result

Gene information

Detail information of AfisC8G04717

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC8G04717	chr8	866488787	866497113	+

Sequences

CDS

>AfisC8G04717
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Protein

>AfisC8G04717
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Gene

>AfisC8G04717
ATCAATGGCTCTTTACCCACTTTTCATCATTCTCTATTTTCTTCCATTTTCTTTTCAAGCAAATTTCACTTTTGATTCACAATTTGGCTTTCTATCAATCATGAAACAGTCTCTGACTAGCCCATTCATGTCTAGATGGGATTTCTCATCAATTGGTAATAAATCTTATTGTGACTTCTCAGGCATCACATGTGATGATTTAGGACATGTTTTGATGATTGACATTTCTTCCTGGTCTCTAACTGGGAGTATGCCACCAAACATTTGTTCTTCAATTCCAATGCTTCACACTCTAAGGCTGGGCAATAATAACTTAGGTGGCAGGTTTCCTCTTAATCTTATTAACTGTTCATTTCTCGAAGAACTTAACTTGAGTCACAATAATTTTGAAGGTCATTTACCTGATCTTTCAGCTCTTCACTCTCTTCGTGTGCTTGATCTTTCAAACAATTTTTTCTCTGGGAGTTTTCCTATGTCTATCACTAATCTTACAAACCTTGAGTTCATTAATTTCAATATGAATCCAGGCTTTGAAGTCTGGCAATTGCCTCAATCATTTACCAGACTGACAAAATTACAAGTTTTAATTTTATCTACGAGCTCCATGAGAGGAGAGATTCCACAATGGATAGGGAACATGACATCACTTACCGACCTTGAACTGAGTGGAAACTTTCTGAATGGTCAAATTCCTTCTTCTATCGGTAAGCTAGAAAATCTACGTTTTTTGGAAATTTACTACAACCTTTTAGTCGGTGAAATTCCTGTAGAGATTGGAAACTTAACCAACTTGGTAGAATTTGACTGCTCAGTTAATCAGTTAACTGGTAGAATATCTGAGAAAATTTGTGCCTTGCCTAATCTCAAAGTGTTACAATTCTATAGCAACAGTATTACTGGTAGCATTCCTCCAGTCCTTGGAAACTCCACAACTTTAACAATATTATCAATATATCGAAACTTTCTTTCTGGCCCAGTCCCTGAAACTCTTGGAAAATTCTCTGATCTTGTTGTTTTAGAGCTTGCTGAGAATCAGTTTACTGGTGAATTGCCTCAGCATGTTTGTGCAAGAGGTAAGCTTCTGTATATACTTGTATTGGGCAATAGATTTTCTGGCAAAATACCTGAAACTTATGCAAACTGCCACACGCTTATTCGTTTCAGAGTCAATAACAACCAATTAAGTGGTCCAATCCCAAGTTCAATTTTTGGACTACCTCGTGCTTCAATCATTGATTTAGGGTACAATCAGCTCGAAGGAGAGATTACAAACGACATTGGAAATGCTAAGAATTTATCGGCTCTATTTTTGCAGAACAATAGGTTCTCTGGAACTTTGCCCAGCAGATTATCTCAAGTTAATAGCTTGGTGAAGATTGACATAAGCTATAACTTTTTAACTGGTCCCATCCCTTTTGATATTGGCAGTTTGAGTAATCTTAATCAGTTATCCCTGCAAGGAAATAGATTAACTTCCTCTATTCCTCAATCTCTGTCTTCTTTGAGGTATCTTAATGTGCTAAACCTATCTAATAACATTTTGACAGGTGAAATTCCTGAAAGCCTATGTAGTTTATTGCCAAATTCATTAGACTTTTCTAATAACCAACTTTCAGGACCAGTTCCTCTCCCATTAATTAGAGAAGGATTATTAGACAGTGTTTCGGGTAACTTAAATTTGTGCATACCAGTTCGTATCAATCTAAGCAATCCAGTTATACAAATATGCCCTCAACCCAATGTAAAAAAGAGGTTCAACCATATCTGGGTCTTTGCAGTTTCAACACTGCTAGCAATATTAGTGATCCTCTTACTAGCTAAGCATTACTGTGGTCGAAATATAGAAGCAATAGAGCAAGATAGGTTATCCTATTGTTCTTCTTTTGATGTCACTAGTTTTCACAAGTTGATTATCGATCAGCATGAGATAGTCGAATCTTTGATAGATAAAAATATAGTTGGGCATGGTGGATCTGGAACCGTGTACAAAATTGAGCTAAGTAACGGTGAGTTGGTTGCTGTAAAAAAGTTATGGAGTCAGAGAGCAACTAAGGATCAGTCAACAGAGTCATTATGTATGAGTAGAGAATTAAGGTCCGAAGTTGAAACACTGGGAAGCATTCGACATAAAAACATAGTGAAGTTATATTGCTGTTTCTCAAGTTCGGATAGCAACCTTCTTGTGTATGAGTACATGCCTAATGGAAATTTATGGGATGCTCTCCACAAAGGTGTCGGGTGGAGTTTTTTAGATTGGCCTACAAGGCATAGAATTGCTGTAGGAATCGCTCAAGGAATAGCATATTTGCATCATGATCTATTGTTTCCTATTGTTCATAGAGATATCAAGACTTCTAATATACTTCTTGACGCCGAGTACGAGCCAAAAGTTGCTGATTTTGGCATTGCCAAAGTACTGCAAGCTGGAGGAGATGTGGAGTCTTCTACTACTGTTATTGCTGGAACGTATGGTTATTTAGCCCCAGGTAATTTTTGATTATTACAATTCCTTTTATTGACATTATTTTATTTTTAATTTTCTGTTAATTATTGTGGTTAAATATGTTTAAGTTTGTGGCTACATCCCATCTTACCTGGTGAAAACACATTTTTTTTCTCTCCCCATTACTCGATGAGTGAAAATAAACACTGCATTCAACAAACTATTGCTGATCGTAATGAGTAAATTGTAGTAGGGGTAAACTGCAGCGATTTCTTCTTGAGTTAATGACAAAAGAAAGCTTCCTTAGAGAAAGTAGTAAAGAATTAATGAGCTTAGGCCGAAACATATGCACATACAATTCTAAATTTACGCGTACATATTTGAAAATGCGCACTTGTACTTACCTTTTCAAACCCAAAATGAAGCTTATATTTTTAATAAGTTTCGATCAAGGTCTATTTTTGTATAAACTATATAGATTTGTTTCTTGTCTATTTACCATGCGATATAGACTTTTCATAACTTTACCATTTCATGTACATTGTTTACTGCAGAGTATGCTTACTCCTCAAAAGCTAGTACAAAATGTGATGTATACAGCTTCGGAGTAGTTTTAATGGAGCTGATCACAGGCAAGAAGCCAAATGAACCTGAATTTGGAGAAAACAAGGACATCACTAATTGGGTTTCAACAAAGATGGCAGCTGAAGAATGTGCATCTGAAGTTTTAGACAAGCGACTGCAATGGAATTCATTTAAAGAAGAAATGATACAGGCACTGAAAATTGCTCTTAGATGCACTTCTACCTCAGCTGCAAATCGTCCCTGTATGAATGAAGTTGTTCAGATGCTAATTGAAGGAGGTCCTACAAATTTTGGAGGGTCTTCATTTAAGCTTAAGGAATCATCACCTTCTGTTAAAGCTAAGTTAGTTGATGCAGGTATGACCTAACATAATATCTCATAATATTATAGTATTTACATTTACTTGATGCATCCTGCTTATAAGTGACTATGCAGTCAGTTTTGTAGTATAGAATAATATATATGCGTAGTAGTATAGAATAATTTGGAGCATGTAATATATAGCTTTCCACTTAAATGAAAAAAGAGCAATCTGATATCTATCTGCTTCTTTTTATATTGTTTTGGCTAGACATGTAGGCTATAATTGCAAAGAAAAACTTAAGAATTACGCAGCATCTGATGCTATGACCCACATACATATATGTGTATAAAAATGTTACTCTTTATATCTTAGCTTAATATGATGAGAGAAAAAGAAGGAATGTGTGTGGTTGTGAGTTGGGAAGAATTTTAAATTTTGTTTTGTAGTGCTGATGGGGTCTAGAGTATAGAGATCTTTTTGAGTGGAAGGTTCTATCATTATTGTTGTTATCATTGTGGATATTTTTGTGAGAGTAATGGCTCTTTAATAATATTTATTTGTTTACTTTGAGAACTTTTAAGCTATAAATCCAGAAATGCCAACTCCAATCATAATAATTTTGCTTTCGTAGCTGTAATTCAATCATAGTTCTTAAATATCAATCAAAATCTACGTAAATTGAAGAAAATCATTTTGGTATTGTGGAGGTGGATGATATCAAATGTTAATAATCAGGGATGTTTTTAAGATCCTTCACCTTAGGGACTAAGCAGATAGAAGTATGGTTACATTCTTTAATAATTCTACTGCTATCGAATACTCCCTGAACCATACGGGTTAACTCCTCTTTGAAGTCACTCCAGTGAATTTTATGAACTTGGCATTAGAACCATCTAGACCAGCAGCAGTACTATATTTAATATCGAACACGGCCTTCTTAATTTTTGAAATATCAAATTATCATTAAAAAAATTTCTACCATAATCAGATATAATATTTTTACAAATCAAATTAGGCAGAAACATAGGCCCTGGATTATTATATAACTTCTTAAAAATAATCAGCAGCGTGTCGCCTAAATTCATTATAGTCTTTACAAGGAACGCCATTAACCTGAATATATGAAAATCCAACCCGCTTACTCCGCCCATTCGACATTTTGGCATGAAAATATGCCAATGATTAATCATTATTAAGTAACCACTCCATTTCTGATTTTACAATCACATCTATATACTTCCTATGAAGCAACTACAATTTTATATTAACTTGAATTGATTGCTTCTGGGACTCTTGTAATTGCAGTGCAGGTTTAATTGTAAAATATAATTAAGATTTCATTATCACATAGCAATCATGACTAGGAGGAAAAATGCACATAAAGTGTGTGTTGGACTTGTAGTGGATCTACTCTTTGTTTCGAGCTGGTTTCTTTTTCATTCAAGTTATATAATTTGATTGTGTTGCATTAGATGCCTATGTTGGTTATTTATTTTAATAACATGTTTTGCCAAGTATTTGAAATATTTCTTGTTATAAAATTGAAATTCTGTAATAAACAAATGAGATTGTGGCAGAGGAAATAATGCAAAATCCCATCATGTTTGAAATATCACATGATAAACTAGGAACTAAAATCAATACCGATAATATTTTATAATTTTGTTG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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_018683649.1	1.4e-181	PREDICTED: receptor-like protein kinase HSL1
Swissprot	Q9FGL5.1	2.7e-134	Protein XYLEM INTERMIXED WITH PHLOEM 1
trEMBL	A0A804JN68	2.6e-182	Protein kinase domain-containing protein

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT5G49660.1	57.19	0.0	1033	XIP1	Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase family protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	bit score
AfisC8G04717	AT5G49660.1	932	384	9	24	945	29	955	57.19	1033
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Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g510329.t1
Allium fistulosum	AfisC8G04717
Allium sativum	Asa1G01024.1
Arabidopsis thaliana	AT5G49660.1
Oryza sativa	LOC_Os12g43660.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00560.30	LRR_1	Repeat	118	134	9.6	1.4
PF00560.30	LRR_1	Repeat	140	161	10.5	0.7
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PF00069.22	Pkinase	Domain	649	925	166.2	8.2e-49

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005886	C	plasma membrane
GO:0001944	P	vasculature development
GO:0004672	F	protein kinase activity
GO:0006351	P	transcription, DNA-templated
GO:0006979	P	response to oxidative stress
GO:0009570	C	chloroplast stroma
GO:0009934	P	regulation of meristem structural organization
GO:0009960	P	endosperm development
GO:0010030	P	positive regulation of seed germination
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GO:0043565	F	sequence-specific DNA binding
GO:0045490	P	pectin catabolic process
GO:0046777	P	protein autophosphorylation
GO:0048229	P	gametophyte development
GO:0050794	P	regulation of cellular process
GO:0051301	P	cell division
GO:0090406	C	pollen tube
GO:0090548	P	response to nitrate starvation
GO:0090558	P	plant epidermis development
GO:1902025	P	nitrate import
GO:2000034	P	regulation of seed maturation

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K00924	E2.7.1.-; kinase	EC:2.7.1.-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network