result

Gene information

Detail information of AfisC7G05882

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC7G05882	chr7	1057408102	1057412905	-

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC7G05882
TTTAAATCGCCTCTTTTGGAACAGTGAGAGGTTATTAGGGCTGAAAACAAACTTTTGCTTGATTGAAATTGCAGTCCTACCAGTTTACTTGAAATTCGGCTGATAGAAAGACACAGAAGCTACTAGAGATTTATCAGAGGTAAGCATATCTCCTTCTAGAATTTTAAATCCTTCTATGTCTTCAATCATTGAATATTATTTGAATTTATAATTATCTTAAATCATTGGATTTCATAAGTACCCTTATATAGCTTTGATGTTTTGATTTTGGGATCGAATCTTTCATGTAGCGAGTTTTTAATTTTTATACTTTGTATTTTTTTTTCTTCTTTTCTAAATATTTATTGGTTGATATATAGGTTCATCTCCTAAATTTTTAAGTTTCATTAGGCTGAGCTTTTGTTATTTATCAGTTTCTATAATTTTATGTAGTTTCTATACATACATACATACATATATATATGCTTTTGATTTTATGTGCATCTTGCTTCAATTATGTTTTGAGTATTGGTTATTGTTGTTGATATAGCTTGATTAAACAACTGAAACTTGATCACATAGAATTGGTATCAACCACCAAATTATAAATTCTAAGTTGAATACAGCTAGTTAGCTAGGGTTTGATACTTTGATTAGATATTTAGTAATTTCTTCAATCTAAGCATGTACAACTATTATTCTAATAGTTTCGAAGATTTGATTCTCTTTCTACCAAATCTGTTGGAACTGATCCTACTTTTTTTAGCAGGCAACACAAACGTGCAATTAAAAAAATTAATCCTCAATCATAAACTTAATATCATATGGATCATTCAGATTTCATGAGTCGGTGGAATTTCAGCACTCTTGATCAACAGCAAATCTTATCTGAAAATGATTTCCAGCAACTGCTTTTTCCATATACACAAAATCAGGATCATTTTAATTCACCGTTGTTGGAAGAACCCCAATTTTCTGAGAAGCCAAGAAGATTTCCTAAGACTATTAGTTGGAGCTCTGAAGAAATTATTATCCCAAAAGGCGAAATCTGTTCTAATGAAGAAAGAATTAACTGGGGATGTCTGTTAACTAATCATGGTCAAGTTTTACAGAAGAAAACTCCTCAAGAACATATAATTGCAGAGAGGAAAAGAAGAGAGAAGCTTAGTCAGAAATTCATTGCACTCGCAGCAATCATCCCTGGTTTAAAGAAGGTACGTTTATTCTTCTGATATTTTGTTCTTATTTAAAAGAATTGGTTTGTACGTGTGATCAAGAAATAAGTCAGTAACTAAAGGTAATTTGGTTGGTCGCATAACACAAGATAAAAAATGAATCAAGATAATATCTAAACTTGTACTCACAGAAACAAAGGTTTATTGTATGTTTAAAATGGAGGAACACAAAAAGTTAATGATCTTCATCAATATATTAAATAAGGTCAGTCCACAACTTAACATAAACCCTACTAAGCCCCTTGAAACTGGAATGCTTAAAGATAATGCTTTGTTGGTTGTAGAAATATTGTTTTAGTTACATTAAGCTTTGAAATCTTTTCTCAGATGTATTATTAGTATACCTTTAGAAACAAATTAAATACCATTGTTTCAAATTAAATGGAAAATGAAGAATTTGAAACTATAGAACACAATATTCTTTACTCCCTTCATCAATATTTTAAGGTCAGTTAGCAACTTGCCATGAACCTAACTGGGTGCCTTAAACTTTAATATCATTGTTTAAAAATTGGCAGGTATGTAGGAGCTTTCTTTGTGTGTAAGATTAATAGATATTTTAAGTTTTAATGTCGAACTATGCTATTGTTATGTATGAGATAGAGATATTTTCTCTTGAGTAAATTAATTTTTTTTATATGGATCTATTTTCCTTTTTACATTTGCATACCAAGAATGTGATTACTAGCTATAATACCATTTATAGGCATCCCTATGTGCTTAATTTTTTGTTTTGGTTTCTATATCACATAATATACGGACATTCAAATGTATAAACATGTAACACATCTACTGAAACAATTCAGAGAACTTAATTTGAACTGAATAACCAGCAAGATTATTTGTTATGTCATGTAGCTACAGTCAACATGGATCGTAGGACTTTTTAGCTTGTAAATAGAAGTACTACTTGATATTGATAATATTTGATTTTCACCTTTTTAGTTGACAATGATGTGTGAAAACATTTTTTTACTGTACAAATATAAGGCTGCCGGTCTTCACATATAATATTTCACACTTGTAGCGTTTGATTATTGAACTTACCCACATGCACTTGATACAGTATGCATGCATTATGGATGAACCTTTATGTTGGCTTTGAGCCTTTGAATAGCATAATTAGTAGGGAGTTTTCTTTGCCATATGATATGTTCAAAAACTTTGCTCAACTGAAGTATTTTGAAACTCATCTCCTCTCATGTTTCATGAATATGAATTAAAGGAACTTTCCAAACCAAAACGAATTTGAACTAGCAACCCTGCTGACTGAGCTTTCGCGACGTGCATGCACACACTCACAAGCCCTCAACTTATAAACGAATGTTTTGATTCCAAAACTCATATGTATCATTTCATATACACAGTTTGCTTATGTGTGAAACAATAAAAATCCCTATAAATTAATTGCCTTGAACGTTGAATAATTTTGAGTGCGTTCCTTTACAGTTGGACATTTATGCATATTGATGATATATAGTTTTTATAGTGTAATATGCACTAAGAACATAAATAAGCACAACAAAATTAAATGCTTAACACTTCATAGTTAAAATCAGTCATCTCCACTTATTGCAATAAGAGTTTAATGAGATTAATTAAGCATTAGTCTCTGTTACTAATAACTAGAACATGCAATTTCAACTGTCTGACCCATGAAATGACATCATTAACCCTACACATTTCTACTATTAACAAAAGAATTGGTGTTTGTTGTTTCAACCCTTGCTAAAGTAACAGATAACCAGAGGAATTAGGGAAAAAGCTACAAACTTTAAAAAAAGATTAGACCGAAAGACATCAAATTTTATTCTTAGGCTGAATGATAAATGTTAGTTATAAGTTAGACTGAAGGACAAACTTTGAAAAAAAATTAAGCTGAAGGACGAATGCTACTTTTATTTTTAGCCATTATATTTGGTTTTACACTATGAAAAACCAGCATCGTCTTTTAGTCTAGAAAATGAAGTTACTGTTCTTCATTCTAATATTTTTTTCAAAATTTGTCCTTGAGCCTATTTTTCTGTATTTAAAATAAGATCACCGAATGAAATTGCCAGTAGTCTTTTCGCAAATGATTATTTCAACAATGAAAAAAAAAAATTATCAAAAGAATACTAAAATAATTCAAAAAGAAAAATATTCAAATTTCAAATAATTTAGAACCTTTTATTTTGTTTTTCTTATATCAAGCATCAGTTCATCAAGATTAAAATCAACTGTTTAAAAAAAAACCGAGTGATCCTTTATTCGAGGAGGAAGGCACTCATGATTAAAAACGATTATTTGATTTTGATAAAATCAATCAGAAGAATAAAAAAAATAAACATTCAGAGAAATCATGTAATTATTATTTAGAACATTTTGATTACACTTTTTCGTTGAAAATTATGTGTAATCATGTACTTAATTTTGATAACCTTCTAGTATCTTCATTTGGTTTTCTTCGTTGTATTATATATAGAATACTAAGAAAATTTTCCAGAAATTATATGTTAGTACAAGATAAGTATGTTTTGGTTTGAATTCGTGTAATACCAATGCTTGAAACCATGGAACACTATAACGTTTACTTGCTGCATCAATATTTTAGGCTCAGTTGGCAACTTGGCATAAACCTGGTGCCAGAAGTTTGAATGTTTTGGACCTTTGGTTTGAAAATGGGTAGGTATGAAGGGACTTTCTTGGTGTGTAAAATGGAATAAATATATTTAAGTTCTGTTAGGCTGTCTTTTTATGTATATTAGGGTATATTCATGAGAGAAATCTACATGCATGCTTGATTTTAATATATATATTTTTTAATAAAAAAAAGGATAACAAAGTAGGTGTGTTCTTGTCTAATTCACTGTTTAAACATTCTCCATCATGAAGTATGAAGACTGTCATAGTATCTAACATTTTATACATGTATGGAAATTTTTTGGATTAGTTAATAGGAACCAGCAAGATATTTTGTTATTTCTTGCCTTCACATTTTTTACTTTTTAGCCTGTTAATAACTTAATATACCGATAGTAGAGGTTTAGTTGCTTGTTTATATACTGTTACAACCCCCCCCCCCCCCCAAAGAACTCTTTATACTGTTCCATCCCACTTGAATATGTTTTCAGGTTGACAAAGCTTCTATCCTAAGTGACACAATCAACTATGTAAAACAACTGGAACACACTCTAAAATCTCTAGAAAGTCAGAATGCAAGAAACACAGTAGAATCAGTAGTCCTCTTTAACAACTCTAAGCAATGCATCCGAAACACAAATGATATTTCCCAAGCAGACAAATTCACTGGAAATAAGTCAAAACTTTCAAAGTCTATTGAGAACTCCAATAGTGGAAGTTCAGTAGAAAATTCAAGGTATCCTGAAATCCAAGTAAGGCTAAGCGCAGGAACAGTTCTTGTGAAAATCCATTGTGAAAACACTAAAGGAGTTCTAGTGAAAGTTTTATCAGAGATGGAGAAGCTCAATCTTGTAGTCATGAATGCTAGCGCCTTGCCTTTCATCGAATCTTTTCTTGACATAACCGTGACTGCCCAGGTATTAATTTATGATGTTAAATCAAATTACCAGATAAAACTGCATATGTGA

Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020276312.1	5.9e-45	transcription factor bHLH18-like
Swissprot	Q9T072.2	5.9e-26	bHLH transcription factor bHLH025
trEMBL	A0A7M3UQK8	2.0e-42	BHLH transcription factor

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT4G37850.1	43.02	3e-31	132		basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC7G05882	AT4G37850.1	172	80	3	101	272	151	304	43.02	3e-31	132
AfisC7G05882	AT2G22750.1	179	88	2	101	279	125	288	42.46	3e-29	125
AfisC7G05882	AT2G22750.2	172	83	2	101	272	125	281	43.02	8e-29	124

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00010.23	HLH	Domain	102	148	40.1	2.4e-10

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0003677	F	DNA binding
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0005634	C	nucleus
GO:0007029	P	endoplasmic reticulum organization
GO:0046983	F	protein dimerization activity
GO:0009813	P	flavonoid biosynthetic process
GO:0009867	P	jasmonic acid mediated signaling pathway
GO:0009957	P	epidermal cell fate specification
GO:0010026	P	trichome differentiation
GO:0010444	P	guard mother cell differentiation
GO:0050826	P	response to freezing
GO:0045893	P	positive regulation of transcription, DNA-templated

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network