result

Gene information

Detail information of g146366

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
g146366	CHR1	233208328	233214081	+

Sequences

CDS

>g146366.t1
ATGGATTCGGAGACTGGACTCGAAGAATCCATGTGGCAGTTGGGACTAGAGCCACGTGAAACACAGTATCCGGAAAGGCAAGGCGAGCCTGATTGTAATTACTATTTGCGCACGGGCACGTGCGGATACGGTGAGAGCTGTAGATTCAATCATCCTCGCGATCTGGCGTTGATGAGTGGAGGTGGGAGAAGTAGTGCAACCGAGTATCCGGAGAGAGCAGGGCAACCTGCTTGCCAGTATTTTCTCAAAACTGGAAGCTGCAAATATGGTTCATCTTGCAAATATGATCATCCAAAGCTAGATGGCGGGTCCCAACCAATTTCTATCAATTCTTTTGGATATCCAATACGTCCGGGTGAAAGAGAATGCTCCTATTATGTTAGAACTGGACAATGCAAGTTTGGGTCAACTTGCAAATTCAATCATCCTGAGCCGGTAAGCACTCAGATTCCTTCTCTACCACCTGCATATTATCCAACAGTTCAAGCGCCTACTATTGCCAACTGGCAAGTGGCAAGACCTAATGTGTTCCCAGCTCAATACATGCAACCGACATATGGATCGATGATGATATCACCGGCCATGGTTCCAGTTTCGGGTTGGAATCCATACCAGCAGGCGCAATCCAGTGTTCAACTATCTCCTTCAGCTCCAGCATTTCAGGGGGCTTACACAACTGCATCTTCTACTGTAGGACCCTCTAGTGGTAATCAGAAAGAACACGTGTTTCCTGAAAGACCTGGTCTATCGGAATGTCAATATTACATGAGGACGGGTGATTGTAAATTTGGTCCAACCTGTAAGTACCATCATCCACCTGAGTGGAGAATGCCTAGAACCGACTGTGCCCTTAGCCCGGTTGGTCTCCCTCTTCGTCCGGGAGCTCAACCTTGTGCCTTTTACATGCAAAATGGAGTATGCAAATTCGGACAGACATGCAAATACGACCATCCAATGGGGTTATTAAGTTACAGTCCATCCGCATCTTCATTATCGGACATGCCCATTGCTCCATATCCAGTAGGGTATTCAATGGCTACACTGGCTCCATCTTCATCTTCTTCAGACCTGTACAATTCAAACAAGTATTCTTTCTCCACTCAAAGAGTTCCATTGACTGAATCCATGCCTAGTGGTTCTATTGGATCTATGTTCTCCAAGGGTGGTGGTGACTATCCCACGTCAACTTAA

Protein

Gene

>g146366.t1
ATGGATTCGGAGACTGGACTCGAAGGTGCTGATTTTCCCTAATTTTTCCCGGCTTTTTATGTTTATTTTGCTGCTTTTGCGTATTTCTAGGGTTCTTAACGTGCATTGCTTTTTTAGAATCCATGTGGCAGTTGGGACTAGAGCCACGTGAAACACAGTATCCGGAAAGGCAAGGCGAGCCTGATTGTAATTACTATTTGCGCACGGGCACGTGCGGATACGGTGAGAGCTGTAGATTCAATCATCCTCGCGATCTGGCGGTAAAATTTTGATCTTTTCCTTAAATTTGTTCGAATTTTTCGTAAAGTTGTATTCTTTTTGGGTTTTGATGTAAATAACGAGTTCGATGGTATTTAGTTGATGAGTGGAGGTGGGAGAAGTAGTGCAACCGAGTATCCGGAGAGAGCAGGGCAACCTGCTTGCCAGGTATTTCGTTGATTTTTGTTCATGGAAATTTTTTCTGACTTAATTTCGTAAATAGTTATTTGTATATGAAACTACGTTGGGACTCATGAATTCTCCAGCGTTAACTTTTTTCGAGTAACACCTAATAAGTGATAAAATTTGGAGAGCATATTTATTGTTATTGTTATCCTTATTATCGCATAAACTTTAATAACCATCAATTAGGCAGATTTGCATATTCTTACTGCTTTAAGCTTTTAAACAAATAACAACAAGACTGAGATATATGCTAAATTATCTGGATTCTGTTCTAGATAAAAAGGACTTAGATTTGTTTGTTGGATTGAATATTGGGTTCAATAAACATCATGTAAACAGGGGTTGATTTGATTTGTTTGGCATTTAGGTTCTTAAAGACATACCGAGATGCATAATCTAAAGTCACTCCACATTGTTTGGTACAGTTGTTGATCGGCATGTTTGAACCATTACTAGGAAAATTATAATTTGATACAGTTGAAGAAGAGTTTGTTGGTCTGTTACATCATAGCTTATAAAGGAAGTGGTTCACATAGACTCAATTTAAGCGGATAGTTATAAACAAATTTCTCCTGAAATTTACTCTTAGTTCTTAATTTCATTAATAATTATCTTGATGCCTCTTTCACTTCTGCTTTATTTTAGCCTATGTTGGCAAGCTAATAGCAGTATCTGATTCTGTAGATATGCACTTTAATTTGTTCATTTTATGCAATATATTGCAGTATTTTCTCAAAACTGGAAGCTGCAAATATGGTTCATCTTGCAAATATGATCATCCAAAGCTAGATGGCGGGTCCCAACCAATTTCTATCAATTCTTTTGGATATCCAATACGTCCGGTTTGAGCTTCATTTTGATTAGCACTAATTTTCACAAACCTATCTAATCCTTGTACATTTTTTATTTCATATTTGGTCATTTTAGTTTCTTTTTAATTGTACAGGGTGAAAGAGAATGCTCCTATTATGTTAGAACTGGACAATGCAAGTTTGGGTCAACTTGCAAATTCAATCATCCTGAGCCGGTAAGCACTCAGATTCCTTCTCTACCACCTGCATATTATCCAACAGTTCAAGCGCCTACTATTGCCAACTGGCAAGTGGCAAGACCTAATGTGTTCCCAGCTCAATACATGCAACCGACATATGGATCGATGATGATATCACCGGCCATGGTTCCAGTTTCGGGTTGGAATCCATACCAGGTTAGCATACACCGTCCTTTTGTCTTCCACTGTGAGATGTATTAGATGAATAATTTGCTTTAGTATGCTATAAAGTTCATATTGGAAGTGAGGTTAAGAGAACAAAAACAGTTTATCCTATTCCCAAGTTTTTCATTTGATGAGATATTTTTTTCCTCCAATCTTTTATACTGTTTTCTCGAGTATATTATTGAATAAATTTCCGATTCAGTGCCAATCATAGCTCTATTTTTCGACGGAATTATTTTACTGACCGTGTTTCTCTTTATGGTTAGTAAATTATTAACAAACGTTTTATGTGTACATATCCGACTATAAGTTTTCAAATTTCAATAATAAAGTGGCCAACATTTCATGGTATTCAACTTCAAATTCCCTTGAAAATATAAAGACTTAATTTTTTTATTGTTGTTGAATTTCAAAAGCAGCAGGCGCAATCCAGTGTTCAACTATCTCCTTCAGCTCCAGCATTTCAGGGGGCTTACACAACTGCATCTTCTACTGTAGGACCCTCTAGTGGTAATCAGAAAGAACACGTGTTTCCTGAAAGACCTGGTCTATCGGAATGTCAATATTACATGAGGACGGGTGATTGTAAATTTGGTCCAACCTGTAAGTACCATCATCCACCTGAGTGGAGAATGCCTAGAACCGACTGTGCCCTTAGCCCGGTTGGTCTCCCTCTTCGTCCGGTACTATTATTTCTCTTTTACTTGTGTCAAGCAATCACAATTTATAGCTTCCATATTTCCCAAAGTTACCTTCCAGAAGTTTTGTACACTCCCTTTTATTGCTTTTTTCATACCCATTTTCTGCTTATGCATAAAGCTAGCTATCATTCTTCAAATTTTGATATTGAGTTAGGATATATAAGTAATGGGCTAGAATTGCTTGTTTCTATTGGTAGTTTACTGGCTTTAAGACTTTAAAGTTTGAATGAAGCATTATATCATGCGTAGGTTTTAAATTTGCAACTATTGATATACTGTCACTTTACTAAATGAACATCTGTGTAAATGTGAAGATGAGATTCTGCATATTGTAATTGGTCCTTTGATATGTAGCGGTTCTTGAACAATCATATAAGAGATAGGTCTGTGCTGTCAACATATAAGCTTAACACCGCACATACTCCATGTCATCTAATATGAATGCCTATGTGTTAGGCTCAGGATACCTTGCACGGTATCAGTGTGTCGAGAATGATTTCATATTGAAAAGTAAATACCATTTGTACCTCTATAAATATGAAGATGTCACTCTAACCTTGACAATTCATATGTGATGGATAAGTTCTTAACAAGAATTTTTTTACAGCCAGTTTTTCTTTTTCCATTTTATTTTATAAGAATCCATTTCCTTCTTTCCATGCATGCATCTGTTTCAGGTATGGATATGTATGTACACGCACACATATATGTATCCTTCTTGTTTACATACATCTTAGCATAGTTCTAAAAGTTATGAACTTATTTATTTTAGTTTACTCTTTTACCTTTGTTTATTTGTTGTGAATTTCCATTTTTGTCTTTCCATGTGTGTGTTTTTGCATATATATCTTTCCATGTTGCTTACATATGTCCATAGTGTGTATCTAAGTTAGGACAGAAGGAAAACTTGATTAATTTGTATGTCTTGTTAATTTTTTTAGACTTTTGAAAGCCTAAATACACCTTAATGTTTTTCTAGTTGTCAGCTGGTGACTATGAAGACAGCTAGATAGATTTTAGAATTTTTTACATACCAAAATACAAGATATAGTATGTCCTAAAATTGCTTTGTTCTGCTTCGGATAATGTCTAGTGACATTTAGTCATTTCCCCCTAAATTTTGTTATACGTCAAAACCAGTTCTATCACTACTATTATCAAGTAATATTAGTTATATAACAATTGAGAATTAAAAGATTGTGATTGTTTATGTAAGGGTTTTGAATATAGTGGTTAGTGATAGATCTGCTAATGAGAGGTAAAAGTAGGCAAAGATGAGGGAATGAGTTTGACGTGGAAATCATAAAGCCGCATGGTTCAAGAATAGATGAGGCAAAAATTTGCTAATAAGACAGCCATTTTTTAAACATTCTTCTACTTAGTTTTGATATATTGTGGAAGACCCGGGTAAATTTTTGATATGTTGTTGATTGATAAGGCATGGACGAAGTCCATGAGTGATGAAATGTGGGATGGATAATCTGTTGATTGAGTTAATTTAAATCCAATAAAACATTTATGAATAAGCTTTAATCTGACAAATAATAATCAAATCTGTAAATAAAACTAGCTCTAACCAATTAAGTAGACTCATAGTCATAGGCAGAAAAGATGGAGTGGTTGCCATTAGGAGTAGTTTCTCTAGACTAGAACCTTTATTATGTGTCATTTAGTATTTGAATTATGTAGAAAAATTCCTTTGTAAAATCATATTATTTTTCTTTTTTTTATTTATATTTATCTTGACCTGATGCATTTTAAATATTAAATTACATCTTAACTGTTAGATTCACTTATTTTCTATTTACCTATGTTATAAAGGAGGAGTACCTATCTAGGACAATGGTTTTGTGAATTGATTATGTAATTGATAACAATAGCATACGTTTTAAGTATTTGTTAATTTTGAGCTTAGCAAGTTTATACCAAGGTGATTGACATTAAGCTTCAATTCTTTGTTATTCGATCCCTTTCACGAGTGTTGAATGGAATGTGGGCACAAGTATGGTTGGCATATGTAAAGAGTGTAACACTCTTCAGGCCATGTATACATCATATCTGTTCGGTTTCTCATACATACAATGGTCAAATAAATTTTATGTACTACTTTTGTTGAACTTGTTATTTCTAAATCATTGTCAGACAGTTGGTAGGCTTACTTATAAGTAACATCGATTCCCAGTCTGGGAAAGTATGGAAAATAAGAATCGGAAAACAAATGTACATTTTCAACATTGGCTCCACATATACTAGCTTTGTGGACGTCATACATGTGTTCGTAATGAGTCAGCACATCTATTTTCCCTGTGTAATTAATATTAAGCTTGTAAGTTTGGATGGAAGTATTATAAAATACTTCGCATTTGAAAGAGTTCATATTTATTGCTAGTTCTGAAACCAAATCAGTTGCTCTCAAGCATTAATCAGATTTAAACATCATCTAACACATGAGTAACCAATCATTTTCTCAATAATGTACTGTGAGAGGTTGTGAATGACAGTCCACCACTATGGTAGAACTACTGATATTTTTAGTGGAAACTAACATTGCAAAAGGGCAACTGCGTTCTCATTTGTTACAGACAAAAGTGAATTATCTATTTATAATAAACCCTCAGTTTGAAATTTTTGAATGGTTC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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020254840.1	5.5e-86	LOW QUALITY PROTEIN: zinc finger CCCH domain-containing protein 5-like
Swissprot	Q84W91.2	7.3e-51	Zinc finger CCCH domain-containing protein ZFN-like 1
trEMBL	A0A5P1FLP8	2.4e-83	Zinc finger CCCH domain-containing protein 58

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT2G47850.1	49.88	2e-110	395		Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
g146366	AT2G47850.3	425	175	10	2	395	23	440	49.88	2e-110	395
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g146366	AT5G18550.1	431	161	13	3	387	25	442	48.96	7e-97	350

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g146366.t1
Allium fistulosum	AfisC1G04087
Allium sativum	Asa4G00116.1; Asa7G04892.1
Arabidopsis thaliana	AT2G47850.1; AT2G47850.2; AT2G47850.3
Oryza sativa	LOC_Os01g15460.1; LOC_Os01g15460.2; LOC_Os01g15460.3

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00642.21	zf-CCCH	Family	28	53	37.5	1.4e-09
PF00642.21	zf-CCCH	Family	75	99	38.0	9.8e-10
PF00642.21	zf-CCCH	Family	119	144	37.7	1.2e-09
PF00642.21	zf-CCCH	Family	250	273	38.2	8.3e-10
PF00642.21	zf-CCCH	Family	296	319	30.2	2.8e-07

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0003674	F	molecular_function
GO:0003676	F	nucleic acid binding
GO:0003723	F	RNA binding
GO:0003729	F	mRNA binding
GO:0005488	F	binding
GO:0097159	F	organic cyclic compound binding
GO:1901363	F	heterocyclic compound binding

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network