result

Gene information

Detail information of Asa7G00673

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
Asa7G00673	chr7	205619866	205622854	+

Sequences

CDS

>Asa7G00673.1
ATGTTTAATTTTGAAAATCATTACATTCAAAATGATGGTCAAGAATTAGAAGCGAGAAATGAAACAGTTGCGAAGGACATTGATTGCAGTGATATACCCAGAAACAATAGTCTGGATGATGTTTTCATGGATATCGAAAAATTATCCGATGATTCATTTCCAGCTTTGTCAAATCTACCATCTGTATCACTTCCTTTGTTGTCCTCTCCAGCCTTGCATTGGGCTTATCAACCAGATCAGTTTGGCGAATCCAACATGTATCCCAACCCAGATGCTATGCTGCTGAGACCCAATAACCCGGTTGAGGAATCAGATCGTGATGCTCTTGATTTATGTGTTCCGGAAAATGGTTTCGATAACCTCTTCCAGTTGTCAGATGAATGGATTGTTAACTACCAAGATCTAGAAGTTCCAAATATCGATCAGTCTAGTAAATTAGTTGAAGAAAATGCTAGTGGTAGCGCGAATGCTAATTCCAGCCCTGATCCAGATCTTGCGAATATGTTCCTAGATTGGCTGAAATTTAACCGTGATTCAGTTTCTTTAGAAGATTTAAGAGCTATCAAGCTAAAATGTTCTACTGTTGAAAATGCATTTGCACAAGTTGGTAACGATAGAGAAGGAAAAAAGAAGCTTTTGCAGCTCGTTTTGACCTGGGTTCAGCAGTATAAACTGCGTAAAAATAAGCATGTGCAAGTGGAAATACCAAATTTCCCCTGTCCTAATTCTGAAGAGCATCAGTTTCAACATATGTGTGTAAATAGTCAGTCAGCTGCAAACCATAATATTGACCCTAACTGGAACTTGCCGCAGTCTATTGCTTTTTCAGTCAGCTCTGATTCGCCAAAATTGAATCCTCCAGTGCAAGAAAACGCAGGTATGGTTGGTAGCTCTTCAGCTACAAGAGAAGCTAGAAAGAGGAGAATGGAGCACAGGAGACAATCGTCTGCTTTCTATCGTCATAAAACAAAAGATAACAAGGTGGATTTATTGAAGCCTTTAAATGAATTGGGGAGCAGATTCTGTAAATATGCTAATAAGCTACACAATTTGAAGTTTGATTGTCTAAATAGATTGCAGAATCCAAATCCAGAAAATATAGCTCCTAATATGGTGAATGTGCAGGATTCTGCGGTTACTTCAACTGAGAAGCAGAAGGCAGGATCAATGGATTTGATATTTCTTTTCCAGAAAGCATTAAAGCAAAGCGATGTGGGCAACCTAGGAAGAATCGTGCTGCCGAAAAAGGAAGCAGAGAAGCACCTTCCCATGTTGGAAGAGAGAGGTCGGATACAAATGCAAATGGAGGACATCAACCTTTTCCGTACATGGGACCTTTGGTACAGGTTTTGGCCAAACAAAAGCAGAATGTATGTACTGGAGAACACAGGGGAATTTGTTCGATCAAACGAACTCCAGAAGGGGGATATCGTAGAAGTCTACTCGAATATCAAGAATGGCCAATAT

Protein

Gene

>Asa7G00673.1
atgtttaattttgaaaatcattacATTCAAAATGATGGTCAAGAATTAGAAGCGAGAAATGAAACAGTTGCGAAGGACATTGATTGCAGTGATATACCCAGAAACAATAGTCTGGATGATGTTTTCATGGATATCGAAAAATTATCCGATGATTCATTTCCAGCTTTGTCAAATCTACCATCTGTATCACTTCCTTTGTTGTCCTCTCCAGCCTTGCATTGGGCTTATCAACCAGATCAGTTTGGCGAATCCAACATGTATCCCAACCCAGATGCTATGCTGCTGAGACCCAATAACCCGGTTGAGGAATCAGATCGTGATGCTCTTGATTTATGTGTTCCGGAAAATGGTTTCGATAACCTCTTCCAGTTGTCAGATGAATGGATTGTTAACTACCAAGATCTAGAAGTTCCAAATATCGATCAGTCTAGTAAATTAGTTGAAGAAAATGCTAGTGGTAGCGCGAATGCTAATTCCAGCCCTGATCCAGATCTTGCGAATATGTTCCTAGATTGGCTGAAATTTAACCGTGATTCAGTTTCTTTAGAAGATTTAAGAGCTATCAAGCTAAAATGTTCTACTGTTGAAAATGCATTTGCACAAGTTGGTAACGATAGAGAAGGAAAAAAGAAGCTTTTGCAGCTCGTTTTGACCTGGGTTCAGCAGTATAAACTGCGTAAAAATAAGCATGTGCAAGTGGAAATACCAAATTTCCCCTGTCCTAATTCTGAAGAGCATCAGTTTCAACATATGTGTGTAAATAGTCAGTCAGCTGCAAACCATAATATTGACCCTAACTGGAACTTGCCGCAGTCTATTGCTTTTTCAGTCAGCTCTGATTCGCCAAAATTGAATCCTCCAGTGCAAGAAAACGCAGGTATGGTTGGTAGCTCTTCAGCTACAAGAGAAGCTAGAAAGAGGAGAATGGAGCACAGGAGACAATCGTCTGCTTTCTATCGTCATAAAACAAAAGATAACAAGGTGGATTTATTGAAGCCTTTAAATGAATTGGGGAGCAGATTCTGTAAATATGCTAATAAGCTACACAATTTGAAGTTTGATTGTCTAAATAGATTGCAGAATCCAAATCCAGAAAATATAGCTCCTAATATGGTGAATGTGCAGGATTCTGCGGTTACTTCAACTGAGAAGCAGAAGGTGAATTAGAGTTAACTTAAATTTTATGACTGTTGTGATGTAATGTCATAATGAATTAGGATTGATTGTGGTTTTTGTGTAGGCAGGATCAATGGATTTGATATTTCTTTTCCAGAAAGCATTAAAGCAAAGCGATGTGGGCAACCTAGGAAGAATCGTGCTGCCGAAAGTGAGCGAATTGATACGTGATttgatattccatttattttatttaccataaTTTCACCGCATGCATTTTTTGCATTGGCATTCATAACCTACTGAAATGTATATTAGTGCATGTCATGTGTATGATCCAAATTTCATTTGAAACATTCATTATCATAAGTCTAGATGGACATCGAATGTGCATGTGTATTAACTTGTTATCCAGAGTTTCCCGGCATCCAGCGGTATACATGTAGTATTATATATACATGTCCTGAAAAAGAGATCAAGTGGAAGATTATATTTGACATATGTTCTCAGTTTTATTCTTATTTGTTGATTGCAGAAGGAAGCAGAGAAGCACCTTCCCATGTTGGAAGAGAGAGGTCGGATACAAATGCAAATGGAGGACATCAACCTTTTCCGTACATGGGACCTTTGGTACAGGTACTTGTGTGCACACACGcatgttaaatatttttgtttgaaatgaagGATTTTGTTTATGATAAagaattgtttttttctttttaatatatctGGAAGCACATTCCCTTTCACCCTCTCCATCCTCCTTTTCTCTTCTCCAAGCAAATGGATGAAGTAACCACAGTTAAAAATTTATGCAGTCAGTTCCATTCGCTAATAGTTGAGATATAAGTGAATATCTACACGCACATAATGAAAACACCTATATTTAACAGTCATGAAGCAACCATACGACATCGTGActttcttaaattaaattaaaaatgcaattgAAGGAATTGGTATGCCTATTGAACCAAACCTCATTAGTTGTTAGCTTTGTGAAATTTCCCCATGAATCCCCTTTTTTTGATCCTGTATACATTTAATGTTGAACATGGCTCCTTCATCCAGGATTCAGCTAAGTCGACAAATAATTCGAGTTAGTTTGATGAACTTCCATTTGACCATGTTCTGTTACATGTTTTCTCATGCAGATACttaattttttaaaatgttttagtgTTCATAGTCCTTAGAGATGAAGTTATAGTTAGGTTATTTCACTTCCACCAATATCAACTGCTGCAACCTTTGGTTTTGGTTATGTAAGAGAATAAGAACTCCAATTGCAGTTGTAATTAGATGTGAGCCCCAAGTGTTAAAAGTGTTACATAACATTGCGTTTAAGTAgtaacatatatattatcattactCAACACTTGCCCATCAATATTTTCTACAACACTTCCTGTAAAATATGTATAACTGTTATAGAGCATGGCACATACATTGTGTCTCTGTGTGCATGTGATGTAGAGCGATGCAATGTGATATGAATATTCGAAGATTATCGTGTGACTTTGTTGACGATAGAGATGATGGCACACCAGTGAATAATACTAAAATTTCTTGgtatacacacatacacaaactCCATCCCACATGTGTGTGTGTTTGCGGttctattttcatattattatgatGTTAAAATATGTCTTGCTATCCAATCAGGTTTTGGCCAAACAAAAGCAGAATGTATGTACTGGAGAACACAGGTAGGGCAATCATATTTGTGAAGGCCACTTCAAAATAGTTTTACTTTAATCATATGACATTTACACCTGTTCCAAGTGCAGGGGAATTTGTTCGATCAAACGAACTCCAGAAGGGGGATATCGTAGAAGTCTACTCGAATATCAAGAATGGCCAATAT

Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	NP_001304177.1	4.3e-48	ABI3 protein
Swissprot	P26307.1	8.4e-41	Regulatory protein viviparous-1
trEMBL	Q5EC63	3.1e-48	ABI3

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT3G24650.1	41.86	3e-37	153	ABI3;ABI3;SIS10	AP2/B3-like transcriptional factor family protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
Asa7G00673	AT3G24650.1	215	102	5	298	489	452	666	41.86	3e-37	153
Asa7G00673	AT3G24650.1	84	45	1	146	226	224	307	42.86	5e-13	72.8
Asa7G00673	AT3G26790.1	99	44	1	392	489	88	186	54.55	7e-25	112

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g241353.t1; g241355.t1; g470921.t1; g470925.t1; g504021.t1; g504022.t1
Allium fistulosum	AfisC1G00220; AfisC1G00221
Allium sativum	Asa7G00673.1; Asa7G07411.1; Asa7G07412.1; Asa7G07414.1
Arabidopsis thaliana	AT1G28300.1
Oryza sativa	LOC_Os04g58000.1; LOC_Os08g01090.1; LOC_Os08g01090.2

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF02362.18	B3	Family	396	480	49.6	2.6e-13

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0003677	F	DNA binding

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K09287	RAV; RAV-like factor	EC:-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network