACAACAGAAATATAGTTTCACTGATTTCCAGAAAAGTTCCAAAGATGATCTATGAGATCATTTTGCAGTCTTCGATGCACTTGAACACTACGGTAGGACATTTGGCTTTCTACATGAAACTCGAGTTCTAGTGCGCTTCCAATCATATCGTTGCGCCAAACAAACGGTGGTGTTGGAGTACCCTCGTAAAAGTAATCTTCTTCCATGTCTCTTTCATCCTCTATAATCATATTATGTAAAATAACACAAATGTACATTATTTTGGTCATTTTAACTGGTGGCCAAAGTCTGCATGGATTACTGACTATGGAAAATCTAGATTGAAGAACCCCAAATGCTCTTTCAACGTCCTTCCTCTGGCCTTCTTGCATCGCTACAAACTTTGATTGTTTATTGTTTTATGGGTTAGGAATTGTCTTGACAATAGTACTCCATTTAGGATATATACCATCGCCAAGGTAATATCCATGATCGTACATGTTACCTCCTAAAGTAAAGGTACAAGGAGTTGATTTACCGTTTGCTAAATTATTGAACAACGTAGATCATTTGACTACGTTAAGATCATTGTTCGAACCCGGCATTCCGAAAAATGCATGTCATATCCATAAGTCATACGACGCTACGGCTTCAAGAATAATAGTGGACCTACGAGACTTACCCTGATAAGCTCAGGCATACGTCTTTGGACAATTCTTCCACTCCCAATGCATGCAGTCTATACTGCCTAACATTCCAGGCCAACCTCTACTACCATGCATATTCAATAACATTGCTATATCCGCCTCGTTTGGTCTGCGTAAGTATTGATCATCGTAAATGTCCACGATAACTTGACAGAAATGCTCCAAACACTCTAATACCGTGCTTTCCGCCACTTTCAAATTTTCATCAAGCGCGTCTGCCGGTCCTGCATATGCAAGCATTCTTAGTGCAGTTGTCATTTTTTGAATTCCAGTCAATCCCATTGTACGATATGCATTGGGTTTGAAGACAAAATATTTGTCATGATGCTTGATACATTATAGGATTCTAAGAAACAGAGGTCGCCGCATGCAGAATCTTCTCTTAAAATCAGCATCTGTGTAAGTAGGATTTGAAACAAAATAGTCTTCCATCAGTCTGTCATTGTGCCATGAATGTCTATGATTTTTATACCGACGACCAACAATTGATCCACCATGTTGCCCGCTGGATTGACCAACTTGTATTACAGCCATACTTATTAGCTTCTTTTCGCGACGAAAATGATCTTCCATCATTTCATCGAATTCGTCGTCGCTGTCATCGGAAAATATATAATCTTTGGCAGCCATTTTTTATCTTGGAAATTGTATGAAATATGAATGAGCAATAAAACTTCTAGCATTTAACAAGCTTTTTATAACTTAAATCACATGTTGGCCTTCATAACAAAACAAACAATCATGACTAGTTGGCAGGTAGCATTAATTCAATTCAACCACCATCTATAAAGTAGATTCCATTTATGTCACGTCTGCAGTGTCCCATCCCATCTACACATTGTTGACTGTTGGTGCAGTGTCTCGTCCCATCTAAACACTGTAGCCACATCCTCACAAGCCAACAAGGAGATTTGACTGGTGCAGTGTCTAGTCCCATCTACATAATGTTGATTGTTAGTGCAGTGTCACGTCCCCTCTATACACTATTGACTGTTGGTGTAGTGTCACGTCCCCTCATACAACTGTAGCCATGTTCTTAATGACTTTATGACACTACCAAACAATAATACACTTAAAACTTTCTACGGCAATAATACAGAAAGAAATAAGACAATATTACTGAAACACACAAACATTAATACAGTCAATGATAATACATAAACAAACGATAATACAGTCAACAATAATACACTCCACAATAATACAACCAACAAAAATACCCTCACTAGGACTTAGAACTGACACGAAGAAACTATTGGTTACGGTCAAATTGCAAGTTTTGCAGGACATTTCAGAGACGTCTTATTTCTTGTTCCAGCTCGTTGGCATATGTTATGGCCCTTAGGCACAGTCGTTCATCAACCCATTCTGCGTAATTGCACCCTTCAGGCCAGAAGGGACACAGCCGGATTCGACGACCAATATCTTCGCCATCAGCTCTAACCACAATTTCAACCTTATAACCACAGCGGTAGCATACTGCGTAAGATTCAACCTCTTGTTCAACCGAAGGTTGCAAATTTGGCACTTGATCAACCTCATATTCTTGTGGTTGTTGATGAACCAACTATTCGTGTAGAGGTTGGACAACCGCACGTTCATACAACGGTTGAACATCTTCCTGAAGTGTGAGTTGGTCAAGATTTGAGAATTCACGAGCAACGTCCTCGTAATGCTGGTCTTGATCATTGATATTCCAATCTTCATCGGTGTGTTCGCTTTCCATTGGAACGTAGCCGAAATCAGAGTCAATAGATGATGACCAGGAAGGCATTGGTATGAGGAATAGAAGAATAAAGAAGCGGAGGACTGAATTGTATTTTTGAGAAGAAAAGTTCTTATGTATATATAGAAGCGTGTGAATGCTTTCAATTTTTTATGCTTAAATGTGAGCATTGTATTTTGATTTAACAGTACACTAGAAAGTGAGTACTGTTTTTGATATGTCTGTGAATAGGCCTGTCAATGAATACCCGAAATATCCGAAATCCGTCTGCATCCGTATCCGAAAACATGAAAAATATCTGATATCCGAAAAGCGGATGCAGATATCCGATATCCGAAATATATTTCAGATACGGATACGGATATGGCTGTATCCGTATCCGATAAATATCCGTCCGGTTTGAAATTAAATTGTGTGATGCATGTTTGATTTTATGATTTGTTGTGATTGAATTAGCCTATGGGTTTTGCGTATGGATTATATATATATATATGCAATATTATTGTACGGATTTTGTGTGATTGGATTACCTATTGTTAATTTGATGTAATTTATGTATTACTAGGTTTTTTCATCTTTTTTTCAGTCAAAAAAATGAAATATGCATTATATTGATTAATTTTCGGATATTTTCGGATACATTTTGAGGTTCGGATACAGATATTTTTGGATATCCAAAAATATCCGTATTCGCTAAGCCGGAAACGGATATTTTCGGATATCCGAAAATATTAGCGGATACGGATACAGATAATATTCAACGGGTATTCGCGGATATCGGATACGGATTCAGATACGGATTTTCATTTTCGGATACGGATACAGCACTATCCGTATCTGATTGCATCCGTTTACAGGCCTATCTGTGAAACCTAAGCATTGATTTTGATTTGACATTACAATTAAATTGTTTTTATTAGACACGAACAAACAAGACAATAATAAATATGCATACACATAAACAATAATACACTCAACAATAATACACTCACCACAAGCCTCATTACATAACTCAAATAAAGGTTATAACTAAACGTGACGTTACGAAACTCAAATCATGGATATCCAAATCGTTCTAGCCAATTTTGACGTATGATATAAGTCTCATGTCTAGTGAATGTGGTGTGATATTTGAGAAAGTAACGACCTTCAAATGTGGAACGGGTTGGTTCGAACAAATTTTCAAATATAACCTCATTGATAACCGTACTGTACCGCGTACAGGCGTTGCAGAAGATTCCATTAGCAATCCTCAACTCTACCTTCGAACGTCTACTGTTACACTCAACATTGCTATTGTAAAGTTGAGCAATAGTGTCCCAAAACTGAGTTATCATTATCTCCTCATCGTCGCACATCTGATCAGTTTGTATAAAAGAATTTA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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	ONK70184.1	4.6e-56	uncharacterized protein A4U43_C05F31130
Swissprot	Q9ZQW8.1	3.4e-48	Zinc finger CCCH domain-containing protein 60
trEMBL	A0A5P1EWG2	3.3e-56	C3H1-type domain-containing protein

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT5G42820.1	62.74	3e-55	213	ATU2AF35B;U2AF35B	Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC7G00238	AT5G42820.1	212	57	4	328	520	65	273	62.74	3e-55	213
AfisC7G00238	AT5G42820.2	212	57	4	328	520	65	273	62.74	3e-55	213
AfisC7G00238	AT1G27650.1	218	63	5	328	520	65	282	59.63	1e-52	204

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00642.21	zf-CCCH	Family	196	216	23.9	2.5e-05

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000166	F	nucleotide binding
GO:0005515	F	protein binding
GO:0000398	P	mRNA splicing, via spliceosome
GO:0003677	F	DNA binding
GO:0006369	P	termination of RNA polymerase II transcription
GO:0046872	F	metal ion binding
GO:0006406	P	mRNA export from nucleus
GO:0015030	C	Cajal body
GO:0016607	C	nuclear speck
GO:0030628	F	pre-mRNA 3'-splice site binding
GO:0031124	P	mRNA 3'-end processing
GO:0044822	F	poly(A) RNA binding
GO:0048573	P	photoperiodism, flowering
GO:0071013	C	catalytic step 2 spliceosome
GO:0089701	C	U2AF
GO:1903146	P	regulation of mitophagy
GO:1903955	P	positive regulation of protein targeting to mitochondrion

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K12836	U2AF1; splicing factor U2AF 35 kDa subunit	EC:-	Spliceosome	ko03040

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network