Gene detail

Detail information of GWHGAAEX015466/evm.TU.scaffold_67.64

Functional Annotation

Database	Orthologs	E value	Annotation
nr	gi\|695055517\|ref\|XP_009415943.1\|	0	PREDICTED: U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein [Musa acuminata subsp. malaccensis]
Swissprot	tr\|Q9M8X2\|U1148_ARATH	1.00E-112	U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein
trEMBL	tr\|M0TWM3\|M0TWM3_MUSAM	0	Uncharacterized protein {ECO:0000313\|EnsemblPlants:GSMUA_Achr9P01660_001}
TAIR	AT3G04160	5.00E-112	Unannotated protein

Location And Transcript Sequence

Scaffold	Start	End	Strand
GWHAAEX00000065	3339302	3379803	-

Transcript Sequence
>GWHTAAEX015466 TTCAAACTGACACCTTTCGTGTTTGAGGTTAGGATCAGGACGACGAGTAGAAAATGGCTTGATTGAGCAAGCTTCTTTCTCGACCATAAATCGTCGATGAGCAAAAACTTGAAAGAATAGCTTTCGTGGATAAGAGGAGAATGCGTGAAGAGACACTACATATACCCTAAGAAATAAAAGTGGAGAGGTTCGCACCAATGGTAAGCAGTGGTAGAGGAAGGTGATGACCAAGCTTGTAGTTCCTGAACCTTGAATCACTGATAAGCAGAAACTTGAAGAATATTACCCACATATTTTTGACCACATGAATATTACTGTGGATAGTTAGCATTATCCTTTGGCCCCAATCTGCTATATATATAGGTTCCTCCAGGTCGAGTCGTTGAGATCACCGTCGCAACGGTGTTCTGAATTTGGTAAGGCGCTGCCTTCCCGGTGTTCATGGATATCAGTTGCCATTCTTTCGAACCACCCTCCCCCTCCTCCCCCTCCTCCCAGCAGTTACACCATAAAACTACTGTTCACCCTGACCCTAGCCACTCGTCCTCTGATCTCACTGGAACCATCTCCCTCATAAAAAACCTCACAGGCCTCGCCGAATCCTCAATAAATTCCATTTACGAATTTCTCTCTTTCACCCCTCCCTCTTCCTCCTTCGCTACTGACTGCCTTGGTCTCTGTCCTTTCGACTCTCGCCATCTCATGCCTCCGGAATCCCTCTTCCGCCATTCCCTCACCTGCTCCTCCGGCCCTGGCACTCCCCTTTCGGATCTAGGGTTTCTTGATAGCCTCCGATATCCTAAATCTCTCAAGTCCGAGGAAGAACTCCTGAAGGAGAATCTTTTTGTCCGTCCCCTTCCGGAAGCTGAAGCCGACATCTGCTTCTCTCTTGAAGGCGAGCTCGGGGAAATTGATTCAAACTTCTTTTATAAGGACTGCCCCGGCGTCGTTGCTTCTCCTGAGCCGGACGCAGCTGGCAGAACCTTTACGCTTCCTGCCATTTTATCGGAGGAGTGCGCGAACTTTATTAATGACTTTGGCGAAGGCGGTGGGGATTTGGAGCCAAAGATTGGGATCCTTCCATCAGATTTTTGGGCTTTGAGATCCGAGCTTAAAAGGTGGAGCAATTTTCCCGTAGCATATTCGTGCACGGTTCTTAGGGTTGCTGCGGGTTTGCAGAAGGCTGACGAGTATAGTTTGAAAAGATGGGCAATTTTGAACTCGCCTAAATTTGGAATTTTGATTGATGCCGCATTAAGGGATCACGTTTTCCTGCTCTTGAAGCTCTGCCTAAAGGCAGTAAGAAGAGAAGCAGTTTGCTTTCTCAAGTTGGTTTTGAAGAAAAATGGGTTTTTTGATCCAAGAGCAGTTAGTTGTGAGTGTCCAAGATTGGTTAGCAGTTTAACATGGTTGACGTCTCAGATTTCTGTTCTATATGGTGAAGTGAATGGTAAACTGTTTGTGATGGAATTGCTCAAGGAGTCATTTTTACTTGCTGGAAGAAGTTTGATGTTGTTTGGGAGGAAGGAGGAGAATGCCACAAGAGATGCAAAAGTGATGGCCAGTGATTCAGAGTGCAGTGGCAGGGAATTCAAATTGGAACTGTCTAAGCTTGTGGAATACTCGGAGGTGAAAGGACAGAAACTTTCTGAATATTCATGCGGTGGCAAAGTATTTGTATCTCAAGTTGCATCCGCAATTGCTGCATTTCATGAGCGATTCCAGTTGGAGCAAAGAATTAAAGCCCTTCGGTTTATCCAACCACTGACTAGATTGCAACGGATAAATGAATATATATCAACATCTACTAGGGCATCCCAGGAAATAGAAAAGCGCCCCAATTATAGACCATTATTGGAACATGATGGCCTTCTTTGGCAGCGCTCGAACAAACATGACTCTGACAAATTCAAAACTAGGGAAGAGCTATTGGCTGAGGAAAGAGATTATAAACGGAGAAGGATGTCATATCGGGGGAAGAAGGTGAAGCGAAATCCCATTCAGGTCTTACGTGATATTATTGAAGAACACATGGAAGAAATCAACCTGGCAGGAGGAATAGGTTGTAATGTGAAATTGACCTCAGAAAATGCTGTCATCCCTTCATTTGAGCTACAAAGCAGTTTAAATGATGCGTATGAATTCAGAATCAAGAAGTCACTGCATTATGCAGGTCATTTGGCAGCAAAACCGCATGGATATTATTCTTCAAACGATGGATCAAGCATCAGCTTATTAGCAAAAAATCATCATGAAACACACTATGAATTCTATGACGATCAACATAAATCTGAGAAATGCTATCAAGAAACGCCAGCCTATAATAGGTCTAGAAGCTCCTCATACCACAGTAGTTATCCTCACTCAAGTGAGAGACATTCAAAGCAAATGGATCGACCCAATTGGAGGCCACTTAGGGACAAGTATGACAGGATGGGTTCTAAAAGCTCATATAGTTCTGAAGATTATAATAGTAGATCAACTTTGACCTCAAAGCCTCAGGAGGGTACAAGATATGGGCACAATTGCACACCGAATTCTAGAAGAAGACATGACATAAAATCTTCTGAGAAGCAGTGGATGGATTCCAGCAGTTGTGATACGTTTGAGGACAGATATGATCCTTCTCGCTCATATGACAACTGTGATACCTTCTATGAAGGATCTTCAGCAGGAAGCCATTAACCCTTCTCAAAAACTGCTCAGCCTCAGAAATGACACTCAGTATCATGATGCACAACAAAGGTCCAGCCCACATATTTTAGGCTATACGTGTGATCACTATAATACTGCAAGTCTTTCTTCCATACATGAATGTTGCTTGTTTGCTGTGAGATATTTTGTTGATGTATCAGTGGAGCACCATCTAAGCTTGGCTCAGGATTTTTCTACAGCTGTATCCTCTTTTGTATCCTCAACGTTTCTTTTTTATTTTTTTCTTGATATGCTCTAATCTCTTATGAACTTTCCCTTTGTTTCTCTGTAATACTGATGTTGAATGTTTTTCCGTTACAAGTAAAAAATTCATATTATCTGCTGCATGCTATTATTTTTTGTTTGTTCCATGGCATAGCCTGCATAGTAATTTTTTGCTATTTGTCATCAGAACAATTGAAAGTAAAGTAAGGGCATTGAATTGCATAAAAATTCAGTTAACATATTTGTTAGACAATATAAAGATCATTGTAGTTTTATAATAAAAAATCAAGGACAATCACAATTTATTTGGCATCAGCAAGGTTTGTTGATGTAGATCATCATCCACAAATTTTAAGAATATATTCTAGAAAATCATGCGTGCTTAATTGATGTAGTATTGTATTGTAAATTTCACCTAAATTTAAAACTCAAATTTTGATGGGAGATATTTATTTTCTTGGCAATTCCATTATTATTGGCATGGTAGTAAAACTAAATATTCTCGCTCAAAATTTAAATTCAAATCTGAAAATTGAAATGTAAAAATTGATTTTTGGAGGAAAATAATTTTAATTTGGAAATGTACTTTATTTAAAGAAAAATCAAGTCAGTATTTGAATTCATATTCTCTCTTAATTGACTCGTTGACTTATCCTCTTAATAAAAGATTTTTTCAATTTTTCTTTATTAAGCCTTCCAAAATATGAAATTAAAATTTTGAAATTCAAATTTGATTTAAAGGATTTATGTATATGACTATCTAATATATTATTTATATATCTCGACTGCTTTTTTAGTCATGGTTAGCTGGCGACTGGTTGAGCGCGTTGCTTGAGTTTTCTGAGTGAGGTTGGGTAGTTTGACTCATTTTGTCATAAGTTTTCTCTTTACTTTAAAATTTAAAATCTTATGAAAAGCTAAGGAGCTTGGGTACACAAAAATAATTATAAAATACATATCTTACAATACAAAACAAAAAAAAAAAACTTGTAACGACAATAATCATGGATAGATCTCTTAGTTACATATTGGCAGTTTTGTTATATGCTGCACTACAATAAAATTAAAATTTTAAAAAAATATATAATGTTTGTAAGCTCATGGGGTGAACACTGAGGACTTACTAAAATGCTCTTATTATCAATTGATGGAAGACTCACTCGATGAGTTTGAGTGACTTGCTTGACGAGTTCCGGAAAATTTTTAATTATTGTTTAATTTACTCTAATAAGCCATTGGAGCCTAAACTTGCCTATAAATAGAGGCATTTGGGTCATCCAAAGCACATCTTAGTTTGATTAAACAAGTGCTTATTCTCTTTGTTTAACCTCTGGGCTTGGAGAAGTCACTTCAAGCTGTGGTGCTGTCAAAATTGTTGCTGCTGCCACACACCTACCTTGTGGTTTTTGCAAGTGGACCTGGCTTTTACGCCATCTAGTAGGATTACTTTTAAGGAGTGTGAAGTCGATCCCAAAGACAATGAGAAAGTTTTTGAAGAGTAGATATATGATTAAGGGTGGTACGAACCACTATAAAAATTATTTTGTGCTTGTATATTTGCTTTTTATTGTATTTTATTCTTGCAATAGCTTTTACTTATTAATTTTTATATTTTACTCTTCTAATATCCTTTCCTTTTTAATTTTAAAATATCTTATAAAGTTTGCTAAAATTTTTAAGTCATACAAAAATTAAGATTCAATTCACGCTCCATGTATACACGCTGTATCCTCAACACTCAGAATAAGGACAGGGTTGCTTTGATGATCCAATGTGAAACAGATCTACTATAACTTTTATTCTTTTTTTCATCATTTGGTATCAGGCTTGTAAATTGTATCAACACCTGTCCTTTTTTTCTAAAATTTGCAAAGCTGTATGGAGTGCCTTATTAGCTTTATGCAATTGTATAGGTGAAATTCTTAGCCAAGATAGGCACCCCATCACCTATTTTAGTGAATAATTAAATGGGGCAAAACAATGACTATATATATAATCGTGAATTTTATGCTTTGGTGCAATCTTTAAAGTATTGGAGGCATTATCTTCTTCATAAAGAGTATGACTACCATTATGTAATA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Network for GWHGAAEX015466

Network category	Network	Top300 PCC genelist
Coexpression Positive	Network	Top300 PCC genelist
Coexpression Negative	Network	Top300 PCC genelist

Functional Module

Module ID	Function Annotation
Module7

Protein Structure

Pfam accession	Pfam name	Alignment start	Alignment end	E-value
PF05253.11	zf-U11-48K	80	100	2.10E-05

Protein Sequence

Gene family

Gene family	subfamily
--	--

KEGG pathway

KO	Enzyme	pathway	mapID
--	--	--	--

Gene Ontology

GO term	Ontology	Name

Expression pattern

SRP	Sample	Description	FPKM
SRP064423	SRR2545914	vegetative propagation corms	10.310
SRP064423	SRR2545915	Juvenile tuber	13.000
SRP108465	SRR5643513	five period of Gastrodia elata	4.910
	SRR5643514	five period of Gastrodia elata	7.230
	SRR5643515	five period of Gastrodia elata	6.420
	SRR5643524	five period of Gastrodia elata	7.560
	SRR5643525	five period of Gastrodia elata	6.560
	SRR5643528	five period of Gastrodia elata	6.310
	SRR5643658	five period of Gastrodia elata	7.670
	SRR5643659	five period of Gastrodia elata	10.430
	SRR5643660	five period of Gastrodia elata	12.620
	SRR5643661	five period of Gastrodia elata	8.800
	SRR5643662	five period of Gastrodia elata	7.720
	SRR5643663	five period of Gastrodia elata	11.460
	SRR5643664	five period of Gastrodia elata	8.250
SRP118053	SRR6049654	Rhizomagastrodiae_C368-T07_good_1	9.820
	SRR6049655	Rhizomagastrodiae_C368-T10_good_1	7.090
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	SRR6049657	Rhizomagastrodiae_C368-T07_good_1	9.500
	SRR6049658	Rhizomagastrodiae_C368-T04_good_1	9.240
	SRR6049659	Rhizomagastrodiae_C368-T04_good_1	10.120
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	SRR6049661	Rhizomagastrodiae_C368-T04_good_1	9.430
	SRR6049662	Rhizomagastrodiae_C368-T01_good_1	7.020
	SRR6049663	Rhizomagastrodiae_C368-T01_good_1	7.590
	SRR6049664	Rhizomagastrodiae_C368-T10_good_1	6.260
	SRR6049665	Rhizomagastrodiae_C368-T10_good_1	6.260
SRP279888	Gastro	Gastrodia elata tuber	15.97
	Juven	Juvenile tuber	25.31
	Mother_Gastro	Mother tuber of Gastrodia elata	10.98
	Mother_Juven	Mother tuber of Juvenile	23.61