result

Gene information

Detail information of g409759

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
g409759	Scaffold_77936:HRSCAF_461022	75820	93900	+

Sequences

CDS

>g409759.t1
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Protein

Gene

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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_010918622.1	0.0e+00	lysine-specific histone demethylase 1 homolog 3
Swissprot	Q01H90.1	1.3e-292	Protein LSD1-LIKE 3
trEMBL	A0A8K0N4R3	0.0e+00	Lysine-specific histone demethylase 1

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT3G10390.1	68.73	0.0	1026	FLD	Flavin containing amine oxidoreductase family protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	bit score
g409759	AT3G10390.1	726	219	5	195	920	60	777	68.73	1026
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Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g409759.t1
Allium fistulosum	AfisC1G04415
Allium sativum	Asa7G04472.1
Arabidopsis thaliana	AT3G10390.1
Oryza sativa	LOC_Os04g47270.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF04433.14	SWIRM	Domain	226	303	42.4	5.9e-11
PF01593.21	Amino_oxidase	Domain	330	758	296.9	3e-88

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
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GO:0051276	P	chromosome organization
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GO:0032502	P	developmental process
GO:0035601	P	protein deacylation
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GO:0043170	P	macromolecule metabolic process
GO:0043412	P	macromolecule modification
GO:0044237	P	cellular metabolic process
GO:0044238	P	primary metabolic process
GO:0044260	P	cellular macromolecule metabolic process
GO:0044267	P	cellular protein metabolic process
GO:0048608	P	reproductive structure development
GO:0048731	P	system development
GO:0048856	P	anatomical structure development
GO:0061458	P	reproductive system development
GO:0071704	P	organic substance metabolic process
GO:0071840	P	cellular component organization or biogenesis
GO:0098732	P	macromolecule deacylation
GO:1901564	P	organonitrogen compound metabolic process

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K11450	KDM1A, AOF2, LSD1; [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase	EC:1.14.99.66	Thermogenesis	ko04714

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network