result

Gene information

Detail information of g25990

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
g25990	CHR5	186708798	186710224	-

Sequences

CDS

Protein

Gene

>g25990.t1
ATGGATATCGTTGGCAAGTCTAAAGAGGACGCTACCCTTCCTAAAGGTATTTGCATTTTTTCTTCTATTTTTTTTTTTTTTTTTCATTTGTAAAACAGATATCTTTGGCGAGTCTAAAGGATGTTCATGGTTTCGTTGGCAACATTTAACTTAGGGATTTAAGTAAATATATAAAAATAGATTTTAACCTGATTATTTGTGTAAACAGCACGCTCGTCACAACCTTATTATGACCAATTGCTGATTGTACACATATTTATGCATAATATTTTTTTGCCTAAAAGTTGATTTGGTAAATTCCAATAAGTTATGGTTTTGGCTGAAAATCTGGAAGTTCTTAATTGATTGTGTATATGCCTAAGCATGAAATACCAAGCCTAGAGAAAGTATGTATGTACACAAAATATCTCAATTTGACGGTTAATTTAATTTAACGAGACGCCATTATCTTATTTGTATGAGATAGTAAATTAACGCAACATACGTTTACTATTTCAGCAACTCTTTGTAAGATCATAAAGGAGATGTTGCCCCCTGATGTGCGTGTAGCTAGAGATTGTCAAGATCTTCTTATTGAATGCTGCGTAGGTAAGGATTCTAGATTAATATGCACAAATGAAATGCAAATGAGTTGCACCTATCCTTTATGTTCATTATTTTTTCTTTTGAAATGGGGCATAGTGTCATTGTTTCTTCAAGCGATGTTATTAAGGAATTTTATAATATGCGTCTCAACTTCAAAATACAAATAAGCAACTTTCCTATTTTTCAGCTAGACTACTTGTGCACTGTCTCCAATATTTGTATTGCATTTGCATATATGAAATTTTGGTCATGTTCCCTTAACAAGTGGACGTGACTTGTATATTATAAGTTTGATAGGGATATTACAGTCATAAAGCTTGAATTGACTCCAATATGAGGGTGATCAAGAAAAATGACCAACATGAAATTAATGTTATTTGCAATTGCAATTAACCAAGTGAAAATATTGTCTAAATTTGCAGTTTTTTATAGATTGCATTTATACGAAACTAGTGTATAGGCATGCACGATATGTAGATGCATGCATGTGATGAGGTGCTTGATGTTTTCAATTGATGAAAGCTTTCCAAATGCACAAGCTATCTAATTTAGATTGATTTAAATTGAAAAGATACGGTAACTACTCTAAAAACCATCAATTAGGATAAAATATATTTTTTTAGTTTGGTTATTACAAGGAAAACCTTTCTATTGGCCAATTTGATAAATACCAACCAATTTACATTTATGTGCTCTGAGGGCCTACATAGGGAAACGTACAAAAACAAACATCTAACTCTTCTTTATATTTCCTTTTAAGAACACTTCATTCTTGTTTAGTTATCCTTTCTATCATGGAGTGAAAGTCAACCAAATATAGAATTTTGTGTCTGTATTAAAGTTTTAAAAGCATAAGCGTACTCAAGATGTTTTTGACCTCCTGTGGCCAGACATAAACTTTGAAACACTGGGGCATAAGTCTTTTAAGTGAACATCAAGACGTAAGTTAATACTCACTATTATTAGTTTCTAATTAATAAACGACAGTTAAATAATTAAAAGTATGAAAGTATGAATAACATTTAACAAATAACAATCAGTTTACAAAAATGGACCCAAATTACTCAGTTTGTTCAACTAATTTTTTTAGCTTTCACCAGTAAACATTTTACTTCACTACTTGAAAAAACTTTCTTTTGGTTACACAACTTGTTTTATGGTCTCCGTCATCTCTCTAGTAAGTATTCTCTCATCTTTATTTCCTTTTTTTCTCCTATTTCATTCTTTCCCTCTTTTTTTTTATGAAAACTTTATTTCTTTTGTTTAACTTTTTTTTTGCTGATAAAATCAATTTTGAACTGGAATCAATTTTCGAAATTGGCTTTAATGCTAGAGTTGATATCTGAAGTCAACTCCAATTTGGAATTGATTTTTGACACTAGGGTTTCTAAAAATAGCAAATTAGGGTTTTTAAGTCACATACCTCACCCATTGAAAGCATCTGAAGTGTAGAAAAGCGTACACCTTCCACGCCTCTGATGATGGAAGCGTGCGATTCAGAGGTATTACGTTTTTGCAAGTGTACGTTGAGGTGATACAACCACTACATCGCCTTGAGGTGCGCCTCAAAGCTTGCCTCAAATTAAAACATTTGTTTGTATTGTTTTTGATAGCTGTAAATGCATGCGAAGATGAATTTGAATATTACCGATAACAAGAAATTTAAATAGTTAATATTATATATTATTGGTGATATATTGTTTGATACATCCAATATCAGACTTCAAACACCACTTCTATATGTCAGTTAAAATATTGATCACCAAAATTTGTGATATATCAGTGTTTTTGTGGATGTTTGAGTTATATTTGGACCAATATTTGATGTAAATATCGGTGAGTAATCAAGTCACACGGATTTGTTGTACATGTCACCAAACAATCTAACTATTACTTAAAGTGGTAAAAGGATAATATTTTTATCTTTTATTATTACCATAATTTACATATTTTACAATTAAAGATATCAATATTACTTTGACATCACACCGGTATTTTCAAATACCGCAAACGGTCCTTAGCCACTAAGACGATATTGACTGCTTAGCAAATTTTAATCCGTATATGATAAGATTGGATCTGAGAATCGAATAGTAGTGTATCTGTATTTGTTGAAGTTGGACTCAAATACGATTATGGCGTTTTCAAATAATACCAAATTTTAGTTTAACAGTGATACAAAAAAGAATAGAACAAGAATAAACATGTATTAAAAGATGACAGAATTCTCCACAACCTAATCATAGAACAAGAATGCTACTCCTAAAAAATATGTTCGTAGTTTGACAAGAGATAGTATGAGGTGTGACTGTCAAACGGGTTGGGTTGGATCAAAATGGGTTGGGTCGAGTATGACCCAACCCATTTATGATCCATTCTTTTTTACCCATATATGACCCAACCCATTTAATAAGCGGTTTACCCATTTAAATATTTAATTTTGATTTGACTAATAAAAAATATAAAATTTCTAACTTTTTTGTTTTGAATTACGATAAAAATTTAAAATTTTAATTCTAATTTTTATCAAAATTCAAATATGGGGATGTGGTAGCCTGGAGTACAACTATCAGTCCCCTTAGAGAACTGCACTGTATGTTCACAAGATGAAGTATCCGAGTGTTACATACTGTCTGTAATTTAGGTGGGAGTTCATAGGTCGAAGTCTCGCCTGATTCCGAGTAAGTACGAAGAAGTTATTGCGGTCTGAACAAAAAAAATAGCGGCTTCTGCACTATGCGGAGTTCAAATATGGGGATGTGGTAGTCTGTTATTTTCTAAGTACAACTGTCAGTCCCATTGGAGAACTACAGTGTGCGTTTACAAGATAAAGTATCCGAGTGTTATATACTATCCGTAATTTAGGTGAGAGTTAATTTGTCGAAGTCTCGTCTGATTCCGAGTCAGCATGAAGAAATTATTGCAGTTTGAATAAAAAAATAACGGCTTCTGCACTAGGCGGAGTTCAAATATGGAGATATGGTAGCCTGTTATTTTTTAAGTACAACTGTCGGTACCCTTGAAGAACTACAGTGTGCGTTTATAAGATGAAGTGTACGAGTGTTATATACTGTCCATAATTTAGGTGAGAGTTAATCGGTCGAAGTCTCGCCTGATTCCGAGTTAGTATGAAGAAGTTATTGCGGTCTGAACAAAAAAATAGCGGCTTTTGCACTAGGCGGAGTTCAAATGTGAGGATGTGATAACCTGTTATTTTCCAAGTATAACTGTCGGTCCCCTCGGAGAACCACAATATGCGTTTGTAAAATCAAGTGTCCAAGTGTTTCATACTGTCCGTAAGTTAGGTGGGAGTTAATCGGTCGAAGTCTCGCCTGATTCCGAGTTAGTATGAAGAAGTTGTTGTAGTCTGAAAAAAAATAGCGGCTTCTGCATTATGTGAAGTTTAAATACGAGGATGCAGTGGCCTGTTATTTTCTAAGTACAACCGTCAGTCTTCATGAAGTACTATATTGTATGTTCAAAATTCCTTTTTTTTTAAATTTATGTTAAAATTTAATTTTTTAATAAATGGGTAAATGGGTACCCACTTATAACCCTTTTAAAAATGAGTCAACCCAACTCATAATTCATTTAATAAAATCATAAATGGGTTGACCCAATCCATTTTAAAGTAGGGTAAATGGGTTGGGTTGATGGGTCATATTTTGACAGGTCTAGTATGAGGTATATACATGAGTTGTCGACCCAACATGCTATCTCTTATTAAACTTTACAATCACATTTTTAGTAAGTATAGCATTGTCTATTATGGTATGTGGTAATACCTAAGCTACACTTGATGTTTAAAATTTTAACTAAAGCCATGAGTGATTGTAGGATTCACTTTCAACAAGTCAATATTTGTTGTTTTCCTAAACAAGAGTATTTTGCATAACATTAAATTTGTTCCTTATTCAATCTCATATTCTGATTGCAGTTACCGTTCAAATTTAATTTGGATTATCTTCAGCTTGAATTTAATTAAGATAAGATTGCTTCGAAGCTCTAAAAATTTACCTTCTTTTCCCACAAAATAAAAACCAACTATGGAAGAAACAAAATGCTAGGACAATATAAAACGGAGGTACTCTAAAATGTTCTTTGTTATAGCATCCCCTATTTAGAAGCCTAAAACTAACGGCTACGGTTGCTGCAGTCATCCATAGTTATTAATCATCGGCGATCAAATACGGTAATGTTAGATATATTGTATAACAGAAACACATGGATATTGAAAATTTTTAAAATTAACAAACAACTTTCTCATTCCATTTCAAAATATTTCAAACGTTGCGCCTGCGCTAAATGCATATGGGCCACTATATCATAGGTCTTTCACTCTCCTGAATCAAAACGGAAGGAGAACTCACTGTCCAAATGGAGGGACAGGGGATCGGAGAGCTCCGGACATCTTT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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020241968.1	2.4e-57	protein Dr1 homolog
Swissprot	P49592.1	1.8e-54	Negative cofactor 2-beta homolog
trEMBL	G3MR92	7.6e-58	CBFD_NFYB_HMF domain-containing protein

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT5G23090.4	77.46	3e-61	231	NF-YB13	nuclear factor Y, subunit B13

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
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Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g25990.t1; g426591.t1
Allium fistulosum	AfisC3G04608; AfisC3G07149
Allium sativum
Arabidopsis thaliana	AT5G08190.1; AT5G08190.2; AT5G23090.1; AT5G23090.2; AT5G23090.3; AT5G23090.4
Oryza sativa	LOC_Os08g29500.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF00808.20	CBFD_NFYB_HMF	Domain	12	76	63.0	2.2e-17

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
GO:0005622	C	intracellular
GO:0005575	C	cellular_component
GO:0003674	F	molecular_function
GO:0003700	F	transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
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GO:0005634	C	nucleus
GO:0043231	C	intracellular membrane-bounded organelle
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GO:0031326	P	regulation of cellular biosynthetic process
GO:0043226	C	organelle
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GO:1903506	P	regulation of nucleic acid-templated transcription
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GO:2001141	P	regulation of RNA biosynthetic process
GO:0140110

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K21751	DR1, NC2-beta; down-regulator of transcription 1	EC:-	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network