result

Gene information

Detail information of AfisC7G02194

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC7G02194	chr7	435242906	435255778	-

Sequences

CDS

>AfisC7G02194
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Protein

Gene

>AfisC7G02194
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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020258162.1	4.4e-254	lysine-specific histone demethylase 1 homolog 1-like
Swissprot	Q6Z690.1	2.8e-221	Protein LSD1-LIKE 1
trEMBL	A0A8K0ISS1	1.8e-233	Lysine-specific histone demethylase 1

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT1G62830.1	64.96	0.0	769	ATLSD1;ATSWP1;LDL1;LSD1;SWP1	LSD1-like 1

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC7G02194	AT1G62830.1	568	190	5	171	733	149	712	64.96	0.0	769
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AfisC7G02194	AT3G13682.1	596	254	6	140	725	9	594	54.03	3e-178	622

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g449603.t1
Allium fistulosum	AfisC7G02194
Allium sativum	Asa3G03112.1
Arabidopsis thaliana	AT1G62830.1
Oryza sativa	LOC_Os02g51880.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF04433.14	SWIRM	Domain	191	268	48.2	9.5e-13
PF01593.21	Amino_oxidase	Domain	293	725	304.4	1.6e-90

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0003677	F	DNA binding
GO:0005739	C	mitochondrion
GO:0046872	F	metal ion binding
GO:0055114	P	oxidation-reduction process
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GO:0040029	P	regulation of gene expression, epigenetic
GO:0044092	P	negative regulation of molecular function
GO:0048364	P	root development
GO:0048513	P	animal organ development
GO:0051052	P	regulation of DNA metabolic process
GO:0051173	P	positive regulation of nitrogen compound metabolic process
GO:0051568	P	histone H3-K4 methylation
GO:0065008	P	regulation of biological quality
GO:0070076	P	histone lysine demethylation
GO:0097164	P	ammonium ion metabolic process
GO:2001020	P	regulation of response to DNA damage stimulus

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K11450	KDM1A, AOF2, LSD1; [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase	EC:1.14.99.66	Thermogenesis	ko04714

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network