result

Gene information

Detail information of AfisC8G03247

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC8G03247	chr8	612285404	612292654	-

Sequences

CDS

>AfisC8G03247
ATGATGGAGTCAGCAGATATTCATATTCCGATTCCTAGTTCTTTACTCACTGACGAAATCGAATCCATAAAATCGGTGCTTGGGAATCTCGTATCCGAGAAGGAAATCATAAAAATTCTTAATTTTGCTGGAAACAATGTCGATCGTGCTGTCAATATGCTTCTTGATTCGCAAGATTCAAAACATCAGGTAGCTTCTGCACATTTAAAAAATAATTGTATCAACAATTTAAATAGTTTAGAATGTAAAAGCACGTTTAAGAAGGAAGATTGTAAAACGGGTGTTGTCAAAGATAGCTCGTTGATCCGTGAAGTAAATGCGGAAAGTGAGCATTTTGATGTAGGATTAAGAAAAGATGAAAATTTGACTTGTGAAACTGAATTCAAGGCTGATACAGTTTGCAAAACAAAAATTAGCACTAAAGAATCCAATATGGATGTTGATGTCATATGCACAAATGAAGAGAAGGGTAGTAAAAAAGACCCAATCTTGATCTCTGAAGCTAAGCTTCAGGACAAAGAATGCCATGAAATGGAAGAAGGAAGTGGTGATAATTCTGATATTCTTGAATCCAAAATGAATATTGGTAGCAAACGATTTGATAGAGCAACAGTTCCGAAAAAAGTAGCTTACAATGAATCGGAAGAGACGTTGGCAATAAGTCATTGTGTTCCATATCTCAACGCTAAACCTATTAGAGCTATGAGGCCTACGGTTATGGATAGGAGAATCCAGGTTGTAGCAGAGCCTGATCCTGCTGAATTTATGGAGTTTCCAGAAGAAGATGATTGGTGTGTGGTAGGCAGAACTTATGTAGCAGGTTTGTCTACCTGTAGTGGTAGAAGAAAGATTGATGAAAATGAGATAGTTTATTTTGGTTTTCCTAAAAAGAATCTAACGAAGCAGCATGGGAAAAAATGGGTGAAAGCAAATGATATGTCTGAGATAGTGAGATTTTCAACCAAGAAATCTGGACAGATAGGGAGACTTCCACCACAGTGGTCAAAGTGTTTGGTTCCTCTTGTTCAATCTAACAAGGTTATGGTTAAAGGAAGGTGTGTAATTGCGCCATCAGAACTTAGCTTAATGCAGGAAATTATATTATATGTCAGCTTTTACATTCATAGTTCAATTTTCACTGAGGGTGATACATTTTCATGGAAGTTACAAACATCTGCACCAGCTGATTATTCATCTTGTCCTCTACCAACTTTGTTTAGATTACTGAAATTAACACCATCACAGAAGGCTGAATTTACCCCAGATGAGCTTGATACCCGAAAAAGAACATTAAGTTTAAGAGGTAACAATGATGATGATGATGATGATTCTGGAATAATTGTGGGTCTTGAAAAAAGGCGAAAATGTGGCCCAATGAATGCTGAGCAAAGTAATGATGAACAAGCAATTGATGAAGCTTCTTTGAATAAGCTTATTGGTACTGCAGAGATGTATGATTTGGAGGAAGCTAAACCTCCCACCACACTTATGTGCAACTTGTGGCCCTACCAAAAACAAGCACTCTACTGGATGACAGAAAGAGAAAAAGGGCTTGATGCTGAGAAAACTCTTCATCCATGTTGGGCAGCCTACAACATATGCGATAAGAGAGCATCAACGATATTTGTAAATATTTTTACTGGAGAAGCTACTACTCGAATGCCTAGTGCAACCGAATCCTCACGAGGAGGGATTTTAGCTGATGCAATGGGCCTAGGCAAGACTGTAATGACAATTGCATTAGTGCTTTCTAAACCAAGAGGAAAACAAGAAGACTATGACAAGCTTGAAGTTATTTATGAAGAATCTAATGAGATGAGAACTTTATCTTCCATAAAAGGAGGAACTTTAATTGTTTGTCCAATGGCATTGTTGGGGCAATGGAAGGATGAACTAGAAACACATTCCAAGCCAGGTTCAATATCTGTCTTTGTACATTATGGTGGAGACAGAACAACTGATCCACGAGAAATTGCAAAACACGATGTTGTTTTAACAACTTACGGAGTCCTACAAGCTTCTTATAAACATGTTTCAGCAAACATGAGTATATTTCATAAAATAAATTGGTATAGAGTGGTATTAGATGAAGCACACATTATCAAATCTCCCAAAGCACAAGTTTCTCAGTCAGCTTATGCCCTCACTTCTTATTGTAGATGGTGCCTAACTGGCACCCCTCTACAGAATAATTTAGAAGATCTTTACAGCCTCCTTTGTTTCTTGCATGTCCAACCATGGTGCAACTGGGAATGGTGGAATAAGCTGATTCAGAGACCTTATGAGAATGGTGAAGAAAAAGGATTAAAATTGGTTAAGGGCATCCTTAGGTCTCTAATGCTTAGACGAACTAAAGAGACAAAGGATAAAGATGGAAGGCCCATTCTTGTTCTACCACCTGCCAATATACAGGTTATTTATTGCGAGCCTTCACAAGCTGAGCGCGACTTTTACGAGGCTCTTTTCAATAAATCTAAGGTTAGGTTTGAACAGTTTAGTGCTCAAGGCAAAATTCTTCAAAACTATGCTTCCATACTTGAGCTCTTGCTTAGGTTGAGACAATGTTGTAACCATCCCTTTCTAATTGTCAATCAAAAGGATCAACAAAATGCTGATTTAAACGATGTAGCCCAACGATTCCTAGAAAGCAGAAACAGATCATCAGTAGCTCCACCAGAAGCATATGTTCATGAAATGATTGAAGGTTTAAAAAGAGGAGAAGCAACTGAATGTCCAATTTGCCTTGAATCAGCATCAGACGACCCTGTAATAACCCCATGTGCGCATAGAATGTGCAGAGAATGCCTCCTTGGATGCTGGTCAACTCCATCTGGAGGTCCATGCCCTATATGCAGAAAAGATATATCTACACCTGATTTGATTTTGTGCCCTAGTGAGTTATCATTTCAAGTCGATGTACAAAATGATTGGAAAGATTCATCTAAAGTGGCTGAGCTGATTAAATGCATTAATGCAATCGAAGAATCAGGCTCAGGAGAGAAGTGCATTGTGTTTAGTCAATGGACTTCTTTCTTGGATTTGCTTGAAATTCCTTTAAACAAGAAAGGGATCCAATTTTTGAGATTCGATGGAAAGTTAACTCAGAAATATAGAGAAAAGGTTTTGAAGGAGTTCAATGAGTGTACTGATAAACGGGTGCTGCTGATGTCACTGAAGGCAGGAGGTGTGGGACTGAATTTAACTGCAGCTTCCAATGTCTTCCTAATGGATCCATGGTGGAATCCTGCGGTAGAAGAGCAAGCAATCATGAGGATTCATCGCATTGGACAAAAACGACAAGTTGTAGTCAGAAGATTCATTGTTAAGGACACTGTTGAAGAGAGAATGCAGCAAGTACAGGCTAAGAAGCAACGTATGATTGCTGGAGCACTAACAGACGATGAAGTCCGAAATGCACGTATCGAAGAGCTTAAAATGTTCTTCAGATAG

Protein

>AfisC8G03247
MMESADIHIPIPSSLLTDEIESIKSVLGNLVSEKEIIKILNFAGNNVDRAVNMLLDSQDSKHQVASAHLKNNCINNLNSLECKSTFKKEDCKTGVVKDSSLIREVNAESEHFDVGLRKDENLTCETEFKADTVCKTKISTKESNMDVDVICTNEEKGSKKDPILISEAKLQDKECHEMEEGSGDNSDILESKMNIGSKRFDRATVPKKVAYNESEETLAISHCVPYLNAKPIRAMRPTVMDRRIQVVAEPDPAEFMEFPEEDDWCVVGRTYVAGLSTCSGRRKIDENEIVYFGFPKKNLTKQHGKKWVKANDMSEIVRFSTKKSGQIGRLPPQWSKCLVPLVQSNKVMVKGRCVIAPSELSLMQEIILYVSFYIHSSIFTEGDTFSWKLQTSAPADYSSCPLPTLFRLLKLTPSQKAEFTPDELDTRKRTLSLRGNNDDDDDDSGIIVGLEKRRKCGPMNAEQSNDEQAIDEASLNKLIGTAEMYDLEEAKPPTTLMCNLWPYQKQALYWMTEREKGLDAEKTLHPCWAAYNICDKRASTIFVNIFTGEATTRMPSATESSRGGILADAMGLGKTVMTIALVLSKPRGKQEDYDKLEVIYEESNEMRTLSSIKGGTLIVCPMALLGQWKDELETHSKPGSISVFVHYGGDRTTDPREIAKHDVVLTTYGVLQASYKHVSANMSIFHKINWYRVVLDEAHIIKSPKAQVSQSAYALTSYCRWCLTGTPLQNNLEDLYSLLCFLHVQPWCNWEWWNKLIQRPYENGEEKGLKLVKGILRSLMLRRTKETKDKDGRPILVLPPANIQVIYCEPSQAERDFYEALFNKSKVRFEQFSAQGKILQNYASILELLLRLRQCCNHPFLIVNQKDQQNADLNDVAQRFLESRNRSSVAPPEAYVHEMIEGLKRGEATECPICLESASDDPVITPCAHRMCRECLLGCWSTPSGGPCPICRKDISTPDLILCPSELSFQVDVQNDWKDSSKVAELIKCINAIEESGSGEKCIVFSQWTSFLDLLEIPLNKKGIQFLRFDGKLTQKYREKVLKEFNECTDKRVLLMSLKAGGVGLNLTAASNVFLMDPWWNPAVEEQAIMRIHRIGQKRQVVVRRFIVKDTVEERMQQVQAKKQRMIAGALTDDEVRNARIEELKMFFR

Gene

>AfisC8G03247
GTAAATGATGGAGTCAGCAGATATTCATATTCCGATTCCTAGTTCTTTACTCACTGACGAAATCGAATCCATAAAATCGGTGCTTGGGAATCTCGTATCCGAGAAGGAAATCATAAAAATTCTTAATTTTGCTGGAAACAATGTCGATCGTGCTGTCAATATGCTTCTTGATTCGCAAGATTCAAAACATCAGGTAGCTTCTGCACATTTAAAAAATAATTGTATCAACAATTTAAATAGTTTAGAATGTAAAAGCACGTTTAAGAAGGAAGATTGTAAAACGGGTGTTGTCAAAGATAGCTCGTTGATCCGTGAAGTAAATGCGGAAAGTGAGCATTTTGATGTAGGATTAAGAAAAGATGAAAATTTGACTTGTGAAACTGAATTCAAGGCTGATACAGTTTGCAAAACAAAAATTAGCACTAAAGAATCCAATATGGATGTTGATGTCATATGCACAAATGAAGAGAAGGGTAGTAAAAAAGACCCAATCTTGATCTCTGAAGCTAAGCTTCAGGACAAAGAATGCCATGAAATGGAAGAAGGAAGTGGTGATAATTCTGATATTCTTGAATCCAAAATGAATATTGGTAGCAAACGATTTGATAGAGCAACAGTTCCGAAAAAAGTAGCTTACAATGAATCGGAAGAGACGTTGGCAATAAGTCATTGTGTTCCATATCTCAACGCTAAACCTATTAGAGCTATGAGGCCTACGGTTATGGATAGGAGAATCCAGGTTGTAGCAGAGCCTGATCCTGCTGAATTTATGGAGTTTCCAGAAGAAGATGATTGGTGTGTGGTAGGCAGAACTTATGTAGCAGGTTTGTCTACCTGTAGTGGTAGAAGAAAGATTGATGAAAATGAGATAGTTTATTTTGGTTTTCCTAAAAAGAATCTAACGAAGCAGCATGGGAAAAAATGGGTGAAAGCAAATGATATGTCTGAGATAGTGAGATTTTCAACCAAGAAATCTGGACAGGTTTGTTTTTAAAACCCTTCGTTAGACATTAAATTTCTATGCTTATATGTATAGCTAATTTTGTTCTGCACATTATTGTTTAATGAATGACTTATACTATTTAGTTGTTTGTTTATGATTAACAGCATAATGTAGTTCACAATCACAATAATGTGTTGATATTTTTACCGCAGTAAGATTTGAATACAAATTTTTATCCATTTAACTACTACAATGATTCAAAATTTCACCAAATTCCTGAAAGATAATAAATCTATGCCCAATTTACTGGAGACTGTTGGTACAATTTGCTTCAATCAGATGTCATTGTTCTGCCAATAATCAATTTCAAAGCTTGTGATTTCTTTGATGAGTGTAGGCCATCTATCCTTAAATGTCATACATCCATATATTGAAGCAAATTGCATCCATCATTTTCATTGAAATAAGAAGATGGTTTGATTTTAGTAAAGTAAAAATCAAGGCATATAATTTAATGGGGTCAAAGGGACACATCAAACATAGTTTGAAGTTGTAATTTTCAAGTAGTTTAACTGAACGATAAAATGTAGAAGTGTTTATGTAATGAAGTTCGAAAAAAAATATAGTTTGAAATAATGAGATAAATTATGATTATCACCTTATATCTCCATCTTACAAGTAGATGTCATTAAAATTTAAACAATCTAGTTATAAGTTGTTTTGAACACTTATAAATTGTTGCTAAATAGGTCCTTATTTTAAGTATGTCTATGAACACTTGTAATCTTAAATTTGGCTGGAACAGATAGGGAGACTTCCACCACAGTGGTCAAAGTGTTTGGTTCCTCTTGTTCAATCTAACAAGGTTATGGTTAAAGGAAGGTGTGTAATTGCGCCATCAGAACTTAGCTTAATGCAGGAAATTATATTATATGTCAGGTAAGCATGATATCACCAATTATCACAATTGTATTACAGCAAATATGCTATGTGCATGTTTTAACATAGATATATGTGTTTTGCAGCTTTTACATTCATAGTTCAATTTTCACTGAGGGTGATACATTTTCATGGAAGTTACAAACATCTGCACCAGCTGATTATTCATCTTGTCCTCTACCAACTTTGTTTAGATTACTGAAATTAACACCATCACAGAAGGTTTTTTATTTACTGATTATATGATCAATCTTACATTCTAAGGATCTAACTAGCTTGATACTGTTTATATTTGATGTAGGCTGAATTTACCCCAGATGAGCTTGATACCCGAAAAAGAACATTAAGTTTAAGAGTAAGAAAAGTACTTTAGTTTGATAGATATTAATTTTTTTTCTATATCATGTTTTTATGAACAATCTACCTATTTAGGGTAACAATGATGATGATGATGATGATTCTGGAATAATTGTGGGTCTTGAAAAAAGGCGAAAATGTGGCCCAATGAATGCTGAGCAAAGTAATGATGAACAAGCAATTGATGAAGCTTCTTTGAATAAGCTTATTGGTACTGCAGAGATGTATGATTTGGAGGTAAATTAACATATAAAATTTTGATTAAGTTTCAGATAGTGGATTGATATTTGTGAACATATATATCATAATAACAGGAAGCTAAACCTCCCACCACACTTATGTGCAACTTGTGGCCCTACCAAAAACAAGCACTCTACTGGATGACAGAAAGAGAAAAAGGGCTTGATGCTGAGAAAACTCTTCATCCATGTTGGGCAGCCTACAACATATGCGATAAGTATGAAAAATTTACTAAAATACACTAAATCAATGTAGGCTTGATATATGCTGATTTTTAAACATCTTTTGTTGAAAAGGAGAGCATCAACGATATTTGTAAATATTTTTACTGGAGAAGCTACTACTCGAATGCCTAGTGCAACCGAATCCTCACGAGGAGGGGTAAGTTTATAAACTGGAATTGCATAATGCAATGTGCTTTCAAGATTGTAATTTTACCGTGTTGATAAAATTTAACATATAGAATATTATAGGTTTGCTATTGTCATATTCAAATATGTGTTCGGTTATTATACTTTGACAAATAATGAATTTAATAGACTTTTACTTCTCTTTTATACTCCAGATTTTAGCTGATGCAATGGGCCTAGGCAAGACTGTAATGACAATTGCATTAGTGCTTTCTAAACCAAGAGGAAAACAAGAAGACTATGACAAGCTTGAAGTTATTTATGAAGAATCTAATGAGATGAGAACTTTATCTTCCATAAAAGGAGGAACTTTAATTGTTTGTCCAATGGCATTGTTGGGGCAATGGAAGGTACTGTTATCGTTATTTCTTTGTTCTTATCAAAAGATTTAGTTCCTTTGTGTTATAAACCATCTTTAAAACCAATGTATAATCGAAACTGCTTTGAGTTATATATTTCAGAATATATTTAATTTAGGCATTCATGGGTCATGTACAAATTTCATCTTGGGTCTATAATTTGATGCATTATAAGTTTAAATATAATGTACACTTTGACCTTATTTGCAACTCCAGTAGCCTATACAGACATGAAACTTCCTTATGGTGTTTATCATCTATTGTTTAGTACATGATAATATCTGAATATACATCCATGCTTTAATCTGTGTTACGGATTACGTGTCGATCCTTACTATCTATTGACTACACTTAATAATGTGTTTGTATTCCAGGATGAACTAGAAACACATTCCAAGCCAGGTTCAATATCTGTCTTTGTACATTATGGTGGAGACAGAACAACTGATCCACGAGAAATTGCAAAACACGATGTTGTTTTAACAACTTACGGAGTCCTACAAGCTTCTTATAAACATGTGTGTGCTCTAGTTTATTTTTTTTGGTTTAACATGTATCCTTTGAGCTTAGGTTCCTCTTTAACTTTACATATATGCTCTTTATGCAGGTTTCAGCAAACATGAGTATATTTCATAAAATAAATTGGTATAGAGTGGTATTAGATGAAGCACACATTATCAAATCTCCCAAAGCACAAGTTTCTCAGTCAGCTTATGCCCTCACTTCTTATTGTAGATGGTGCCTAACTGGCACCCCTCTACAGGTTTGTATACCTTATCATTTTAATAAATACGAGTTTGCATTATAACATGAAATTACATGTATGATTTTTCACCAAAAATATACATGTCTTCTGAACTCCTATTTATGTGTATTAGTAATTGAAGTTCCTACACAGGTTTTCAGATTATATTCATGTATTAATAAAACAAAAATGCAGTTGTTTTCTTTTGATGACATTAACAAACTAATGTTAATTTGTTATGTTTTTTTGCAGAATAATTTAGAAGATCTTTACAGCCTCCTTTGTTTCTTGCATGTCCAACCATGGTGCAACTGGGAATGGTAAACTTAAGTGTTTTTCCTTCTGTCATATACTTTTTTCTTCAGTTTTTCATGAGAAAATTCCAACTGCCTTTTTGTACTGCTTAGTTATTTTGATAATTACTTAAATATGACAATTAACAGTTTCTTCAACTGCTGACTTAGGTGGAATAAGCTGATTCAGAGACCTTATGAGAATGGTGAAGAAAAAGGATTAAAATTGGTTAAGGGCATCCTTAGGTCTCTAATGCTTAGACGAACTAAAGAGACAAAGGATAAAGATGGAAGGCAAGCCCTTGCTTTCTTCACTTTATGGGTTTTAAGTTCTTTATTCAGTTCAGAACTTTAACAAAATGTTCGTATACTTTCAGGCCCATTCTTGTTCTACCACCTGCCAATATACAGGTTATTTATTGCGAGCCTTCACAAGCTGAGCGCGACTTTTACGAGGCTCTTTTCAATAAATCTAAGGTTAGATTGTTTAGCATTTAAATGTACACCTTCACCTTTAAATCCTTGATATAATATGCATATATTTATATCAGCTCATCTGCTTTTCAATGCAAAATTCTACAGGTTAGGTTTGAACAGTTTAGTGCTCAAGGCAAAATTCTTCAAAACTATGCTTCCATACTTGAGCTCTTGCTTAGGTTGAGACAATGTTGTAACCATCCCTTTCTAATTGTCAAGTAAGCAAATTACTATAAT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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020261399.1	0.0e+00	LOW QUALITY PROTEIN: putative SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 3-like 3
Swissprot	Q9FIY7.1	0.0e+00	RAD5 homolog B
trEMBL	A0A2I0WH41	0.0e+00	SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 3-like 3

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT5G43530.1	63.55	0.0	1181		Helicase protein with RING/U-box domain

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
AfisC8G03247	AT5G43530.1	908	297	13	257	1149	389	1277	63.55	0.0	1181
AfisC8G03247	AT5G22750.1	932	394	13	262	1148	108	1028	51.72	0.0	964
AfisC8G03247	AT5G05130.1	694	375	16	484	1140	195	849	35.01	6e-107	386

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g18857.t1
Allium fistulosum	AfisC8G03247
Allium sativum	Asa1G02039.1
Arabidopsis thaliana	AT5G43530.1
Oryza sativa	LOC_Os04g09800.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF08797.8	HIRAN	Domain	268	370	50.4	1.4e-13
PF00176.20	SNF2_N	Family	503	861	290.5	1.2e-86
PF13920.3	zf-C3HC4_3	Domain	908	956	35.3	6.8e-09
PF00271.28	Helicase_C	Family	988	1096	65.2	5.5e-18

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0000217	F	DNA secondary structure binding
GO:0000978	F	RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific DNA binding
GO:0001077	F	transcriptional activator activity, RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific binding
GO:0016020	C	membrane
GO:0004386	F	helicase activity
GO:0005524	F	ATP binding
GO:0016567	P	protein ubiquitination
GO:0005654	C	nucleoplasm
GO:0005730	C	nucleolus
GO:0016887	F	ATPase activity
GO:0006301	P	postreplication repair
GO:0008270	F	zinc ion binding
GO:0009294	P	DNA mediated transformation
GO:0009941	C	chloroplast envelope
GO:0031625	F	ubiquitin protein ligase binding
GO:0043933	P	macromolecular complex subunit organization
GO:0044427	C	chromosomal part
GO:0044822	F	poly(A) RNA binding
GO:0045003	P	double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing
GO:0045944	P	positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K15505	RAD5; DNA repair protein RAD5	EC:3.6.4.-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network