result

Gene information

Detail information of g198429

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
g198429	CHR6	54475526	54486778	-

Sequences

CDS

>g198429.t1
ATGAAATTATATGTAACATCCTTATCCGAAGGGCCGAAGCTAAGCACTACGAATGCTGCAGTCATCCATAATATTAGCTTCCGGGGGGACTCGCGGGCTCGAACACGCGAAGGCATCGCGTCGTCATCATCGAACGTGGAGGAAGGGGGAACTCGTGCTCGGCGGCAGGCCGATGGAGCTTCAGGCAAGCAACTCGTGTTTAGGGTTCGCGAGAGGGACATCGCGCTCTCGTGCGAATGGCGAATGGAAGTCGCGAGTTCATCGTTAAGTGATCGTGAGAGCTGGGGCCGGAAACGAGGCAGCAGCGACTTCGATCTGAGGAGGCGACGAAGCAATGGAAAGATCGGCTCATGCGGGGCCCTCTACCCTGCCTTTCCCTTTTCCCATTCTCCTCTTCCTCTTTACTTTTCAATTTTTTTCCCCCTTTTCCATTTCTGCGTGCTTTTCCAAAAGGTAAAAATCTTATTTGGGTTTTATTACGAAATGGAGCTTGGATTGAGTTTAGGCCTTGGTAGAAGACAAGAAGACGAAGAAGAAGAGCAATTTGTTAGAACCAACAATGGGAATTTGAATCTTAGTCTCCATCCTTTCGCTTCCTCTTCTAACAACAACCACCCTAAAATCGGATTTCCATGGAGCAATAATTCAAAGGAATCATCGTCGAGGGAGCTAGACATAAACATGACAGTGTCGGAGGCAGAAGGATCTCCGAACAGCAGCGCCGTCTCCTCTTTTCACGTGGATTTGTACTCCGCCGCAGCCGGAGGCGGAACGTCGGCCGTCGGCGACGGCGAAACAGAGCGAGCTACTAATTCTAGAGGGAGCGACGACGATGAGAATGGAAGCTCGAGGAAAAAGTTGAGGTTGTCCAAAGAGCAGAGTGCTTATTTGGAAGAGAGTTTTAAAGAGCACAGTACTCTTAACCCGAGGCAAAAGGTGGCTTTGGCAAAGCAGCTTAATTTGAGGCCAAGACAAGTTGAAGTTTGGTTTCAAAACAGAAGAGCTAGGACAAAACTGAAGCAAACAGAAGTTGACTGCGAATACTTAAAGAGATGTTGTGAGACACTAACTGAAGAAAACCGTCGGTTACAGAAAGAGCTTTCAGAGTTGAGAGCACTGAAAGCTCCTTCTAATCCTTTCTTCAACCACATGCCTGCAACCACTCTCTCTATGTGCCCTTCTTGTGAGAAAACTACAACTACTACTGCAACTAACCACAGTATTAACAGTGCTAATGGCAACGGTAATCATAGTAACAAGGTGAATGGAAGCTTTGGATCATTGTTTGCTGCATCTAAGGCCAGATTTTACCCTTTTGCTTCTCGTCCAGCAACTTCTCCTGCTTCTTGA

Protein

Gene

>g198429.t1
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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_026427318.1	2.0e-55	homeobox-leucine zipper protein HOX11-like isoform X1
Swissprot	P46665.3	1.1e-47	Homeodomain-leucine zipper protein HAT14
trEMBL	A0A4Y7LF52	1.4e-55	Homeobox domain-containing protein

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT5G06710.1	67.63	4e-61	232	HAT14	homeobox from Arabidopsis thaliana

>>>Show top 3 blast result

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g198429	AT5G06710.1	173	50	3	236	403	136	307	67.63	4e-61	232
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g198429	AT5G47370.1	264	95	11	163	409	7	254	51.52	1e-54	210

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g198429.t1
Allium fistulosum	AfisC6G05107
Allium sativum	Asa8G02135.1
Arabidopsis thaliana
Oryza sativa

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00046.26	Homeobox	Domain	284	338	55.2	4e-15
PF02183.15	HALZ	Family	340	374	40.3	2.4e-10

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0003674	F	molecular_function
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
GO:0006355	P	regulation of transcription, DNA-templated
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GO:0140110

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K09338	HD-ZIP; homeobox-leucine zipper protein	EC:-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network