result

Gene information

Detail information of g25103

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
g25103	CHR4	239193448	239205515	-

Sequences

CDS

Protein

Gene

>g25103.t1
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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020254963.1	2.7e-277	squamosa promoter-binding-like protein 1
Swissprot	Q9SMX9.2	4.7e-194	Squamosa promoter-binding-like protein 1
trEMBL	A0A5P1FKZ9	1.9e-277	SBP-type domain-containing protein

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT3G60030.1	43.60	0.0	704	SPL12	squamosa promoter-binding protein-like 12

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
g25103	AT3G60030.1	938	456	17	10	905	20	926	43.60	0.0	704
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Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g25103.t1
Allium fistulosum	AfisC4G01208
Allium sativum	Asa4G01108.1
Arabidopsis thaliana	AT2G47070.1; AT3G60030.1
Oryza sativa	LOC_Os01g18850.1; LOC_Os01g18850.2; LOC_Os01g18850.3; LOC_Os01g18850.4; LOC_Os03g61760.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF03110.11	SBP	Domain	104	177	100.9	3.1e-29

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0003674	F	molecular_function
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
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GO:1903506	P	regulation of nucleic acid-templated transcription
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GO:2001141	P	regulation of RNA biosynthetic process
GO:0140110

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
-	-	-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network