result

Gene information

Detail information of g18857

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
g18857	Scaffold_12221:HRSCAF_137883	307960	314765	+

Sequences

CDS

Protein

>g18857.t1
MMESADIHIPNLSSLLTDEIESIKSVLGNLVSDEEIIKILNFAGNNVDRAVNMLLDYQDSKHQVASAQLKNNCINNLNSLECKGTFKKKDAKADVVKDSSLIREVNVKSDHFDVGLRKDENLTCETEFKTESVCKTKISNKESNMDFDVICTNEVEGSKKDPIFVSETKLQDKECHEMEEGSGDNSDILESRTNIGNKRFDRATVPNKVACNESEETLAISHCVPYLNAKPIRAMRPTVMDRRIQVAAEPDPAEFMEFPEEDDWWVVGRTYVAGLSTCSGRRKIDENEIVYFSFPKMNLMKQHGKKWVKANDMSEIVRFSTKKSGQIGRLPPQWSKCLVPLVQSNKVMVKGRCVIAPSELSLMQEIILYVSFYIHSSIFTEGDTFSWKLQTSAPADHSSCPLPTLFRLLKLTPSQKAEFTPDELDTRKRTLSLRGYNDDDDDSGIIVGLEKRRKCGPMNAEQNNDEQAIDEASLNKLIGTAETYDLEEAKPPTTLMCNLWPYQKQALYWMTEREKGLDAEKTLHPCWAAYNICDKRASMIYVNIFTGEATTRMPSATESSRGGILADAMGLGKTVMTIALVLSKPRGKQEDYEKLEVIYEESSEMRTLSSIKGGTLIVCPMALLGQWKDELETHSKPGSISVFVHYGGDRTTDPREIAKHDVVLTTYGVLQASYKHVSANMSIFHKISWYRVVLDEAHTIKSPKAQVSQSAYALTSYCRWCLTGTPLQNNLEDLYSLLCFLHVQPWCNWEWWNKLIQRPYEHGEERGLKLVKGILRSVMLRRTKETKDKDGRPILVLPPANIQVVYCEPSQAERDFYEALFNKSKVRFEQFSAQGKILQNYASILELLLRLRQCCNHPFLIVNQKDQQNADLNNVAQRFLESRNRSSVAPPEAYVHEMIEGLKRGEATECPICLESASDDPVITPCAHRMCRECLLGCWSTPSGGPCPICRKDISTSDLILCPSELSFQVDVQNDWKDSSKVSELIKCINTIEESGLGEKCIVFSQWTSFLDLLEIPLNKKGIQFLRFDGKLTQKGREKVLKEFNECTNKQVLLMSLKAGGVGLNLTAASNVFLMDPWWNPAVEEQAIMRIHRIGQKRQVVVRRFIVKNTIEERMQQVQAKKQRMIAGALTDDEVRNARIEELKMFFR*

Gene

>g18857.t1
ATGATGGAGTCAGCAGATATTCATATTCCGAATCTTAGTTCTTTACTCACTGACGAGATCGAATCCATCAAATCGGTGCTTGGGAATCTCGTTTCAGATGAGGAAATCATTAAAATTCTTAATTTTGCTGGAAACAATGTTGATCGAGCTGTCAATATGCTTCTTGATTATCAAGATTCAAAGCATCAGGTAGCTTCTGCACAGTTAAAAAATAATTGTATTAACAACTTAAACAGTTTGGAATGCAAAGGCACATTTAAGAAGAAAGATGCTAAAGCGGATGTTGTAAAAGATAGCTCGTTGATTCGTGAAGTAAATGTGAAAAGTGACCATTTTGATGTAGGATTAAGAAAAGATGAAAATTTGACTTGTGAAACTGAATTCAAGACTGAATCAGTTTGTAAAACAAAAATTAGCAATAAGGAATCCAATATGGATTTTGATGTCATATGCACAAATGAAGTGGAGGGTAGTAAAAAGGACCCAATCTTCGTTTCTGAAACTAAACTTCAGGACAAAGAATGCCATGAAATGGAAGAAGGAAGTGGTGATAATTCTGATATTCTTGAATCCAGAACGAATATTGGCAATAAACGATTTGATAGAGCTACAGTTCCAAACAAAGTAGCTTGTAATGAATCGGAAGAGACTTTGGCAATAAGTCATTGTGTTCCATATCTAAATGCCAAGCCTATTAGAGCTATGAGACCTACGGTCATGGACAGAAGAATCCAGGTTGCTGCAGAGCCTGATCCTGCTGAATTTATGGAATTTCCGGAAGAAGATGATTGGTGGGTAGTAGGTAGAACTTATGTAGCGGGTTTGTCTACTTGTAGCGGTAGAAGAAAGATTGATGAAAATGAAATTGTTTATTTTAGTTTTCCTAAAATGAATTTAATGAAGCAGCATGGGAAGAAATGGGTGAAAGCAAATGATATGTCTGAGATTGTGAGATTTTCAACAAAGAAATCTGGACAGGTTTGTTTCTAAAACCCTTACTCACACGTTGTTGTTTAATGAATGACTTATACTGCTTAGTTGTTTGTTTATGATTAACAGCACAGTGTAGTCTCACTTACAATAACATGTTGATATTTTTTACTGCAGTAAAATTTAATACAAACTTTTATCCATTTAATTACCACAATGACTCTAAATTTCACCAAACTCCTGGAAAAAAAATATGATTTTATTCCCAATTTACTGGAGATTGTTGGTACAATTTGCTTTAATCAGATGTCATTGTTCTGCTAATAATCAATTTCAAAGCTTGTGATTCCTTTGATGAGGGTAGGCCATCTATCCTTAGATGTCATACATCCATATATTGAATCAAATTGCATCCATCATTTTCATTGAAATAAGATCGTTTGGTTTCAGTGAAAATGAAGGCATAAAATTTAATAGGGTCAAAGGGAAGTTGTAATGTTCAAGTAGTTTAACAGAATGATAAAATGTAGAAGTGGTTATGTAATGAAGTTGAATTACAAAAAAAAGACATAGTTTGAAATAATGAAATAAATTGTGATTATCACCTTATATCTCCATCTTACAAGTAGATGTCATTAAAATTTAATCGAGTTACAAGTTGTTTTGAACACTTATAAATTGTTGCTAGACAGGTCCTTATTTTAAGTATGCCTATGTACACTTGTAATCTTAAATTTGGCTGGTTATAACAGATAGGGAGACTTCCACCACAGTGGTCAAAGTGTTTGGTTCCTCTTGTTCAATCTAACAAGGTTATGGTTAAAGGAAGGTGTGTAATTGCGCCATCAGAACTTAGCTTAATGCAGGAAATTATATTATATGTCAGGTAAGCATGATATCATCAATTATCACTATTGTATTACAGAAAATATGCGATGTGCATGTTTTAACATACATATATGTGTTTTGCAGCTTTTACATTCATAGTTCAATTTTCACTGAGGGTGATACATTCTCATGGAAGTTACAAACATCTGCACCAGCTGACCATTCATCTTGTCCTCTCCCAACTTTGTTTAGATTACTGAAATTAACACCATCGCAGAAGGTTTTTTATTTACTGATTATACGGTCAAACTTGCATTCTAAGGATCTAACTAGCTTGATTTTGTTTATATTTGATGTAGGCTGAATTTACCCCAGATGAGCTTGATACCCGAAAAAGAACGTTAAGTTTAAGAGTAAGAAAAGTTCTTTAGTTTGGTAGATATTTATATTTTTTCTATATATCATATTTTTTATGAACAACCTAACAATTTAGGGTTACAATGATGATGATGATGATTCTGGAATAATTGTGGGTCTTGAAAAGAGGCGAAAATGTGGCCCAATGAATGCTGAGCAAAATAATGATGAACAAGCAATCGACGAAGCTTCTTTGAATAAGCTTATTGGTACTGCAGAGACGTATGATTTGGAGGTAAATTAACTGCAATTAACATATAAAATTTTGATTAAGTTTCATATAGTGTATTGATATTTGTGAACATATACCATAATGACAGGAAGCAAAACCTCCCACCACACTTATGTGCAACTTGTGGCCCTACCAAAAACAAGCACTCTACTGGATGACAGAAAGAGAAAAAGGCCTTGATGCTGAGAAAACTCTTCATCCATGTTGGGCAGCCTACAACATATGTGATAAGTATGAAAATTTTACTAAAAATACACTAAATTTATGTAGGCTTGATATATGCTGATTTTTAAACATTTTTAATAGGAGAGCATCAATGATATATGTAAACATTTTTACTGGAGAAGCTACTACTCGAATGCCTAGTGCAACCGAGTCCTCACGAGGAGGGGTAAGTTTATAAATTAGAATTGCATAATGCAACGTGCTTTCAAGATTGTAATTTTACCGTGTTGATAAAATTTAACGTATATGATGTTAAAGATTTTCTATTGTCGCATTCAAATGTGTTCAGTTATCATACGTTGACAAATAATGAATCTAATAGACTTTTACTTCTCATTTATACTCCAGATTTTAGCTGATGCTATGGGGCTAGGCAAGACTGTAATGACAATTGCATTAGTGCTTTCTAAACCAAGAGGAAAACAAGAAGACTATGAGAAGCTTGAAGTTATTTATGAAGAATCTAGTGAGATGAGAACTTTATCTTCCATAAAAGGAGGAACTTTAATTGTTTGTCCAATGGCATTATTGGGGCAATGGAAGGTACCGTTATCATTATTTCGTTGTTCTTATCAAAAGATTTAGTTCCTTTGTGTTATAAACCAACTTTAAAATCAATGTATAATCAAAACTGCTTTGAGTTACATATTTCAAAATATATTTAGGCATTCATCGGTCATGTACAAGTTTCATCTTAGGTCTGTAATTAGATGCATTATAAGTTTAAATATAGAATGCACACTTTTAACTTGTTTGCAACTTCAGTAGCCTATACAGACATGAAAGCTCCTTATGGTGTTTATCATATATTGTTCAGTGCATGTATAATATCTGAATATGTATCCATGCTTTAATCTGTTTTATGGATTACGGTCGATCTTTCTTACTATCTATCAACTGCACTTAATATTGTGTTTGTATTCCAGGATGAACTAGAGACACATTCCAAGCCAGGTTCAATATCTGTCTTTGTACATTATGGTGGAGACAGAACAACTGATCCACGAGAAATTGCAAAACATGATGTTGTGTTAACAACTTACGGAGTCCTACAAGCTTCATATAAACATGTGTGTTCTAGTTTATTTTTTGGTTTAATATGTATCCTTTGAGCTTAGGTTCCTCTTTAACTTTACATATATACTCTTTATGCAGGTTTCAGCAAACATGAGCATATTTCATAAAATAAGTTGGTATAGAGTGGTATTAGATGAAGCACACACTATCAAATCTCCCAAAGCACAAGTTTCTCAGTCAGCTTATGCCCTTACTTCTTATTGTAGATGGTGCCTAACTGGCACCCCTCTACAGGTTTCTATACCTTATTATTTTAATAAATAAGAGTTTGCATTATAACATAAAATTACATGTATGTTTTTTCACAAAAAATATCCATTTGTCTTCTGAACTTCTATTTATGTGTATAGTAATTGAAGTTTCTAAACAGGTTTTCTGATTATATTCATGTATTAATAAAACAAAATACAGTTGTTTTCTTCTAATGCCATTAGCAAACTAATGTTGTTTTTTTTTTTTTTGCAGAATAATTTAGAAGATCTTTACAGCCTCCTTTGTTTCTTGCATGTCCAACCATGGTGCAACTGGGAATGGTAAACTTAAGCGTATTTTCTTCTTCCATCACTATCGTATACATTTTTCTTGATAAATCTACAATGGCTTTTTGTACTGCTTTAGTTGTTTTGATAATTACTTAAATAAAACAATTAACAATTTGTTCAACTGCTGACTTAGGTGGAATAAGCTGATTCAGAGACCTTATGAGCATGGTGAAGAAAGAGGATTAAAATTGGTTAAGGGTATTCTTAGGTCTGTAATGCTTAGACGAACTAAAGAGACAAAGGATAAAGATGGAAGGCAAGCCCTTGCTTTCTTCTTATTATGGATTTTTAAGTTTTACTCTGTTCAAAACTTTAACAAAATTTTCCTATACTTTCAGGCCCATTCTTGTTCTACCACCTGCTAATATACAGGTTGTGTATTGTGAGCCTTCACAAGCTGAGCGTGACTTTTATGAGGCTCTTTTCAATAAATCTAAGGTTAGATTGCTTAGCATTTTACTGTACTCCCTCAGCTTTAAATCCTTGGTACGTAATGCAGTAACTTATATCAGTTCATCTGCTTTTCCATGTGAAATTCTACAGGTTAGGTTTGAACAGTTTAGTGCTCAAGGCAAAATTCTTCAAAACTATGCTTCCATACTCGAGCTCTTGCTTAGGTTGAGACAATGCTGCAACCATCCCTTTCTAATTGTCAAGTAAGCAAATTACTATAATTATTCAATATCCTAATCATATTAAACACTCACTGCAATAATTATTTTATAATTAAAATATTAGCTATTAAGCATTTGTGTTGTGCTTATGGAAGTATTCAATGCTTATTACATTATAAATTCATGTAGTTCAAGAAATTCATGTACATTTAAAAGCAATTAACATTCAGCCATTAAAATCCTTGTCCAAAATAAACACAATCTTAAGATGCCAAAGATCACTTGTAGTGGTAAGACACTTGGTTGGTGCCCAAACATCTTGGGTTTAATCATCAATGACATGTATTACAATATTAATAGTTTGTTTTAAGAATTGAATAAAATGCTTAGGAGTGTAACTTATGCTTGTATATTGCTAAAACATACCGAAACAAACAAAGCCTGAAATAAATTCATGTAGTTCAAGAAAATGCCTTAATGATGATATGACTACCTGTATTTTACAGCCAAAAGGATCAACAAAATGCTGATCTAAACAATGTAGCCCAACGATTCCTAGAAAGCAGAAACAGATCATCAGTAGCTCCACCAGAAGCATATGTTCATGAAATGATTGAAGGTTTAAAAAGAGGAGAAGCAACTGAATGCCCAATTTGTCTTGAATCAGCATCAGATGACCCTGTAATAACCCCATGTGCGCATAGAATGTGCAGAGAATGCCTCCTTGGATGCTGGTCAACTCCATCTGGAGGTCCATGCCCTATATGCAGAAAAGATATATCTACATCTGATTTGATTTTGTGCCCAAGTGAGTTATCATTTCAAGTCGATGTACAAAATGATTGGAAAGATTCATCTAAAGTGTCTGAGCTGATCAAATGCATTAATACAATTGAAGAATCTGGCTTAGGAGAGAAGTGCATTGTGTTTAGTCAATGGACTTCTTTCTTGGATTTGCTTGAGATTCCTTTAAACAAGAAAGGGATCCAATTTTTGAGATTTGATGGAAAGTTAACACAGAAAGGTAGAGAAAAGGTTTTGAAGGAGTTCAACGAGTGTACTAATAAACAGGTAAATAGCTTATTTGATATCATGTACCTTTGTATCCAACATATGCATTAGCTTCATAATCATGACATGAGTTTATGGTATTGAATATCAGGTGCTGCTGATGTCACTGAAGGCAGGAGGTGTGGGACTGAATTTAACTGCAGCTTCCAATGTCTTCCTAATGGTAAATATTACTTTCTTATAAAGCATTCTTTATGTTTGTGTGAATACTTGATTGTTTCTGGTTTTAGAATATCCATGTGTTACCAAAAATGATTTAATTTTCAAATATGTGGTACTTCTGGCAGCAAAATATGAAACCTGCATTTCTGTATAGTACAAGGTTTATGAACACTTACAAACCATAATTGGTACTAAATTGTATGATAAAACCACTGTTTCCTTGATTAGTTATGACAAATTTTGCACTGAGATGTTTACTTCGAGTAATGCATGATACCCATTGGGAATCAAACTTGAGGTATTTTAGTCTGTCTGGTTGAAGTTATTGAATAGAAGCAATATGCAGTTTGCAATGCACAACTCATGGTTGATATATACATGCAATATACAGGATCCATGGTGGAATCCTGCAGTAGAAGAGCAAGCAATCATGAGGATTCATCGCATTGGACAAAAACGACAAGTTGTAGTCAGAAGGTTCATTGTTAAGGTAATGCAGCATATCGATAAAAAAATTTCTTTGTTCATGTAAGAACATTTCCATGTTATTGACATTATCTTATCATTGATTATTTTGCAATTTAGAACACCATTGAAGAGAGAATGCAGCAAGTACAGGCTAAGAAGCAACGCATGATTGCTGGAGCACTAACAGACGATGAAGTCCGAAATGCACGTATCGAAGAGCTTAAAATGTTCTTCAGATAG

Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020261399.1	0.0e+00	LOW QUALITY PROTEIN: putative SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 3-like 3
Swissprot	Q9FIY7.1	0.0e+00	RAD5 homolog B
trEMBL	A0A2I0WH41	0.0e+00	SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 3-like 3

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT5G43530.1	62.83	0.0	1188		Helicase protein with RING/U-box domain

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
g18857	AT5G43530.1	920	305	13	246	1148	378	1277	62.83	0.0	1188
g18857	AT5G22750.1	934	385	13	262	1147	108	1028	52.25	0.0	979
g18857	AT5G05130.1	691	369	17	486	1139	198	849	35.60	9e-108	389

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g18857.t1
Allium fistulosum	AfisC8G03247
Allium sativum	Asa1G02039.1
Arabidopsis thaliana	AT5G43530.1
Oryza sativa	LOC_Os04g09800.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF08797.8	HIRAN	Domain	268	370	51.0	9.2e-14
PF00176.20	SNF2_N	Family	502	860	291.5	5.7e-87
PF13920.3	zf-C3HC4_3	Domain	907	956	36.0	4.2e-09
PF00271.28	Helicase_C	Family	987	1095	64.8	7e-18

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005622	C	intracellular
GO:0005575	C	cellular_component
GO:0005623	C	cell
GO:0005737	C	cytoplasm
GO:0043231	C	intracellular membrane-bounded organelle
GO:0009507	C	chloroplast
GO:0009526	C	plastid envelope
GO:0009536	C	plastid
GO:0009941	C	chloroplast envelope
GO:0031967	C	organelle envelope
GO:0031975	C	envelope
GO:0043226	C	organelle
GO:0043227	C	membrane-bounded organelle
GO:0043229	C	intracellular organelle
GO:0044422	C	organelle part
GO:0044424	C	intracellular part
GO:0044434	C	chloroplast part
GO:0044435	C	plastid part
GO:0044444	C	cytoplasmic part
GO:0044446	C	intracellular organelle part
GO:0044464	C	cell part

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K15505	RAD5; DNA repair protein RAD5	EC:3.6.4.-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network