result

Gene information

Detail information of Asa1G02039

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
Asa1G02039	chr1	542633871	542640312	+

Sequences

CDS

Protein

>Asa1G02039.1
MMESADIHIPNPSSLLTDEIESIKSVLGNLVSEEEIINILNFAGNNVDRAVNMLLDSQDSKHQVASAQTKNNCVDNLSSFECQNTFKMEDCKMGVVKDSSLIREVHAKSDLFDVGLKKDDSNKTSFDQNLDSICKAKASNKESNMDFDVICTNEEKGSKKDPILVCENKLQDKECHEMEEGSGDNSYILESKTNVVNKRFDRATVPKKAAYVESEGTMGISRSVPYLNPKPIRAMRPTVVDRRIQVVAEPDPAEFMPFPEEDDWFVVGRTYVAGLSTCSGRRKINENEIVYFSFPRTNLTKQHGKKWVKANDTSEIVRFSTKKSGQIGRLPPQWSKCLVPLVQSNKVMIRGRCVIAPLELSLMQEIVLYVSFYIHSSIFTKGDILSWKLQTSAPADYSSCPLPTLFRLLKLTPSQKAEFTPDELDTRKRTLSLRGTNDDDDSAIIVGLEKRRKCGPMNAEQSNDEQAIDEASLNKLIGTAEMYDLEEAEPPTTLMCNLWPYQKQALYWMTEREKGLDAEKTLHPCWAAYNISDKRASTIYVNIFTGEATIQLPSATESSRGGILADAMGLGKTVMTIALVLSKPRGKQEDYDKLDVIFEESNEIRTLSSIKGGTLIVCPMALLGQWKDELETHSKPGSISVFVHYGGDRTTDPRELAKHDVVLTTYGVLQASYKHVSANMSIFHKINWYRVVLDEAHIIKTPKAQVSQSAYTLTSYCRWCLTGTPLQNNLEDLYSLLCFLRVQPWCNWEWWNKLIQRPYENGEERGLKLVKGILRSLMLRRTKETKDRDGRQAIVFFSLPILVLPPASIQVVYCEPSQAERDFYEALFNKSKARFEQFSTQGTVLQNYASILELLLRLRQCCNHPFLIVNQKDQQNADLNNVAQQFLESRNRLSVAPPEAYVHEMIEGLKRGEATECPICLESASDDPVITPCAHRMCRECLLGCWSTPTGGPCPICRKDISTSDLILCPSELAFQVDVQNDWKDSSKVAELIKCINAIEESDSGEKCIVFSQWTSFLDLLEIPLTKKRIQFLRFDGKLTQKNRAKVLKEFNECTDKRVLLMSLKAGGVGLNLTAASSVFLMDPWWNPAVEEQAIMRIHRIGQKRQVVVRRFIVKDTVEERMQQVQAKKQRMIAGALTDDEVRNARIEELKMFFR*

Gene

>Asa1G02039.1
ATGATGGAGTCAGCAGATATTCATATTCCTAATCCTAGTTCTTTACTCACCGACGAGATAGAATCTATAAAGTCGGTGCTTGGGAATCTCGTTTCCGAGGAGGAAATCATTAATATCCTTAATTTTGCTGGAAACAATGTCGATCGTGCTGTCAACATGCTTCTTGATTCGCAAGATTCAAAACATCAGGTAGCTTCTGCACAAACAAAAAATAATTGTGTCGACAATTTAAGTAGTTTTgaatgtcaaaacacgtttaagaTGGAAGATTGTAAAATGGGTGTTGTTAAAGATAGCTCGTTGATCCGTGAAGTACACGCAAAAAGCGATCTTTTTGATGTAGGATTAAAAAAAGACGATAGTAACAAAACGAGTTTCGATCAAAATTTAGACTCGATTTGTAAAGCAAAAGCTAGCAATAAAGAGTCCAATATGGATTTTGATGTCATATGTACAAATGAAGAGAAAGGTAGTAAAAAGGACCCAATCTTGGTTTGTGAAAATAAACTTCAGGACAAAGAGTGCCATGAAATGGAGGAAGGAAGTGGTGATAATTCTTATATTCTTGAATCCAAAACGAATGTTGTCAATAAACGATTTGATAGAGCTACAGTTCCGAAAAAAGCAGCTTATGTTGAATCGGAAGGGACTATGGGAATAAGTCGTTCTGTTCCATATCTCAACCCTAAACCTATTAGGGCTATGAGACCTACGGTTGTGGATAGGAGAATTCAGGTTGTAGCAGAACCTGATCCTGCTGAATTCATGCCATTTCCAGAAGAAGATGATTGGTTTGTAGTAGGTAGAACTTATGTAGCGGGTTTGTCTACTTGTAGTGGTAGAAGAAAGATTAACGAAAATGAGATAGTTTATTTTAGTTTTCCCAGAACCAATTTAACTAAGCAGCATGGGAAAAAATGGGTGAAAGCAAATGATACGTCTGAGATAGTTAGATTTTCAACAAAGAAATCTGGGCAGGTTTGTTTCAGAAACCCTTGCTTTGGCATTGAATTCCTATGCTTATATGTGTAGTTAATTTTGTTTCACATACTGCTGCTTAGTGAATGACTTATACTATTAATTGTCTGTTTATGATTAACAACATAATGCAGTTCTCAGTTACGGTAGTGTGTTGATATGTTTACTGTGGTATGATTTGGATAAACATTTTTCCATTTAACTACAGATTTCATCAAATTCCGTCCAAACAATCATTCCATGCCCAATTTCTTGGGGATTATTGCCACAATTTTGCTTTAATCAGATGTCATTTTTTATCAATATTCTGTTTTAAAGCTTGTAATCACTTTATGAGTGTAGACTGTCTATCCTTAAATTTCCTACATCCGTATATTCAATCAAATTGGGTCTATCATTTTCATCGTAATAAGATTGTTTGATCTCAATAAAGTAAAAATGAAGGCATAAATTGTAATGGGGTTTTAGGGACACATTAAAAATAGTTTGATGTAATTATAATGTGGTTTaactgaacaataaaatctacagaGTTTATTTATATACTGAAAACGTGgtttgaaataatgaaataaataataatatatttgttgcttTTTATCATTACCTTATATCTCCATCTTTATAAGCAGATgccattaaaattaaaacaaccaaGTTATATGCTGTTTTGAACACTTATAAATTGTTGCTAGATAGGTCTTTCTTTTATGTGTATCTAAGTGTACTTTTAACCTTAAATTTTGCTGGTTGTAACAGataggtagacttccaccacagtGGTCAAAATGTCTGGTTCCTCTTGTTCAATCTAACAAGGTTATGATTAGAGGAAGGTGTGTAATTGCACCATTAGAACTTAGCTTAATGCAGGAAATTGTATTATATGTCAGGTAAGCTTGATACCTTCAGTTATCACAATTGTATCATAGCAAACATGCTATGCATGtcataacatacatatatgtgttttgCAGCTTTTACATTCATAGTTCAATTTTCACTAAAGGTGATATACTTTCATGGAAGTTACAAACATCTGCACCAGCTGACTATTCATCTTGTCCCCTGCCAACTTTGTTTAGACTACTGAAGTTAACACCATCACAGAAGGTTTTTTATTTGCTGATTATAGAATCATTCTTATGTTCAGAGGGTACAACTAACCTGATTTTGTTTACATATGATACAGGCTGAATTCACCCCAGATGAGCTTGATACCCGAAAAAGAACATTAAGCTTAAGAGTAAGAAAACTTCTTTGATTTGGtagatattaattttttttgtatatcatGTTTCTATTAACAGTCTAACTATTTAGGGTACTAATGATGATGATGATTCTGCAATAATTGTGGGCCTTGAAAAGAGGCGAAAATGTGGCCCAATGAATGCTGAGCAAAGTAATGATGAACAAGCAATTGATGAAGCTTCTTTGAATAAGCTTATTGGTACTGCAGAGATGTATGATTTGGAGGTAAATTGATTGCAATcaacatataaaatttcagttAAGTCTTAGATAGTGGACTGATATTTGTAaacatgtgtgtatgtatgtatgtattataacgACAGGAAGCTGAACCTCCCACCACACTTATGTGCAACTTGTGGCCGTACCAAAAACAAGCACTTTATTGGATGACAGAACGAGAGAAAGGGCTTGATGCTGAGAAAACTCTTCATCCTTGTTGGGCAGCCTACAACATATCTGATAAGTATGAATTTTTCTAAAAATGATAAATTGCTGTAAATTTAATATGTACTGATTTTTAAACATCTTGTTTGAACTAAATAGGAGGGCATCAAcaatatatgtaaacatttttacTGGAGAAGCTACCATTCAACTGCCTAGTGCAACCGAGTCCTCACGAGGAGGGGTAAGTGTGTAAACTTGAATAATGCAATTTGCAATAAATATAGATCTACCAGTGCCACATTCAAATGTGTTTAATTATGATACTTTAGACAAATAAGGAACATAATAGACTTTTTATGCTTTAGATTTTAGCAGATGCCATGGGTCTGGGCAAGACTGTAATGACAATTGCATTAGTGCTTTCTAAACCAAGAGGAAAACAAGAAGACTATGACAAGCTTGATGTTATTTTTGAAGAGTCAAATGAGATAAGAActttatcttctataaaaggaGGAACTTTAATTGTTTGTCCAATGGCATTGTTGGGACAGTGGAAGGTATCATTATCATAATCTCTGTTTTTATCAAAAAATTTAGTTCCTTTGTGGTAATTTAACTTTAAAACCAATGTATATTCCAAACTGCTTTGAATTACGTATTCCAGAATACATTTAGGCATTCATAGGTCATATGTACAAGTTTCATCTTAGATCTATAACTGGATGCATTATAAGTATAAATATAGAACGTACACTTTGACCTTATTTGCAACTGCAGTAGCCTATACAGACATGAATGTTTCTTATGGTGTTTATCATATATTATTTAGTACATATATAATACCTGAATACGTGATTATGCTTTAATCTGtcttataaattattggttaatctTCTTTATTATCCATTGACTAGACCTATAATGTGTTTGTATTCCAGGATGAACTAGAAACACATTCCAAGCCAGGTTCAATATCCGTCTTTGTACATTATGGCGGAGACAGAACAACTGATCCAAGGGAACTTGCAAAACATGATGTTGTTTTAACAACTTATGGTGTCCTACAAGCTTCTTATAAACATGTGtgttctagtttttatttttattgtatccTTTGAGCTTAGTTTCCCTTTTAACTTTACATATATGCTCTCTGTGCAGGTTTCGGCGAATAtgagcatatttcataaaataaattggtaTAGAGTGGTATTAGATGAAGCACACATTATCAAAACTCCCAAAGCACAAGTTTCTCAGTCAGCTTACACACTCACTTCTTATTGTAGATGGTGCCTAACTGGCACCCCTCTACAGGTTTGTAcccttataatttaatatataagaatttgcattataatatgAAATTACATGTTTATTTTTTCCACCAAACACATCCATTTGCTTTCAGATTATATTTGTAACCCGTATACAGTTTTCTTCTGGGTACATTTACAAACTAATGTTGATTAGTTACGTTTTTGTGCAGAATAATTTAGAAGATCTTTACAGCCTCCTTTGTTTCTTGCGTGTCCAACCATGGTGCAACTGGGAATGGTAAAACTGAACTGTGTTTTTTACTCACAATTTTCTTCAGTTTTTTTGGAAACTCCAATGGCCTTTTTGTACTTCTTTAGTTATTTTGATGATTACTTAAAATAAGATGTTTAACAATTTCTTCAACTGCTGAATTAGGTGGAATAAGCTGATTCAGAGACCTTATGAGAATGGTGAAGAAAGAGGTTTAAAATTAGTTAAGGGTATTCTTAGGTCTCTAATGCTCAGACGAACCAAAGAAACAAAGGATAGAGATGGAAGGCAAGCCATTGTTTTCTTCTCTTTGTACATTTTAAAGCTCTCTATTCAGTTCAAATAGCCAATTTTTCCTATACTTTCAGGCCTATTCTTGTTCTACCACCTGCTAGCATACAGGTTGTGTATTGTGAACCTTCACAAGCTGAGCGTGACTTCTATGAGGCTCTTTTCAATAAATCAAAGGTCAGACTGCTTAGCATTTAACTGTATGCTTGCACCTTTGAATTCTTGATATACTTATCAGTTTATCTGCTTTTTGATGCAAAATTCCACAGGCTAGGTTTGAACAGTTTAGTACTCAAGGCACAGTTCTTCAAAATTATGCTTCCATACTTGAGCTCCTGCTTAGGTTAAGACAATGCTGCAACCATCCATTTCTAATTGTCAAGTAAGCAAATCTCTATAATTATTCAATATCCTGATTATATCAAGCACTTTTGATGTAGATTGCTTGTGGTAAGCCACTTGGTTGTTGCCTAAAGATCTTGGGTTTAATTACTCATGACATGTATCACAACCTtaatattatgtgttgaataaaatatttaaatatgtaa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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020261399.1	0.0e+00	LOW QUALITY PROTEIN: putative SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 3-like 3
Swissprot	Q9FIY7.1	0.0e+00	RAD5 homolog B
trEMBL	A0A6I9R1K4	0.0e+00	DNA repair protein RAD5B

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT5G43530.1	62.98	0.0	1158		Helicase protein with RING/U-box domain

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
Asa1G02039	AT5G43530.1	913	298	16	258	1155	390	1277	62.98	0.0	1158
Asa1G02039	AT5G22750.1	938	390	14	262	1154	108	1028	51.81	0.0	962
Asa1G02039	AT5G05130.1	704	376	16	482	1146	195	849	34.09	2e-106	384

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g18857.t1
Allium fistulosum	AfisC8G03247
Allium sativum	Asa1G02039.1
Arabidopsis thaliana	AT5G43530.1
Oryza sativa	LOC_Os04g09800.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF08797.8	HIRAN	Domain	268	370	50.3	1.5e-13
PF00176.20	SNF2_N	Family	501	867	278.9	4e-83
PF13920.3	zf-C3HC4_3	Domain	914	963	35.7	5.1e-09
PF00271.28	Helicase_C	Family	994	1102	63.2	2.2e-17

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005515	F	protein binding
GO:0003676	F	nucleic acid binding
GO:0003677	F	DNA binding
GO:0004386	F	helicase activity
GO:0005524	F	ATP binding
GO:0008270	F	zinc ion binding
GO:0016818	F	hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K15505	RAD5; DNA repair protein RAD5	EC:3.6.4.-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network