result

Gene information

Detail information of g83425

Location

Gene	Chr	Start	End	Strand
g83425	CHR1	345293551	345308991	+

Sequences

CDS

Protein

Gene

>g83425.t1
ATGGCGAGTGAGGAAGAAACGAGTTGCAAAGCAGAAGCCCCTTCCACGATCCTGGAACAGAACCTTCCCGAAGAATTAATAGCAAAATCGATAGCTCCGGTAAAAGCGGAGCACCTCCTCCCTCCGTCCACGACAAGGCTGCGATTGAGTGATGACAAAGTAGGAGTGGATGATGACTCTAAGGAGAGAAAGGGGTCTACTGTTTTAGCTAAAGAGAAGAAATCAAAACGACAAGCCAAAAGAGACCGTCGTCAGGTGAGTGTTAATTGCTTTGAATTTTGAAGCTTGGTTTGTTGTTTATGTAATGTAAAGCTGAAACAGATTATAGAAATAAACACCAAATTGCTGAAGCATTGATAAAAAAACAATGCACAGAGAGAATAGGAGCAAGCCGACTAATATGTTATGTAAATGAATTTCAGAAGGAAATAAAGAAAAATATCATGGAATAAACATAAAAACATGAGGTCTCTTATTACTTAGATCGGTTGATAACATATCATCGATTAGCTTCTAGTATTGTTTAGATGCAGAAAAGCCTGAACTTACAGTCGGAAGAGCACCCGTGCACCTTTCAGTAGTATAAGGCGCAGATGGTGTACAAGGTGCAAATAAAGCGCAAATGAATTATACAGTCCAAGATAAAATTTGGGCTCTAACCCCAAAAGCCAACCAAATTTGCCTTTTTCTCTACCACATACCCAAGTTTAAACTTAAAATTAAGTATTTATACTGTATATTTACAAATTTTTGATGTCATTGTAAGTTCTTATTTTGTTTTTGCTGAACATGATATTCTATTCTTAAAATTGCATGTATATGCATTTTTCTAAAGTTCAAATCTTAATTGTAGTAGCAGTTTTAACTGCATAATTTTGTGCAAAGGATACAAAAAGTGACGCTCAAGGCGCACAGAAAAAAACAAGGTGCTAATAGGCACAAGCCTAGTGCTTTTTTTGCTTTGAATACTTTATCGGCAAATTATAACCTGTCAACAGTATATCACCTGTTGTGAAAAAAGAAGAAGACATCAGTATTGTAGTGTAGAAAGATAGCATATTGGGCCAGCAAAATATTGTCGAATGACAAAATATCAGCGACCCATTTGGGTAATACGATTTATTACATTGGGTATTACGAAACAAGTAAGAAATAGAGCAAATAAGAAAACGATTGAGTAAAATGGGAAGGAAATTAGGGTGCATTAGCACCATTTTTGTTAATATAACATATTAATGTTGTTTCAGTTACGAGAATGGGTACTCTACATGGTATTAACTTAGCTTATGGTTGAAATTCAAATTGTTGGAAATGCGAGCACACTCACAATAAACTATTTAACTTTATCTTAAGATTAGTAACCATTGCCTCAGCCATTTCTTCAAATTTCCGCCACTGTTCACGACAAGGTCCTCCTCTAGACGTCTTATTTGCTTTATGAGGTAACCTTTGAAAGTGCTAAAGAAATAACCATATCATATGTAGACCTATCAAAATATGACCCGATTCATTAACTCAACTCATTTACCCTACTTATAAATGAGTTAGGTCAACCAATTTATGAATTTAATTAAATGAGTATGGATTGGGTTGATCCATTTTTAAAAGAGTTATAAATGATAATCCATTTACTCATTTATGAAAAACTTAAAATTTGAAAATATACGACAACAACAACACCATTATACCCAAACAAGTTGGGGTCGGTTAGAGATGGAATCCGAAACTAAATGACAAAAGTAATTTAAATGTTATAACAATAACAATAACAACAACAATAATAAAATAAAGTCAAATAAATAAATTAATAATAATAGCAACTAGGTAAAATAAAAAATAAAAATAAAAATACATATGTATGTAAAAAAATGATAACAGTACAAATAGTAATAATGGTGCTGATGGTAATATTGATCAAAGTCCAAACGCTACGTCTTAGACTCTTTTTTCCTAATTCTATAATCTAAAATTTATAAAACTCATAGCTCATGATTCTGGTACGTGGATCGCTAACTTCCACGCGCTTTTATCCGTTACCAGCTCTTTGGATATATATTCCAACCCTTCGAGTCCCTTTTAACCACTTCCTTCCATTTCAATCTTGGTCGATCTTTACCTCTCTTTGAGTAAACGACGGGCCTATAATTCCAACGCGAGCAGGTGCCTCAGGCGGCCTTCGTTGGAGACGTCTAAACCATCTTAAGCGATGTTGAATTAGCTTCTTCTCAATTGGTGCTACATCAAGTTTTTTACGTTCTAATTCGATCTCTTCTTGTATGACCGCAACTCCATTGCAACATACGCATCTCTGCCACGCTTATCTTCTGAACGTGTTGGTTTTTTGTAGGCCAATATTCTGCACCATACAACATCGCATGTCTAATTGCCGTTCTATAGAACTTTTCTTTAAGCTTCTGTGGGACTTTCTTTTCAAAGAGAATGACAGATGCCTGTCGCCACTTCACATATCCTGCTCGAATTCTAAAACTAATATCTTTATCAATCTCACCATTACACTGCAGCATTGATCCTAAATATCGAAAGGATTTCTTCTTAGGAACTATTTGTCCTGCCAGAAAACATCTTCATTCTCTGATCTGACACCGCTGAACTCACATTTCATATACTCTGTTTTAATTCTACCAAGCCTAAATCCCTTAGATTCTAAAGTCTGTCTTCACAGCTCAAGTTGTCTATCAACTCCAATACTACCATCATCAATTAGCACAATATCATCAGCAAATAGCATACACCAAGGAATCACCCTTTGTACTTAGAAAATATAATTTTGAAAATAATAATTTTGAACACACGTTGTAGTTTTCCATGAAGACTGACAGTTGTACTTAGAAAATATCAGGCTATCGCATCTTTATATTTGAACTTCACATAGTGCAAAAGTCGTTATTTTTTTTGTTCAGGGTGCAATAACTTCTTCATACTAATTTGGAATATAACGAGACTTTGATCGATTAACTCTCATCTAAGTTACGGACAATTTGGAATACTTCGATACTTCATCTTGTGACGCACACCGTAGTTCTCCATGGGGACCGACCGTTAGAAAATAACATGCTATCACATTTCTATATTTTAACTTCGCTTAGTGTGGAAGCCACTATTTTTTTTTCAGACTGCAATAACTTCTACATACTAACTCAGAATCAGATGACACTTCGATCGATTAACTCTCACATAAATCACGGACAATACGGAACACTCAGATACTTTATCTTATGAACGTATATTATAGTTTTTCATAGGGACTGACGGTTATGCGTAGAAAATAATAGGCTAGCACATCCCTATATTTGAACCCCGCTTAGTGGCAAAGTCGCTATTTTTTTGTTCAAACTGCAATAATTTCTTCATACTAACTCGGAATCAGGGCAGATTTCGACCGATTAATTTCCACCTACTAAATTACGGACGATATTGAACACTCAGATACTTATTATTGTTAACGCACACTATAGTCCTTCATGGAGAATGACAGTTGTACTTAAAAAATAACAGACTACAACATCCTCATATTTGAACCCCATCTAGTGCAGAAGCCGCTATTGTTTTGTACAGACTGTAATAACTTCTTCATACTAACTCTGAATCAGACGAGACTTTGACCGATTAACTTCCACATACATTACGAACAATATAGAACACTCGGATATTACATATTGCTAACGCACAATGTAGTTCTTCATGTAGAATGACAGTTGTACTTAGAAAATAACAAGCTAGCACGTTCCATATTTGAATTTTAATGAAAATCGGAATTAAAATCTTAAATTTTGATTTTTATCGAAATTCGAAACGTAAAAATTAGGACTAGAATTATTTTATATTTTTTTTGTTTTTTATTAGAAAAATCAAAATTAAATCTTTAAATGGGTTAAATGGGTAACTTGCTTATTAAATATGTTGGGTCATAAATAGGTCAAAAAGAATGAATTATAAATGGGTTGGGTCAAACTCTACCCAATTCATTTTCATCCAACCTAACCCGTTCGATAGGTCAACCATATGGTTAATTGCTTTTCTTTATTGGGTTAGCCAATAGGTCAATCATATGGTTAATTGCTTTTCTTTATTGGGTTAGCCAAGGGAAATATCTGTTACTTTTCTTTACTGAATTAGCCAGGAAAACCCTATATATATATGCTTATTTCAGATATTGGACTTACACAGAACTCTTAGGGTCCAATGTCAATTCAAATGTCTTTATCCACTTGATATAAGCATGCCACAAACCATAAAAACATAATTTTTAACTTTTCTTGCGATTCTGTACATGACACAGGAACAAAAATCTGCATCAAACATATGCCCTGAAGTAGCAAAATATGGTAAAAGTGACGCATGTCGGTTTGGTCCTGCTTGCCGTTTCAACCATGACTTGGATGCTTATCTGGCAGAGGTATAAGTATCTATACACTCATGAATTTTTATGTGATATAAATGTAGTTCTAAATCAGAACTATACAAGTTCCATTGGTAAAAGTAAAAATGATAATAATAATATGCAGAAACCAGCTGATCTAGATGGATGTTGTCCTTTCCTCAAAAATGAGAAGTCATGCCCTTATGGTATAACTTGTAGATTTTTTAATACGCACATGGAAAATGAACTGTCAGAAAGTCGTATTACTTCAGAAAGGAGCATTGAGATAAATCATTTAAAGAAAGATGTTCAAAAGCTTCTGTGGAAAAATAAAGCCAGCTTCCCAAAAGCCGATGCACAGCTCAAATTGCTTGGACTAAGGGTATGTGATGATTGGATATTCTTATTCCCATGTACACACACATACATACATATATAACACAAAAATAAACGACTGGCTTGGTCTATTCATTTATGAAAAGTGGCTAATGCAATCATTAACGAATGCGGGACTATTAGGGTATCTTGTTCCTATCAGGATATTATATTATGTTGGACAAACACTTAATTTGTGCTTATAGTCAAGCTTCACTCACAGATCCAATCATCGTGGATTTTC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Functional annotation

Database	accession number	e-value	annotation
nr	XP_020261250.1	1.1e-254	tRNA-dihydrouridine(47) synthase
Swissprot	Q7XT07.2	4.0e-225	Zinc finger CCCH domain-containing protein 26
trEMBL	A0A8B7BMV4	1.3e-244	tRNA-dihydrouridine(47) synthase [NAD(P)(+)]

Best hit in Arabidopsis

TAIR id	% identity	e-value	bit score	gene aliases	Short description
AT4G38890.1	57.62	0.0	792		FMN-linked oxidoreductases superfamily protein

>>>Show top 3 blast result

Query id	Subject id	alignment length	mis matches	gap openings	query start	query end	subject start	subject end	% identity	e-value	bit score
g83425	AT4G38890.1	689	248	12	24	703	38	691	57.62	0.0	792
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Ortholog group

Species	Genes
Allium cepa	g83425.t1
Allium fistulosum	AfisC1G00080
Allium sativum	Asa7G00741.1
Arabidopsis thaliana	AT4G38890.1
Oryza sativa	LOC_Os04g02730.1

Pfam domain

Pfam ID	Pfam name	type	alignment_start	alignment_end	bit_score	Evalue
PF01207.14	Dus	Family	354	622	187.9	2e-55

Gene Ontology

Accession	Ontology	Name
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GO:0140098
GO:0140101

KEGG pathway

KO	Name	Enzyme ID	Pathway	Pathway ID
K05544	DUS3; tRNA-dihydrouridine synthase 3	EC:1.3.1.89	-	-

Expression pattern in different tissues

Expression pattern in BioProjects

Co-expression network