result

Gene information

Detail information of AfisC8G05881

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
AfisC8G05881	chr8	1084277221	1084287049	+

Sequences

CDS

Protein

Gene

>AfisC8G05881
ATGGGTTGCATCCTGGGAAAGGACGGCGATGGCGGAGGTAAGCGGCATTCATCGCCGCCGGTGGAAAGGCGGAGCGACCGGCACTCGACGAGATCCCAACCCCCGGTAGTGGAGGCGGAGGGTGATGATGCGCTGGAGATCGTGGGTGACCTGGCGGTGGTGGGCGTGAAGGAGACTAGGAGGAAACGGAGGAGCAATATCCCGACGGGTGTAGCTGCTAAGACCGAGAATGGATGGCCGGCGTGGCTGGAGGCGGTGGCGGGTGAGGCTATTAGAGGGTGGAAGCCGCGTCGAGCTGACAGCTTTGAGAAGCTCGATAAAGTATTGTTTTCGTCCCGTATACTGTATTTGTTCTTCTATTTTAGTTCTTTTAAATAGACTTGGAGTTATTTGGATTCAAAGTCTAGCTAACTAATCTCTATTCTTGATGAGTAGTTGCTCAAGTGGCCAAGTCAGAGTACTTGATTATTTAATACTTATTTGATGATTTGAGACACCATCTCCAATAGCAGAACTGCAATTTGATTCCAATTCTGTATGTCAAACCTCTGAATTCTCAAGAACCCACAACAACTTATTCCAATAAATTTACATCTGCTCCCCTTAAACTCTTATACATACATACAATCAGCCTACTAGGTGCTTTTGTGCAGGATACCAGATGAAGGTATACATGTATTAGTTGAAAATGTGGTGCTTTTTGAATCATCTGTCTCCAAAACTTGTTTTGTTTGAAGTACGGGATAGTACTGAATTTGTAATTGGCAAATTCTATTTGAACCAGGGATTTGCTGAGTAGCCCCCAAACATTTTATAAAATTTAATTGGATAAAAATACCCTTAGTTAAATACGCCTCGTATTTTTTTTAAACGGTTTCGACCACCATGTAGAGAGCCTACGTGGTATAAATGCTTACCCCGTAGGGCCATTGTGAGGTATGTCTACAAACCTCGTAGGTGTAGTGCGTATCAGGTACATAAATCACGCAGTTGCTCTACGTGGTTATGTATGTATTCACGTAGATGCCTTGCGAACTGGAATAAATTTTTTGCAGCCGCTCTACGTGGTGTTGAAACCAGTAAAAAATTTTTTATAAAATAGAAATTCAATCGAGGGCATTTTTGTCCAATTAAATTTTATAAAATGTATGGGGGGCTACTTGGCAACTCCTTGGGTTCAAATAGAATCTGCCTTTGTAATTTACCAGTGATGTTATTACCGTCACAGCTTTTTAAACCAAAACTCAAAAATTATAATGAAGTTTTTAGGTCTGTTGGAGATGCTCTTAGCTTCTAATTTTTGAAAACAGACGAATAGCTTTTGGACTTTCCAAGAAATTGATGAAAAATTTGCACCTCAATGTACTAACAGTGGCACTCCTTACTGGCATGTGAATTGATGCTAATTATATAGGAAAGTAAATAATCTAGTGGTCATGTTAGCACCACTGGGAGAGGCGTTCCCAAAGTTCAATTCTTAAAAATGAAGCATATAGCCGTTGGAGATGCTAAGTGCATGTGTTTAATTATTTTATCACTGCACCATATATATGGTAATTTGAAATCTGTTCTTGATATTTTTTAATATAATTTCTTGTAACAAGTGCATTGGTAAACAACATGGATATTATGTTCAACTTAAGTATTTCTCATCCAGCGTACAAATCCTTTAGCTGACTTCTTTAATTTGGAGAATGATAATATTTATTATTCTTCTCAAAATGTGGTTTTTCCATTGGCCTTCATGTCCACATCCTTTTTAGATGACATTGACTCATAAGTAACCTCGTAAATTGGATCAATCTTTGAAAATTAGTTTTGACAAATCTGCAAACTAGAATATTGAACTAAACTCTGTAAATTCACACTATGGTGATTCATAGTTTCCCTGATGTAATTTTGTACACTGGGACAATTATTTTATTGGTAAATGCAAGAATTTAAATGTTCATAGTACACGCCAATTCAACAACTTATGTGGTGGGAAGTTTGGGGTTTCAGAATAGTTGAGTTATTTAATACTATACATACAAGCTTAAATCTAGTAAAAGACACATTTTTGCGTCATGTATTGGTATTTATGAATGCCATTGGGATTGCAAACGAATTTGCAACTGATTACAGAATAAGTCATTGTGTCCCTCGAGTGTATATAAAGCCATGTGCAGCATTGCCTAATTAACTAGTTTCAAGCTACTAGTTCAGAAAATGTGAGTACACTGAGTAGATTTAAAAATCAGTGTTCCTGTTATTTTTATTCCTATATAAGTAAATAAAACATACAGTTTTCAATAGATATACTGTATTTGTATAAGCTTTGGTTTCTCGTATCCAGATTGGTCAAGGTACCTACAGTAACGTATACAAGGCAAGGGACACATTAACAGGAAAAATTGTGGCTCTAAAGAAGGTCAGATTTGACAATCTGGAGCCAGAAAGTATTAAATTCATGGCACGTGAAATCGTCATATTAAGGCGTTTAGATCATCCAAATGTTGTAAAGTTGGAAGGTTTAGTCACATCAAGAATGTCATGCAGCTTGTATTTAGTGTTCGAATATATGGTGCATGATCTTGCTGGTCTTGCTGCCAGTCCTGGAATCAAGTTCACGGAACCTCAGGTTGGTTATCGATACTGAATATTTAATCTTGTTTTTATAGCAAAATACCCAGGATACCTATGTGTTTTACTTTGTTACACTAGGTTGATATTGTTGCTTATAAAGCTAACATTGAACTTTGATATTATGCCAAGGATTTACTGTTAATACTGAATTAATACTTACTAGCAGGATGCTAAAATTGTTCATTTAGGTACCATCCAAGTTACCAGAAGTTTATCAGACTCTTAATTTATAGCGTGGGTCACATCTTTGCAGGCTTTGTATCTTTTGTACTATGATGAACACATGCATTAATAGTATCAAATTGCACTTCCAACAGGTTAAGTGTTATATGAACCAGTTGTTGTCTGGGTTGGAGCACTGCCATAATAAGGGTGTGTTGCACCGTGACATTAAAGGGTCCAATCTTTTACTGGATAATAATGGTATACTTAAGATTGCAGATTTTGGGTTAGCTACGTTTTATGATCCAAAACACAAGCACCCAATGACTAGCCGGGTTGTTACACTATGGTATCGGGCCCCCGAGCTTTTATTAGGAGCTACAGATTATGGCATTGGTGTAGATTTGTGGAGTGCAGGGTGTATTTTAGCAGAACTTCTGGCTGGAAAACCTATTATGCCTGGACGAACTGAGGTAAATGAATTTTCCCTCCCTTTTCCTTTTACTTTTATCCCGTGTCTTTTCTTTTTATTTCTCTCTTTTCCTTTTGTTTTTCTTTCGTCAGTTTGCTAAACAAGATTAATATCTTGATTCCATTTTTAAATATCAGTATTGTTTATATATACCAGTACTTTGGTACGTGCAATGGACATGCATATAAAAATGAACATTAATATCCCTATCAAATGAAATAAAATAAAATTCTCAACGAGAAAACAAAACATGGTTTAGAAATCTATAGTTTTTTAGTAGATATGAATTTGGATAATACAGGAATGAATGATATTAGATAGAAAATGAAAAAAAGTGATCGAGTTGAAATGAGATCTAGACATTTTTACTTACAACATCTCCAACAAAGGCTAGAGTCTAGACTCTAGATTACGAACACATAATTTTTTTGGTCCAAATCACAGATTTGTAATTTTGAGACCTACCGTTGGAGATGCTCTTAGAATTTATTTTTTTTCATAAACAATTTCTCTTAAGGGCATTTTGGGTGTTGCAAAAAAGCTTCACCCTGATGAACTAAATGCATTACATAATAGATAGATAAATATATGACTTTTATTGTCAAAATGCTATCGCTTAAGAATTAAATTTGAAATAGATTTAATTCTAGACGTCTCTTTCAGTAAGGGGCATAGTTATTAAGGCGCGTGCCTAGTCTCAAAAAAACCCAAGGCTCAAGGTTTGCGTCTTTTTTCAGTTTGAGTGCGCCTTTTTGCAATTTGAAGTGCCTTTTTGCAAAATTCAAATTTTAATTTACAAAATAATTAAATAAAAATTTTAAATTGTTAAATGGATTATAAAACAGGGTTTAAATTTTATAGTTAATAAAATATTTAAATAGTTGAATGAATTATAAAATATGGTTTAAAAATTAATTTGTAGTTAGTAAAATAGTAGATCAAACTAGCATAAAAGGCACGCATAAAAGCCCGAGGCTCAAAAAAGCCCAAGACTCAAGCCTTGTGTCTTTTTGCGCTTTAGCGCCTTAACTACCATGGTAAGGGGACTTAAATATGCCCTCATCTATATACCATTAACCACAAAATAGATGTGCAAGTTAAAAGTGTTGAGAAAATGGCTTGTACCTACAAAATAAGTGCAAACAGTTTAGATATTATACATAACTCAACCATCTCCATCACAATTGACAAATTAAGTATTGAGCTTTTAGTCCTCAAAAGGCCTCGATTCAGTATCAGAATTGCCTAGTCTCACCAATTGATTGTGTAAGCAAAACCAAAATTTCACAAGGTATGAATATTTTCTCTAGGGTGTTGCATGATTTGAGCATTAAGAGCATCGAGTATTTGTTACATGCTATTAATATCATTTTTATTGTTGAGATGCTATGAATGCCTAATAACTGCATACAGCATTTCCATTGTTGAAGATGGACCATCTGCAAGAACTAGTTCTTTATTGTTTGATTACTAGTTCCTTTCCCATGTTCTTCTATATTTCATTAAATTAGTATCAAAATTGGGAGCTAGATATTAAATGTTGACAGTCACAGTACAAAAATAGTATAAAAAGTGGTTTAATTGTATTATTGTCTAGTAGGTTGAACAACTGCATAAGATCTTTAAGCTATGTGGTTCACCTACAGAAGAGTATTGGAAGAAATCAAAGCTGCCACATGCAACAATATTTAAGCCTCAACAACCATACAAGCGTTGCATAGCAGAGATATTTAAAGATTTT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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	OVA15039.1	3.3e-230	Protein kinase domain
Swissprot	Q9ZVM9.1	2.3e-204	Probable serine/threonine-protein kinase At1g54610
trEMBL	A0A200QX40	2.4e-230	Protein kinase domain

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT1G54610.1	72.88	0.0	725		Protein kinase superfamily protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	bit score
AfisC8G05881	AT1G54610.3	472	122	3	78	544	94	564	72.88	725
AfisC8G05881	AT1G54610.1	472	122	3	78	544	94	564	72.88	725
AfisC8G05881	AT1G54610.2	473	122	4	78	544	94	565	72.73	721

Ortholog group

Species	Genes
-	-

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00069.22	Pkinase	Domain	102	386	235.0	8.4e-70

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005886	C	plasma membrane
GO:0002944	C	cyclin K-CDK12 complex
GO:0002945	C	cyclin K-CDK13 complex
GO:0009615	P	response to virus
GO:0005829	C	cytosol
GO:0004693	F	cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity
GO:0005524	F	ATP binding
GO:0005615	C	extracellular space
GO:0005730	C	nucleolus
GO:0005794	C	Golgi apparatus
GO:0006397	P	mRNA processing
GO:0007346	P	regulation of mitotic cell cycle
GO:0008353	F	RNA polymerase II carboxy-terminal domain kinase activity
GO:0016607	C	nuclear speck
GO:0019908	C	nuclear cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex
GO:0030097	P	hemopoiesis
GO:0030332	F	cyclin binding
GO:0043405	P	regulation of MAP kinase activity
GO:0043410	P	positive regulation of MAPK cascade
GO:0043484	P	regulation of RNA splicing
GO:0044822	F	poly(A) RNA binding
GO:0046777	P	protein autophosphorylation
GO:0048366	P	leaf development
GO:0070816	P	phosphorylation of RNA polymerase II C-terminal domain

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K08819	CDK12_13; cyclin-dependent kinase 12/13	EC:2.7.11.22 2.7.11.23	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network