result

Gene information

Detail information of g242991

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
g242991	Scaffold_56500:HRSCAF_439586	214410	223322	-

Sequences

CDS

Protein

Gene

>g242991.t1
ATGGGGACGGCGCAGAACCTGATTCCGATCCCCACTCACTCTCGATCACTTTCTCAGCCCACTTTCTTTAATTTGGACTCTTTGCCTCCTTTCAGCAGCTCTATTCCTTCGCCTACATCGTCTGCTGACGTGGCATTGGACGCTCCGATTCCACTGCAGCTTTCGAGAACGAACTCCGGTGGAGTAGTTGGTTCTGGAAGAGCTTCTGGTGATGGACTCCCCCCTAGGAAGGCGCACAGGAGATCTCAAAGCGATATCCCGTTTGGATTTCTCCAAACTTGCAGTGATAGTAATAATAATATTAACTCTGCATTATTGCCTCCTTTACCAAATAATCATCAATTTCCTAGTCATTTAATTTCTCCAAGAAGTAATTATACTGGGAAATTTGTAAAGAAGGAGACAGATAATGAGAGTAGTGTCGAGAGGGAGGATGACTTGTTTAATGCTTATTTAAATTTGGAGAATATGGATACTTTAAATTCGTCAGAAACTGAAGATAAGAGGGAAGATAGCAGAGCGAGCGGGTCAAAAACTATGGATAGCAGCGAGAATGAAGCGGAGAGTAGTGTTAACAGCGGAAGCAGCTTACAGTTGTTGAAGGATGGCAATAAAAGAAGTGCTGTGGGTGATCCAAGTCCAATTAGTTTGAGTAGTTCGCGCCATAATAGGAGTTTGTCAATGGATAGTTTGATGGGAAAAATGAATTTTGGGGATGAGTTGGTTAAAATGCCGCCTTCTCCTGGGGTTGGAGGCGGTTCACATTCAAGAAGTGGATCAATGGATGGGGTTACTAATTCTGCATTTAGTTTGGAGTTTGGAAATGGGGAGTTCACTGCTGCTGAGTTGAAGAAGATAACGGCAAATGAAAAGCTTGTGGAGATTGCCATGGCAGACCCGAAGAGAGTGAAAAGGTAGTTTCTTTGTTAACTTCTCTGGTCATTTATGTGTAATTTGATGGGGATATAGATATGAAAAAATGGAATAGGATCACCTTCTTCTTTAATACTTTACAAATGGAGGGATTTACCCATGAAATTTAGTCATTGGATTACAACTCTGATGGTTTGGGTTTAATAGGATTTTCTCTCTTTATATTTAATGCAATTCTGGATTGATTTAATCTAAACCATTGGGTGTCAAATTAAATGATTGAGATCTAGAACCTCTTATCTGATAAGTTTGTGGAATTTCAATAAATGTTTATTCTTCTTCTCTGTAATGATAGTCCTGGAGCCGGTCAGCAGTGTGAAATCACACCACAACCCTCACATCCACCTTACTATTTCCAGCAGCAAAAAACAGGATGTGCAGTTTTTCAAAACATACCACTGTTTTGATTCTTTCGTCATGCTAACTGAATTTTTCATGTGCATTGAATTTTTGCTGCTAGCATATGGCTATGACTGATTATCCTTTGTTACCTAATATGCGGATCGATAAAGTATATGGGATATAAACAAAAAAGGAAAACATTACACATCCGTAACGTAATATGTTCAAGTTTTTAAATCTTGGATTTTAGACGAAATCTCGGATTGACATCTCGGTCTATATCCGAGTTGAGATCTTAAGATCTAGGATGAGATTGGCTTGTCACAACTAAAAGACACGTTTGAAAGCTCGTCCCGTCCAAGTGTAAAAAGTGATTCTTGGCTGAAATCTCGGATGACATGAAGGAGCTTTAAAACTCTTGAGTATTGAATACGTTAGAAATATGCTTGGTTGAAACGCTTAGCGCGGACATACAACGCTTAGCCAGAACGGCGAACGAATTTCTAAAAATGCTCTCTTTACATATAAACATGCATGATATTGTTAATCAATACAAATATGTGAATATGAAGTAAAATCATTTTAGTATAAACAAACATATTGTCAATGTTCATGTTCAACTAGTTATAAGTTATAACCTAATACAATTGAAATCAAAACAAAAGTACATAACATTCAAATATTTTGGTCTAAGTACTAATGTCACTTTTCAATTTCTTTTATTAGCAATTTTTTTTAATACAGTATAAGTTGTTGAAATTCATAATAAAGTGAAATTATCTTTTTCTATATAGCATACTAATATGATACATTTAAAATGGCAAAATGAACCTTTTGTAATGTTAGAATCGAAGTTTTGGAACTCAAACTAAACTTTCAGTATGTCTGATTCAACGATTTGAAGTATAAAAATCAGTGTTTCTAATCGTATGCGCACAACGTTTTAGGTACCCTTTGCAGCAATTTTTACTCAGTTTGAGTTGACGTCACATCCAATGCCTTTGATGCACGCACGTTGGCCTCACATTTGGTCCGTTTGAATGAAGCGTTGGTGCGAACGGTATATTTCTCAACGTTCACCGGTCAAAAAACAACCCTATAAATTATCCACTCTCTTCTTCTTTTTCACCAACGTCAACCAAAGAATCCGAAAATCTAAGCAAAAAATCTGAAAAAGGCAATCCGAGTTTTGAGGTAATTTTTGTTACGTTCTTCTCTATCTCATTTCCATCTTTGTATTCCGTGTTTTATTTCTATTTTTATTTCAATTTCTAGTGCTTAATGAAAATTGTCCTTTTTAATTGCTATTTTTCTAGCGCTAGCATTTCATAGTTTTATAATTCATCTAACTATATTATTTACAAATAATTAAAAAAAAAACTTACTTGTAGCGAAATGATTAAAATACTCTTTTTAAATATCTCTTTCGTAACACAAGAATGCATGCTCCTTTCGTTAAACATTCTCCTTTCGTACCCTTTCAAATGCCCCTTTCAAATTCTTATTTCATTTAACATAAGCCAAAGTGAATTGTGATAATGACCGCTGGATTGTTTTTATATGGGAATTGAAGTGGGAAGGTGAGACAGCCATCATCAGGTTTTGGGAGGAAAGTTTCCACCGCCCTAATAGTTCTATCACACCCTTGTATTACCTTCTTTACCTATGGACAGACAGTGCACTGAAAACTGGTTAAAGTTGTATGTGTGTGCAAGGTCACATTCAGACTTTTTCCTATGGAAGAGCAACAATATTGTGTGAATCAAATGTATGTCAGCCATGAACTTGCATTTCTATTTGTTAATTGATCAAAACAATAGTAGTATTAACTGCTCAAACTCAAATCCAATTTTAGTATCAAATGAATCACAGTTATAAACCCCACATATGTTAAACATCTTGCATGTCAACATATCAAACTATCTTGCAAATCACATTGAGCTTTAATCCAAATTACATATTATGGGTAGACATCAATTTTCATTTTACTTATTTCAGCAACCGAGCATTGATAATATAGATTACCAAGGTTTTATCAGGGAACAGAAAAAGCCCAAACAAACATGAAAAAGTTGTCATTTTAAGGCATCGATAGGCTAAGGTAGAAAAGATAGAACATATATGGGTATTTTGGTAATTGCATGCTGAAAATAAGGGAGGGCAACTGCCTTCTCTTCCGTCAATGTGCAACTACCACCGTATGTGTGCTGCGTTTTCTTAGATTAAGATAAACGTTTAAACTGTTAGATCTGACTCAGTGGAAATGGTTGTAAATTTAAGCTAAATTTGCTGCCTTGTGCCAGGATACTAGCCAATCGTCAATCAGCTGCTCGTTCTAAGGAAAGAAAAATGAGGTACATTTCAGAATTGGAACACAAGGTGCAAACATTGCAGACTGAAGCAACGACATTGTCTGCACAACTGACTATGTTTCAGGTAAGATTCATCTGCGAAGCAACATGTAATAACATGTACTTTTTATGCTGCGACCCCATAAGTTTCAAGTAAGATTGCTTTTGCTTTTAACCAGCGATGTGTCCATTCTTGTAGGTGTAACATATGAACTCATGATTTGTTTTTCTCTTCACTTGCAGAGAGATTCTGCTGGCCTTGTCAGTCAGAATAATGAATTGAAGTTTCGCCTCCAAGCAATGGAGCAACAAGCACAACTAAGAGAAGGTAATTTCTTGTCTTAAACTCTCTTTTTCATTACCATCCTTTACCACTTATTTACTAACCAATACGTTCTTTTAAAAAATAAAAATAAAAAATTAAATATTTTGGTGCAATTTCAAATACCCGGGGAGCTCTTTATGGAAAAGGACATAATCATGTTGCATAATGTTGGTCATGATAAAAAGATCTTACCATCATAAATATTTACCATCAGGGTTTCAAAACCCTATACAAAAATCATAATGCGTAAAGTTCAAGCTTTCATTCATATCCAGATCTTTCATCTTAGGTTCAAAGACTTCATATTTTAATGTCTGTATGCTTGCAGATTAGGATTTTCTTTCTTTCTGTAGGTTATCAAAAGATAAATATGTATGTATTCGCAATTTTATGCCTTTCTACATAACTTTGGTAATCATTTATTAATACCTGCAGAAGTTTTAATGTCTTTATTGCTTTTACGATAATATTGTGGTTGTTTGAGTGCAAAGACTTAGTTTTCTTGACATCATGTTATAGTGTACGTTCTCTAGTAAGTGTGAACAATTACATAATCGAAAACATGTCAAATTTAAACCTCTTTGTTATGCTCACCCACATTGATATTCTAAACCCATGTATTTTCTACCTTGAAAATGGCACAATTTTCTATAAATAAGTCGGATTTAAGATCTTTTCATTATTAGATCGCTAACGTTGTAAGCTTTCAAATAATATGCATTGTTGATATATGAAAACCAACTTTTGAACTTGTTTTTTAAAGGACGAGATTCAATCGCACTAAAATGATGCGATAATAATTGAACAACACTAAGACGATGATGTAATATTTTTAACTGCATCAAAGTGGCGAAGCACTGATTTTAACTGCATTAGAGTGATGAAGTAACGATTTTAACTCCATAACCGTGATTTTTTATATATTTGTAAATGCTAGAGTGATGGAGTAATGAAGCTTCATTAAAGTGACAATTTAATATTTTTAAATTCACCAAAGTAATAAAGCAAGCATGAAAATAGCGAAGCTATGGTTTTAAATGAATATTAAA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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_010923730.1	3.4e-100	probable transcription factor PosF21
Swissprot	Q6S4P4.2	1.3e-35	Transcription factor RF2b
trEMBL	A0A6I9RB88	2.5e-100	probable transcription factor PosF21

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT4G38900.2	53.10	3e-102	369		Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor family protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
g242991	AT4G38900.3	435	151	15	13	414	96	510	53.10	3e-102	369
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g242991	AT4G38900.1	441	151	16	13	414	96	516	52.38	5e-100	361

Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g242991.t1
Allium fistulosum	AfisC2G07731
Allium sativum	Asa5G03259.1
Arabidopsis thaliana	AT2G21230.1; AT2G21230.2; AT2G21230.3; AT4G38900.1; AT4G38900.2; AT4G38900.3
Oryza sativa	LOC_Os08g43090.1; LOC_Os10g38820.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00170.18	bZIP_1	Family	301	359	36.4	3.6e-09

Gene Ontology

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GO:2001141	P	regulation of RNA biosynthetic process
GO:0140110

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network