result

Gene information

Detail information of AfisC8G00603

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC8G00603	chr8	115371807	115377417	-

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC8G00603
AAAAGGTATTATAGTAGACCACCTAAGCTTACCTTTACAACTCCTCCCAGAAAAATCTTTTAGAAAAATATCACACTAAATCATTCTGCTAAATTCGTGGTTTTCATTCATCGTATATTTACCTTGATTAGCTCCATATATTTGATATGGTATATGCAGTCGTTCTAGAATTAGCCACGTCTTAATTGATTTTCGTTTTTAGTCAACCCTTCATCGTCATTCTACAAGCTAGGGTTTGATATCGGGATCCAATTAATTATGGGAAGGGGAAAGATTGTGATCAAGAGAATAGACAACAGTACAAGCAGACAAGTGACATTCTCGAAGAGGAGGAATGGATTGCTGAAAAAGGCAAAAGAACTCGCCATTCTTTGTGATGCCGAGGTTGGATTGATCGTTTTCTCCAGCACTAGTCGCCTTCACGAGTATTCAAGTACTAGGTACGCGTCAAGTTTTATGCTTTTTTAACAAAGTTTAATCTATTTCTTTGATTCGATATTATTGGTTACAGTTGAAGTTGTATTTATCTCTTGAATTATCATTCATCTTTTTTCGTTTTCTTCTTCTTCTACTTGGATGGATTGTTCTCGGCTTGCTGTCAGTTTGATTGAAGTATTATATTATCAATTTTTGAGATGGAGGCTATTTGTTTGTGAGATCTTTTGATCACTAACCTTCTAGGGTTGTTCTTTTTTAGTTTAATTTAGTGTAATTTTGTTTCTTATCAGAAAAAAAAACAGAAGTGAATCTATCATGAATTTAACTTCTATATGTGTTGGTAATATAAGCAAAATTTTTGTTTTATATAAGACATCAACTATGTATTCATTACCATGAACATAAGCATAGCACTCAAAGTTTGAACTACGAGTTTGTTAGCTTATACATTGGTAATAAATCACCCCAAAAAAATTTAAACGTACAAATATTCTACTGTGCACAAGGATTCGCTTATGTTCATCCAAGGGCAATCCCTGACAAAGATCAACCCCGACTGAGCTAAGTACGGGTTTCAAAAAGAATGTCTGAAATAAAATTTGTGTTATTTTAATTTATGGCTGTAGAAAATATTAATTTTTGTTATCTTATTCAACTCATCTTCATCAAGATGGTAAACAGCTTGATTACCTATGCTTAGGTCTGTCAAACGGATTGGATTGGGTCAAAATGGGTTGAGTCGAGTTTGATCCAACCCATTTATAACCCATTCTGTTCTACTCATTTATGATCCAATCCACTTAATAAGCGGTTTACTCATTTAACTCATTTAAAGATTTAAATTTAATTTGACTAATAAAAAACAAATAAATATAAAATAATTTTAATTTTAATTTTTATGTTTTGAGTTCCGATAAAATTTAAAATTCTAATTTTCATCAAAATTCAAATACAGAAATGCGATAGCTTATTATTTTCTAAGTACAACTGTCAGTCCCCTTGGAGAACTACAGTGTGCGTTCACACGATAAAGTATATGAGTGTTCCATACAGTCCGTAATTTAGGTAGGAGTTAATCAGTCAAAGTCCCGCCTGATTCTGAGTTAGAACGAAGAAGTTATTGCAGTCTGAACAAAAAAAATAGCGGCTTCTGCACTAGGCGGAGTTCAAATATGTGGATGTGGTAGCCTGTTATTTTCCAAGTACAACTGTTAGTCCCCTTGAAGAACTAAATTGTGCATTCACACGATGAAGTATCCGAGTGTTCCATACTGTTCGTAATTTAGGTGGGAGTTCAACGGTCGAAGTCTCGCCTGATTCCGGGTTAGAACGAAGGAGTTATTGCAGTCCGAACAAAAAAATAGCGGTTTCTGCACTAGGCGGAGTTCAAATATGAAGATGCGGTAGCCTGTTATTTTCTAAGTACAACTAACAGTCCCCTTGGAGAACTACAGTGTGCGTTCACACGATGAAGTATCCGAGTGTTCCATACTGTCCGTAATTCAGGTGTGAGTTAATCGGTCGAAATGCCTGCCTGATTCCGAGTTAGAACGAAGGAGTTATTGCAGTCCGAACAAAAAAATAGCGGCTTCTGCACTAGGCGGGGTTCAAATATGGTGATGTGGTAGCCTATTATTTTCTAAGTACAACTGTCAGTCCACTTGGAGAACTACAGTGTACGTTCACACGATGAAGTATCCGAGCGTTCCATACTGTCTGTAATTTAGGTAGGAGTTCATCGGTCGAAGTGTCGCCTGATTCCGATTCAGATTGAAGGAATTATTGCAGTCTGAACAAAAAAAATAGCAGCTTCTACACTAGGCGGAATTCAAATATGGGATGCGGTAGCCTGTTATTTTCTAAATACAACTGTCAGTCTCTATTAAAAACTACAATTAATGTATGCTCAAAATTCTTATTTTTTAAATTTATATTAAAATTTAATGTTTTTAATAAATGGATTACCCATTTATAACCTTTTTAAAAATGAGTCAACTCATTTATGAATATTATTAAATGGGTTCCTTTCTGCACCCTCGGGAATTCTCGTGCTTTAATGGACTGCTTTCTGGGTGCGGATTCGAGAATTTTAAATCTGTTAGAGTTGCTCTAAGTAGTGTAAATGGGTTGGATTAATGAGTTGGGTTATATTTTGACAGGTCTACGCTATGCTAATGTTTGACAAAATCTTTTTTGTTTTTGTTTTATTCTTTGTTATATGTTTAATGTAACTCTGTTCTACTTCTATAAAGTCGGTAATATTTTTTTTTTTAAACTGACAATTATTGCAATTCATATGTTATAGGAGTTTTTTGCTGACTGTATAAGTCTTATGCCAATACCACTTGAACAAAATATTCAAACAGCCTTTCTGTTTGTTGGACAAAGCTAAATTGATTTCATTTCTAAACTTATGGATTCTACAATTATACTCAATAGCAAACATTCACAAGCCATATATTTATACAAATATTTAAAATTTGACTTTAAATATTGTTTTTCCTATGGGTTTAATAAGTAGGATCCTGATTAACTTTAAAATAAACTAACATATGAATATCTGTGATAATATATGACCAGTATGAAATCGGTAATTGAACACTATAGCAAAACAAAAGAGGAAAACCAGCTGCTGCAATATGGGAATTCACAGGTTAAGGTATGTTTAATTTGTTTTTAATTAGTTAACGAGCAGTTTGCAAATGCAAGCACGCTGAGAATGATATGCACTTTTAAAATACCAAGTAGAACTAACACTGTGATCTGAACTATCTTTACCAGCTGCTTAACTCGAAACATATATAGCTTCATACACTACTAACTTTTGCGTAACCATTAATAGTGTATGAAGCTATTTAATTTGAAACTTAGTACTAGCCCTAGTAAGCCCACCCAACGACGATATGGCAGCAAGATGTTTCAAAACATGAGTTATATGACTTCGTCATGCATCATGCATGCTGTGCATAGATATACTTTGGTGACACTTTGAACACTACTAGCTTGTATTAAAAATGATGCATCTTTGCTGAATTATGTGTTCCCATTTAGTATTATATCAAGCTTCACATATTCATAATATGCACACTATAAAGGATACTCAAGCGATTCTTGCTATATGCAACAACCACGTAAACAAATTTTCTAGCAGTAACATGCTAGTCATGAATTTGCACATACATGCATTTTATTTTCTTTACAGAATCAGGGTTGAAAATAGGTGAGGGTGTGTGTATGAAAGCAAAGAAAATCATAAAGGGCTCTAATATTTGTTAAATTATATTAGACACTAAGTAATACAAATATAGAATAAATGATCATGGGCACAAAAGATAATTTCATTTATGTTAATAAAAAAACAAAGGTTTTCAGAACATAGTATAGTTTTCATTTACTTGTAGTGCAACACCTATTCATTAATGGGCCTTTAAATAAAAACTTAATATTAACTTATTTACTTCAATGTTTGGCCGCAATTGTGGTACGGCTGATTAGGACATGCGGCGCTCAACTTAGAAGTTGATGGTTCAATCCTGTCCAACCACACTCCATCTATTAAAATATACAGGGGACCGTAGACAAACTATGATTTAGCGAATAACTGTTCATATTTCTTTAGAGTTTGCAAGCAATGTTTGATTCTTTGAGTTTAATATATATACATATATGTATATGTATATGTATATATATGTATATGTATATATGTGTGTGTATATATACACATGTATATGTATATATGAGCATGCATATTTATAATTGGAATGCTAAATACGTTGCTTACCTCATCAGTATTGGCAAAATGAGACAGCGAGCTTGAGACAACAATTGCAGAGCTTACAAGAAAACCATCGGTATGTATCTTTTGGAGTTCATCTATGAATTACCAGATGCATTTGTTATTCCTAACTAATTAACACACACACACACACACACACACACACACACACATATATATATATATATATATGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTAATAGTGTTCATTCTCATGTTCGCATTATACCCACGAAGAATCAACAAAAAAATATTTGGAAAATATTTACTATGAAATTTAAACAAAATACTAAAATCAATATGGTTGTATACACTATACATTAATTACACACACGTATATGATAAACAACTTATATTGACGTTGACTAAATGTAGAATGCTGATGGGAGAGGAGCTCTATGGATTAAGCATAACAGATCTAAAAAATTTAGAAGCTAAGCTAGAAACCAGCCTGCGCAATGTCAGAAAACAAAAGGTATCACAAATCTTATTTTTCAAGTCATGCTTAATGCATATGCAAACTACCCTCTTCTTTTTACATTAAAACTCAAATCTTAATCAACTTTTATAAAGAGGAGGTGATTCAGTATATGATTCTTTTCCCTTTTATAATTTTGTGCTACAGGATCTGTTACTTTCCAATGAAATTCAAGAGATCAATCAAAAGGTTCATAGTAAACAATACTGCTCTTATATACTTTGCAAATAACTGTATGTTCGATCAAGGTTAGGTTTTGCTAACTTTTCCCAACTCTATTGCAGGGCTATCTTATTTATCAAGAAAATATCGAACTTCACAAGAAATTTAACCTTGCATTCCATGAAAACATGGAATTACAAAAGAAGGTACTGTTTTGATAGAAAAAAATAACTATTCTACATACATGAACATTAAGTTGCTTGTGTTAAACCATGTAAAATTTAAAAGCTCTTACATAAACTCCTGGAGTCCAAATTGAAAGTTGCTTTGTTTAATTTTGGTTAATGGCCATGATCTTAATATTATAGGTATGCGGATCTAAGAGACAAAAGAGTTTAGATATGAACCTGCAATTGCGCCAACCTCAGCAACAAATAAATGTAGTGCAAGCTTCTAAATATGGGTAGTCATTTCCTCCATATATTGCATTTTAGCCTTATTTCTATATTCTATTCATAAACTTATATTGTACTATCTTCAATCTTGAGTATAATGTGATGTGCAGACTCCACTTGCATTAGGAATACAGAATCCAGGTTATGTGTGTATGTAGCATTAAGCCTGGTACATCACTAGTGCTAATATTTATGTTCAAATTGAATGCATCAACCAAACTATGTTGTTTTCTATATGATAATGAATATATATGTCTTTATATTTA

Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020274241.1	2.3e-54	MADS-box transcription factor 23-like isoform X3
Swissprot	Q6EP49.2	1.0e-51	RMADS218
trEMBL	A0A6P5EI74	3.1e-53	MADS-box transcription factor 27-like isoform X1

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT3G57230.1	58.11	6e-64	240	AGL16	AGAMOUS-like 16

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC8G00603	AT3G57230.1	222	75	2	1	204	1	222	58.11	6e-64	240
AfisC8G00603	AT4G37940.1	216	83	1	1	203	1	216	55.56	1e-60	229
AfisC8G00603	AT2G22630.1	218	92	1	1	204	1	218	51.38	3e-56	214

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g209296.t1
Allium fistulosum	AfisC8G00603
Allium sativum
Arabidopsis thaliana
Oryza sativa

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00319.15	SRF-TF	Domain	10	57	84.2	2.8e-24
PF01486.14	K-box	Family	83	170	78.8	2.4e-22

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000165	P	MAPK cascade
GO:0000977	F	RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0005634	C	nucleus
GO:0007584	P	response to nutrient
GO:0008134	F	transcription factor binding
GO:0010214	P	seed coat development
GO:0010440	P	stomatal lineage progression
GO:0042803	F	protein homodimerization activity
GO:0045944	P	positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
GO:0048481	P	plant ovule development
GO:0048527	P	lateral root development
GO:0048574	P	long-day photoperiodism, flowering
GO:0071249	P	cellular response to nitrate
GO:0080155	P	regulation of double fertilization forming a zygote and endosperm
GO:1903338	P	regulation of cell wall organization or biogenesis

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K09264	K09264; MADS-box transcription factor, plant	EC:-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network