result

Gene information

Detail information of AfisC7G00833

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC7G00833	chr7	172461771	172465800	-

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC7G00833
GTTTTTCAGAACATCGCCGTTATTATAAACTGGGAACGAAATATTTATACATGGATTATTAAAGCTTATCGTGGTTGATTTGTTGACGATCCTGGTGAAGTAAGGAATTTCTTTTGTTACTTCTATTTTTCTGCTTAAATACTTGTAATAAACTGGTTACTGTCAATTTTTTCTCGTAATTAAGGATTATATTTATTTTTCTTCTAGAGATTGAACGCAAAGGTTGTAAGATTGGGTTGTATAATGCTTAATTTATGTTGGTTTGCGAAAGTAGTTGTTCGTTTCTTATTGTTCCTCTATATAAATCATTTTTGTTCTGGAATCTTGTAATTTTAGATTGTTTTAGCGGTTACATGTCCATAGACCGATTATGTCTTAGTGAACAAACAGAACATAAATTTTAATTTGTGAACAAAATATGGTACCTGAATGTACTTATTGAGTGCTAATTTTGTACTCTAAAAAATACTACTTGTTCAGCTGGCTCCGTTTGCACAAAATAAATTAGTGGAAAACACAAAGAAACTTAGGCAACTAGCTGGTGTTGATTAACAGAATCTGATAATGAATCATAGTGATAGATATAGTTGCTAGTACAAGAGGTAGGGAAGAAAAAAAAGGAAGAAAAGGGATACATTGTGGCCTAAAATGGAAGGAGTATCTGTATTTAACATCTTGTTTAATTTATCTTGAGTAATTTATCAAAATTTTGATTAAAAGCCGCGGCCAACAATTTGCTGTTTCTCAAAATAAAGAACCTCTAAATTAGAATTCAACAAGTTATTCTCAAACACTTATTTAAGGAAAGTTGCTTGAAAGTTAAAAGTCAAAAGTAGGGTAAATTAGCTGTATCAAAATATGCTTTGGATACAACCTTGGTTGAAAATAAGCTTTTAAACCTCGACAAGCAACTCTAACTTGCGCAATTTATGACAGTTCATCAGAAACATTAAGTTTTATAAGTAATTGGATGCTTATTTTAGTTGAAGGACATATCTACTTTTGTTTATAAGGTTTTTATGTCTACATCTTTATTTAGAGCGATCATAAATAGACTACCAACTAAAGACCGACTAGCACGGAGACTTATTATCACTTATGGGATATGTGAATTATGTGAAAGAAATGATGAAAATACTGGCCATCTGTTTTTCAAATGCCCTTTTTTGCCTACGTTTGGCAAAGGTGTAGATCAAAATGTTCCAGTTGATTATGATGCTACTTTGCAAACAGAAACTGTATACATACTTGAGCATGTCAAGGACAAAAATGTGATCAGAGACTTGGCAAAATTAACTCTTTCTATAGTTATATGGTGTTTATAGCAAAATTAATAACACCAGAAACAACTAATTCGACATTTGTACAAAAATAGAAAATTTAATGAGACTCGTCATGTTTAAATCGAAGAGGTCCAAAGATTAAACCCCCAAAACTATCACCATACTTGACAATTGAAACATAAAAGAACTATTTACCTCCCCAAATCATGAACTCATCACCCTGAACCTCCTCTTGTCATCTTTGACATTGATCACCTAGCTAGATCGAGGTGTGCAGTTGGGGACAAGTTTCCTCCAAAGGTCTACTGTGCTGGTGAATTATCAAAGACGATTGTGCCCCCAATTACTTAGTGGAATAAGGAAACCCCGGTATCCTAAATGGAAAATGGTTAATGAAGTAATTGTTGTTTCTTTTCTGTAGATATTGGATTAAGTACGATATATGGGCTGCACTATTTTGACCAAATAGTGTATTTTATTCTTTTGTAGTGTGTTCAGTTCTATAAATAAACTTTTATTACCTTCTAAAAAAAATTGAGAAAGCAATTTAAACCACCGATGTGGGACTAATCTCAACAAAACCAATTGGTAATGCGAAGGGTGGTCTCTTAGTATTTATATATGATATATTTTATTAATTGCCTAATGTGGGACTAATCTCAACAACATCGTGATTTTTGGTAACGAGGGACCTAACTATGCAACTGTCTCTCATTTTTGTGTCAAAAATACAATTTTGTCCATGGCCAAAAGCAACTTGTGCATCATGTAGTACCATATCCCAAATAGAGATAATCAATCCATATGCACATATTAATTAACATGTTGCTTCCTTAATTTCACAGTTCTATAGTAAGATTCATCATGCCACCTCGCCTGTAATTAAACTCAGTTGCAACTTGACATTTAGAAATGCTTGTTGTCCACGCTTCAAAATTGATACTGCTATAACTAGGTAGTCTTCAATATAAAGTTGATATATGTTTTATAGTCCAAATGCCGCTAACCCACATTTTTTGATATAGAACTGTCTTGTTGTATGTGTAGTATATGTTAATATTTTATAGTTTGAAATGTTATTTCTCTTCCCCTTTCATAGAATTATCTGTTTGCGAGGATTATAATTTTGTGCTCATTAATTCTTAGCAATTAAATTATATGATAGCTGCATATGTTAATTTTATTGTCATGCGTCTAATTATAATAGTATGTTTTTTCTTCTTTCCGGTTAAAGTTTATAAATTACTGCACAGTAATATAATAACATATCCGCCCCTTACTTTGCGTAGGCTCTTTTGACCTGATGTTAATATTTTCAAATGAGTGGATGCATATAATTTAACTGTACGAAACTGTTATGTTATACACATGTTTTAATATTACCGAAAATTTAGATCATTCTTGTCTACATAAGCACTTGCTTATATTTGTTTACAACCATTTCACAACTAAATTTCAGTTTTCACCTTTCATTTACACTTCAAAAATTTCAGGTACAATGGAAAAAACTCAAGTTACTGGATTCCTCAAAGACCATGGTTTTACCGATCAAACAATCGCTGACATGTTCAAGAAATGCCACTGTCTTGAGACCACCAACTCAGAAGTAGTCACAGAGAATTGGAATTATTTAAATAGTATTGGTATAAAAGAGCGCAAGCTTACTTATATCATCTCCAAATTTCCTAAACTAATAACCCTAGGATTAGACGATAAACTTGTCCCAAATGTTCAATGCCTAACCACCTTAGAATCAAAACCTGGAGATGCAGCTAACGCTATCACCAAGTTTCCTAATATACTTTCTATTAGCCTTGAACAAAAGCTCTGGCCGCTTTTGGGTTTTTTCCAGTCATTAGGAATTCCAGAACAACGAGTAGGCAAATTACTGTTACTAAATCCAAGGCTTATCAGTTATAGCATTGGTACCAAATTTTCAGAGATTGTAGAATTTCTTGAAAATATAGGGATTACTGCAGAAGGAATGATTGGAAAAATTCTTGTGAAAAATCCGTTCATCATGGGCTATAGTGTTGATAGAAGATTCAAACCAACTATTGAGTTTTTGAAGTCTATTGGGTTGAATGAAGCTGATTTGAGGAAACTGGCAGTTAATTTTCCGGAAGTTTTATGTAGGGATGTTGATAAAACTTTGAAGCGTAACTTTGAGTACTTGCAACAATGTGGGTTTAACAATGGAGAGATTATTGTTATTGTGAGTAAATATCCGCCTGTTTTGATCAAAAGCATGAAGAACTGCTTGGAGCCAAGAGTTAATTTTTTGGTTGAAATAATGGGAAGAAAAATTGAAGAAATTGTTGAATATCCTGAATATTTTAGGCATGGATTGAAGAAGAGTTTGGAATTTCGATTTAAGAGGCTGAAAGAGAAGAATGTTCAGTGTAGCTTGGTTGACATGCTTGCCTGTAATCAAAGGAAATTTCTCCTTAAATTTGGAGTTTAGTGATGGCTATGTGTTATTTATCTCCTGGATACAAGTTTTACATTTTCAACTGTTCTTTGCCTCTTCTAATTTGAAGGAACTTATGGTCTTCGTGTGTGGGAAGTTACAGGTTTTTTACCTTAAAATTTTTGCTTTCTTACGCTGGTGTGTGCAATTTTTCTGCTTGTTATGGTTAATGCATGGAGCACACTGTGTAGTGTGTCATTTATTTGTAATGACGATGGTTTACTAAACATTTGAACTAAATTTGATTGTTCATCAACCGTTAGTGGAGAGGTTTTTT

Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020263603.1	5.9e-22	transcription termination factor MTERF6, chloroplastic/mitochondrial-like
Swissprot	Q9SZL6.1	6.2e-16	Protein PIGMENT DEFECTIVE 191
trEMBL	A0A5P1FWV4	1.2e-21	Transcription termination factor MTERF6, chloroplastic/mitochondrial

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT4G38160.1	55.17	4e-107	384	pde191	Mitochondrial transcription termination factor family protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC7G00833	AT4G38160.2	319	141	2	4	320	7	325	55.17	4e-107	384
AfisC7G00833	AT4G38160.1	319	141	2	4	320	7	325	55.17	4e-107	384
AfisC7G00833	AT4G38160.3	319	141	2	4	320	7	325	55.17	1e-106	383

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF02536.11	mTERF	Family	9	316	209.6	4.8e-62

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0003690	F	double-stranded DNA binding
GO:0003727	F	single-stranded RNA binding
GO:0005739	C	mitochondrion
GO:0006351	P	transcription, DNA-templated
GO:0008033	P	tRNA processing
GO:0008380	P	RNA splicing
GO:0009507	C	chloroplast
GO:0009658	P	chloroplast organization
GO:0019843	F	rRNA binding
GO:0032502	P	developmental process
GO:0042255	P	ribosome assembly
GO:0042651	C	thylakoid membrane

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K15032	MTERFD; mTERF domain-containing protein, mitochondrial	EC:-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network